seq1 = pF1KE0977.tfa, 1713 bp
seq2 = pF1KE0977/gi568815597r_45244843.tfa (gi568815597r:45244843_45557785), 312943 bp

>pF1KE0977 1713
>gi568815597r:45244843_45557785 (Chr1)

(complement)

1-222  (100001-100222)   100% ->
223-344  (135940-136061)   100% ->
345-393  (171826-171874)   100% ->
394-540  (202337-202483)   100% ->
541-623  (209786-209868)   100% ->
624-708  (210093-210177)   100% ->
709-792  (210724-210807)   100% ->
793-879  (211007-211093)   100% ->
880-997  (211792-211909)   100% ->
998-1713  (212228-212943)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCGGAGCAAACGGAATTCAATTGCAGGATTTCCTCCACGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCGGAGCAAACGGAATTCAATTGCAGGATTTCCTCCACGTGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGTCTTGAAGAGTTTGAAGGAGGTGGTGGAGGAGAAGGAAATGTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGTCTTGAAGAGTTTGAAGGAGGTGGTGGAGGAGAAGGAAATGTGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGTGGGAAGAGTTTGGCCATCTTCGTATCGAGCTCTTATAAGTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTGGGAAGAGTTTGGCCATCTTCGTATCGAGCTCTTATAAGTGCCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCAGACTGACGCGTTTGGATGATTTCACCTGTGAAAAAATAGGGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCAGACTGACGCGTTTGGATGATTTCACCTGTGAAAAAATAGGGTCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCTTTTCTGAAGTGTTCAAG         GTACGACACCGAGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100201 CTTCTTTTCTGAAGTGTTCAAGGTG...TAGGTACGACACCGAGCTTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCAGGTGATGGCTCTTAAGATGAACACATTGAGCAGTAACCGGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135959 GTCAGGTGATGGCTCTTAAGATGAACACATTGAGCAGTAACCGGGCAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGCTGAAAGAAGTACAGCTCATGAATAGACTCTCCCATCCCAACATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136009 ATGCTGAAAGAAGTACAGCTCATGAATAGACTCTCCCATCCCAACATCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAG         GTTCATGGGTGTATGTGTTCATCAAGGACAATTGCATG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136059 TAGGTA...TAGGTTCATGGGTGTATGTGTTCATCAAGGACAATTGCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACTTACAGAG         TATATCAACTCCGGGAACCTGGAACAGTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 171864 CACTTACAGAGGTA...CAGTATATCAACTCCGGGAACCTGGAACAGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTAGACAGTAACCTGCATTTGCCTTGGACTGTGAGGGTAAAACTGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202367 CTAGACAGTAACCTGCATTTGCCTTGGACTGTGAGGGTAAAACTGGCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACATAGCAGTGGGCCTCAGCTACCTTCACTTCAAAGGCATTTTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202417 TGACATAGCAGTGGGCCTCAGCTACCTTCACTTCAAAGGCATTTTTCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGACCTCACATCTAAG         AACTGCCTGATAAAGAGGGATGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 202467 GGGACCTCACATCTAAGGTA...TAGAACTGCCTGATAAAGAGGGATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGGTTACTCTGCAGTGGTAGCTGACTTTGGCCTGGCTGAGAAGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209810 AATGGTTACTCTGCAGTGGTAGCTGACTTTGGCCTGGCTGAGAAGATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGATGTCAG         CATGGGGAGTGAGAAGCTGGCCGTGGTGGGTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 209860 CGATGTCAGGTG...CAGCATGGGGAGTGAGAAGCTGGCCGTGGTGGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCCATTCTGGATGGCACCTGAGGTTCTCCGAGATGAGCCCTATAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210125 CCCCATTCTGGATGGCACCTGAGGTTCTCCGAGATGAGCCCTATAATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAG         GCAGATGTGTTCTCTTATGGTATCATCCTCTGCGAGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210175 AAGGTA...CAGGCAGATGTGTTCTCTTATGGTATCATCCTCTGCGAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCGCCCGCATCCAGGCCGATCCGGACTATCTTCCCCGCACAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 210762 CATCGCCCGCATCCAGGCCGATCCGGACTATCTTCCCCGCACAGAGGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793      AATTTCGGGCTGGACTATGATGCTTTCCAGCACATGGTGGGAGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210812 ..CAGAATTTCGGGCTGGACTATGATGCTTTCCAGCACATGGTGGGAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGTCCCCCAGATTTTCTGCAACTTACTTTCAACTGCTGTAAC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 211052 TGTCCCCCAGATTTTCTGCAACTTACTTTCAACTGCTGTAACGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880  ATGGATCCCAAACTGCGCCCATCTTTTGTGGAGATTGGGAAGACCCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211791 GATGGATCCCAAACTGCGCCCATCTTTTGTGGAGATTGGGAAGACCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGAAATTCTGAGCCGCCTACAGGAAGAAGAGCAGGAGAGGGATAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211841 AGGAAATTCTGAGCCGCCTACAGGAAGAAGAGCAGGAGAGGGATAGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGCAGCCCACAGCCAGGG         GACTCTTGGAGAAAGCACCTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 211891 CTGCAGCCCACAGCCAGGGGTA...CAGGACTCTTGGAGAAAGCACCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGTGAAGCGACTAAGCTCACTGGATGACAAGATCCCCCACAAGTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212250 GGTGAAGCGACTAAGCTCACTGGATGACAAGATCCCCCACAAGTCACCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCCCAAGACGTACCATCTGGCTGTCTCGAAGCCAGTCAGATATCTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212300 GCCCAAGACGTACCATCTGGCTGTCTCGAAGCCAGTCAGATATCTTTTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGTAAGCCCCCACGTACAGTGAGTGTCTTGGACCCATACTACCGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212350 CGTAAGCCCCCACGTACAGTGAGTGTCTTGGACCCATACTACCGGCCACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGATGGTGCTGCCCGCACCCCCAAAGTCAACCCTTTTAGTGCTCGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212400 AGATGGTGCTGCCCGCACCCCCAAAGTCAACCCTTTTAGTGCTCGCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACCTCATGGGGGGCAAGATCAAGTTTTTTGACCTGCCCAGCAAGTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212450 ACCTCATGGGGGGCAAGATCAAGTTTTTTGACCTGCCCAGCAAGTCTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATCTCTCTGGTATTTGACCTGGATGCACCAGGGCCCGGAACTATGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212500 ATCTCTCTGGTATTTGACCTGGATGCACCAGGGCCCGGAACTATGCCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGCTGACTGGCAGGAGCCCCTGGCCCCACCTATTCGCCGGTGGCGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212550 GGCTGACTGGCAGGAGCCCCTGGCCCCACCTATTCGCCGGTGGCGTTCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGCCTGGTTCGCCTGAGTTCTTGCATCAAGAGGCTTGTCCATTTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212600 TGCCTGGTTCGCCTGAGTTCTTGCATCAAGAGGCTTGTCCATTTGTGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CGGGAAGAATCGCTATCTGATGGGCCCCCACCACGCCTAAGTAGTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212650 CGGGAAGAATCGCTATCTGATGGGCCCCCACCACGCCTAAGTAGTCTCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTACAGAGTTAAAGAGATCCCACCATTCCGGGCATCTGCCCTACCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212700 GTACAGAGTTAAAGAGATCCCACCATTCCGGGCATCTGCCCTACCAGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTCAAGCCCATGAGGCTATGGACTGCTCCATTCTCCAGGAAGAAAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212750 CTCAAGCCCATGAGGCTATGGACTGCTCCATTCTCCAGGAAGAAAATGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TTTGGGTCCAGGCCCCAGGGGACCAGTCCATGCCCTGCGGGTGCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212800 TTTGGGTCCAGGCCCCAGGGGACCAGTCCATGCCCTGCGGGTGCTTCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GGAGATGGAGGTAGAAGAAAGGCCAGCAGGCTCAACTCCAGCCACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212850 GGAGATGGAGGTAGAAGAAAGGCCAGCAGGCTCAACTCCAGCCACCTTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCACCTCAGGCATAGGCCTGCAAACCCAGGGAAAGCAGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212900 CCACCTCAGGCATAGGCCTGCAAACCCAGGGAAAGCAGGATGGG