seq1 = pF1KE0972.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE0972/gi568815581r_3765907.tfa (gi568815581r:3765907_3985687), 219781 bp

>pF1KE0972 1560
>gi568815581r:3765907_3985687 (Chr17)

(complement)

1-360  (100001-100360)   100% ->
361-408  (101261-101308)   100% ->
409-462  (101751-101804)   100% ->
463-514  (102208-102259)   100% ->
515-648  (102513-102646)   100% ->
649-685  (103124-103160)   100% ->
686-799  (103318-103431)   100% ->
800-821  (104040-104061)   100% ->
822-910  (105254-105342)   100% ->
911-1110  (109266-109465)   100% ->
1111-1164  (112226-112279)   100% ->
1165-1238  (113061-113134)   97% ->
1239-1326  (115800-115887)   100% ->
1327-1455  (116073-116201)   100% ->
1456-1560  (119677-119781)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGGGGTCCAGCTGTCTGCTGCCAGGATCCTCGGGCAGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGGGGTCCAGCTGTCTGCTGCCAGGATCCTCGGGCAGAGCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAACGGGTGGCAGCCATCGATGTGACTCACTTGGAGGAGGCAGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAACGGGTGGCAGCCATCGATGTGACTCACTTGGAGGAGGCAGATGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCAGAGCCTACTAGAAACGGTGTGGACCCCCCACCACGGGCCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCAGAGCCTACTAGAAACGGTGTGGACCCCCCACCACGGGCCAGAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTCTGTGATCCCTGGCAGTACTTCAAGACTGCTCCCAGCCCGGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTCTGTGATCCCTGGCAGTACTTCAAGACTGCTCCCAGCCCGGCCTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTCAGCCAGGAAGCTTTCCCTACAGGAGCGGCCAGCAGGAAGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTCAGCCAGGAAGCTTTCCCTACAGGAGCGGCCAGCAGGAAGCTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGGCGCAGGCTGGGCCTTATGCCACGGGGCCTGCCAGCCACATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAGGCGCAGGCTGGGCCTTATGCCACGGGGCCTGCCAGCCACATCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCGGGCCTGGCGGAGGCCCACCATCGAGTCCCACCACGTGGCCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCCGGGCCTGGCGGAGGCCCACCATCGAGTCCCACCACGTGGCCATCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGATGCAGAG         GACTGCGTGCAGCTGAACCAGTACAAGCTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGATGCAGAGGTT...CAGGACTGCGTGCAGCTGAACCAGTACAAGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAGTGAGATTGGCAAG         GGTGCCTACGGTGTGGTGAGGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101292 AGAGTGAGATTGGCAAGGTA...CAGGGTGCCTACGGTGTGGTGAGGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCTACAACGAAAGTGAAGACAGACACTAT         GCAATGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101775 GCCTACAACGAAAGTGAAGACAGACACTATGTG...TAGGCAATGAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTTTCCAAAAAGAAGTTACTGAAGCAGTATGGCTTTCCAC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102219 CCTTTCCAAAAAGAAGTTACTGAAGCAGTATGGCTTTCCACGTA...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCGCCCTCCCCCGAGAGGGTCCCAGGCTGCCCAGGGAGGACCAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102513 GTCGCCCTCCCCCGAGAGGGTCCCAGGCTGCCCAGGGAGGACCAGCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGCTGCTGCCCCTGGAGCGGGTGTACCAGGAGATTGCCATCCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102563 CAGCTGCTGCCCCTGGAGCGGGTGTACCAGGAGATTGCCATCCTGAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGGACCACGTGAATGTGGTCAAACTGATCGAG         GTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102613 GCTGGACCACGTGAATGTGGTCAAACTGATCGAGGTA...CAGGTCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGACCCAGCTGAGGACAACCTCTATTTGG         CCCTGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103131 ATGACCCAGCTGAGGACAACCTCTATTTGGGTG...CAGCCCTGCAGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGCCCAGAATATCCAGTTAGATTCAACAAATATCGCCAAGCCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103329 CAGGCCCAGAATATCCAGTTAGATTCAACAAATATCGCCAAGCCCCACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGCTTCCCTCTGAGCAGCAAGACAGTGGATCCACGTGGGCTGCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103379 CCTGCTTCCCTCTGAGCAGCAAGACAGTGGATCCACGTGGGCTGCGCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAG         TGTTTGACCTCCTGAGAAAGGG         GCCCGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103429 CAGGTA...CAGTGTTTGACCTCCTGAGAAAGGGGTG...TAGGCCCGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATGGAAGTGCCCTGTGACAAGCCCTTCTCGGAGGAGCAAGCTCGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105261 ATGGAAGTGCCCTGTGACAAGCCCTTCTCGGAGGAGCAAGCTCGCCTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGCGGGACGTCATCCTGGGCCTCGAGTACT         TGCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105311 CCTGCGGGACGTCATCCTGGGCCTCGAGTACTGTG...CAGTGCACTGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGAAGATCGTCCACAGGGACATCAAGCCATCCAACCTGCTCCTGGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109275 AGAAGATCGTCCACAGGGACATCAAGCCATCCAACCTGCTCCTGGGGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GATGGGCACGTGAAGATCGCCGACTTTGGCGTCAGCAACCAGTTTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109325 GATGGGCACGTGAAGATCGCCGACTTTGGCGTCAGCAACCAGTTTGAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAACGACGCTCAGCTGTCCAGCACGGCGGGAACCCCAGCATTCATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109375 GAACGACGCTCAGCTGTCCAGCACGGCGGGAACCCCAGCATTCATGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCGAGGCCATTTCTGATTCCGGCCAGAGCTTCAGTGGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109425 CCGAGGCCATTTCTGATTCCGGCCAGAGCTTCAGTGGGAAGGTG...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCTTGGATGTATGGGCCACTGGCGTCACGTTGTACTGCTTTGTCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112226 GCCTTGGATGTATGGGCCACTGGCGTCACGTTGTACTGCTTTGTCTATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAAG         TGCCCGTTCATCGACGATTTCATCCTGGCCCTCCACA
        ||||>>>...>>>||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 112276 GAAGGTG...CAGTGCCCATTCATCGACGATTTCATCCTGGCCCTCCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GGAAGATCAAGAATGAGCCCGTGGTGTTTCCTGAGGG         GCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| >>>...>>>||||
 113098 GGAAGATCAAGAATGAGCCCGTGGTGTTTCCTGAGGAGTG...CAGGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAAATCAGCGAGGAGCTCAAGGACCTGATCCTGAAGATGTTAGACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115804 GAAATCAGCGAGGAGCTCAAGGACCTGATCCTGAAGATGTTAGACAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCCCGAGACGAGAATTGGGGTGCCAGACATCAAG         TTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115854 TCCCGAGACGAGAATTGGGGTGCCAGACATCAAGGTC...CAGTTGCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CTTGGGTGACCAAGAACGGGGAGGAGCCCCTTCCTTCGGAGGAGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116080 CTTGGGTGACCAAGAACGGGGAGGAGCCCCTTCCTTCGGAGGAGGAGCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TGCAGCGTGGTGGAGGTGACAGAGGAGGAGGTTAAGAACTCAGTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116130 TGCAGCGTGGTGGAGGTGACAGAGGAGGAGGTTAAGAACTCAGTCAGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CATCCCCAGCTGGACCACGGTG         ATCCTGGTGAAGTCCATGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116180 CATCCCCAGCTGGACCACGGTGGTA...CAGATCCTGGTGAAGTCCATGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGAGGAAGCGTTCCTTTGGGAACCCGTTTGAGCCCCAAGCACGGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119696 TGAGGAAGCGTTCCTTTGGGAACCCGTTTGAGCCCCAAGCACGGAGGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1525 GAGCGATCCATGTCTGCTCCAGGAAACCTACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119746 GAGCGATCCATGTCTGCTCCAGGAAACCTACTGGTG