seq1 = pF1KE0971.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KE0971/gi568815590f_89658061.tfa (gi568815590f:89658061_89890413), 232353 bp

>pF1KE0971 1620
>gi568815590f:89658061_89890413 (Chr8)

1-173  (100001-100173)   100% ->
174-327  (104769-104922)   100% ->
328-483  (107281-107436)   100% ->
484-641  (111712-111869)   100% ->
642-691  (113681-113730)   100% ->
692-853  (114607-114768)   100% ->
854-939  (122015-122100)   100% ->
940-1029  (125990-126079)   100% ->
1030-1123  (128533-128626)   100% ->
1124-1285  (131261-131422)   100% ->
1286-1620  (132019-132353)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGGGAGGCCATCTGCAGCGCCCTGCCCACCATTCCCTACCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGGGGAGGCCATCTGCAGCGCCCTGCCCACCATTCCCTACCACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTCGCCGACCTGCGCTACCTGAGCCGCGGCGCCTCTGGCACTGTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTCGCCGACCTGCGCTACCTGAGCCGCGGCGCCTCTGGCACTGTGTCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCCGCCACGCAGACTGGCGCGTCCAGGTGGCCGTGAAGCACCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCCCGCCACGCAGACTGGCGCGTCCAGGTGGCCGTGAAGCACCTGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCACACTCCGCTGCTCGACAG         TGAAAGAAAGGATGTCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100151 ATCCACACTCCGCTGCTCGACAGGTA...TAGTGAAAGAAAGGATGTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGAGAAGCTGAAATTTTACACAAAGCTAGATTTAGTTACATTCTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104787 AAGAGAAGCTGAAATTTTACACAAAGCTAGATTTAGTTACATTCTTCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTTGGGAATTTGCAATGAGCCTGAATTTTTGGGAATAGTTACTGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104837 TTTTGGGAATTTGCAATGAGCCTGAATTTTTGGGAATAGTTACTGAATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGCCAAATGGATCATTAAATGAACTCCTACATAGG         AAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104887 ATGCCAAATGGATCATTAAATGAACTCCTACATAGGGTA...AAGAAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAATATCCTGATGTTGCTTGGCCATTGAGATTTCGCATCCTGCATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107286 TGAATATCCTGATGTTGCTTGGCCATTGAGATTTCGCATCCTGCATGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCCCTTGGTGTAAATTACCTGCACAATATGACTCCTCCTTTACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107336 TTGCCCTTGGTGTAAATTACCTGCACAATATGACTCCTCCTTTACTTCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CATGACTTGAAGACTCAGAATATCTTATTGGACAATGAATTTCATGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107386 CATGACTTGAAGACTCAGAATATCTTATTGGACAATGAATTTCATGTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 G         ATTGCAGATTTTGGTTTATCAAAGTGGCGCATGATGTCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107436 GGTA...CAGATTGCAGATTTTGGTTTATCAAAGTGGCGCATGATGTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTCACAGTCACGAAGTAGCAAATCTGCACCAGAAGGAGGGACAATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111752 TCTCACAGTCACGAAGTAGCAAATCTGCACCAGAAGGAGGGACAATTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TATATGCCACCTGAAAACTATGAACCTGGACAAAAATCAAGGGCCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111802 TATATGCCACCTGAAAACTATGAACCTGGACAAAAATCAAGGGCCAGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAGCACGATATATATAG         CTATGCAGTTATCACATGGGAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111852 CAAGCACGATATATATAGGTA...CAGCTATGCAGTTATCACATGGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTATCCAGAAAACAGCCTTTTGAAG         ATGTCACCAATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113704 TGTTATCCAGAAAACAGCCTTTTGAAGGTA...CAGATGTCACCAATCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGCAGATAATGTATAGTGTGTCACAAGGACATCGACCTGTTATTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114621 TTGCAGATAATGTATAGTGTGTCACAAGGACATCGACCTGTTATTAATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAAAGTTTGCCATATGATATACCTCACCGAGCACGTATGATCTCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114671 AGAAAGTTTGCCATATGATATACCTCACCGAGCACGTATGATCTCTCTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAGAAAGTGGATGGGCACAAAATCCAGATGAAAGACCATCTTTCTTAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114721 TAGAAAGTGGATGGGCACAAAATCCAGATGAAAGACCATCTTTCTTAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    854        AATGTTTAATAGAACTTGAACCAGTTTTGAGAACATTTGAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114771 G...TAGAATGTTTAATAGAACTTGAACCAGTTTTGAGAACATTTGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATAACTTTTCTTGAAGCTGTTATTCAGCTAAAGAAAACAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122058 GATAACTTTTCTTGAAGCTGTTATTCAGCTAAAGAAAACAAAGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940   TTACAGAGTGTTTCAAGTGCCATTCACCTATGTGACAAGAAGAAAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125988 AGTTACAGAGTGTTTCAAGTGCCATTCACCTATGTGACAAGAAGAAAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAATTATCTCTGAACATACCTGTAAATCATGGTCCACAAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 126038 GAATTATCTCTGAACATACCTGTAAATCATGGTCCACAAGAGGTA...TA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030  GAATCATGTGGATCCTCTCAGCTCCATGAAAATAGTGGTTCTCCTGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128532 GGAATCATGTGGATCCTCTCAGCTCCATGAAAATAGTGGTTCTCCTGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTTCAAGGTCCCTGCCAGCTCCTCAAGACAATGATTTTTTATCTA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 128582 CTTCAAGGTCCCTGCCAGCTCCTCAAGACAATGATTTTTTATCTAGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124     GAAAAGCTCAAGACTGTTATTTTATGAAGCTGCATCACTGTCCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128632 .TAGGAAAAGCTCAAGACTGTTATTTTATGAAGCTGCATCACTGTCCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AAATCACAGTTGGGATAGCACCATTTCTGGATCTCAAAGGGCTGCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131307 AAATCACAGTTGGGATAGCACCATTTCTGGATCTCAAAGGGCTGCATTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGATCACAAGACCACTCCATGCTCTTCAGCAATAATAAATCCACTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131357 GTGATCACAAGACCACTCCATGCTCTTCAGCAATAATAAATCCACTCTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACTGCAGGAAACTCAG         AACGTCTGCAGCCTGGTATAGCCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131407 ACTGCAGGAAACTCAGGTA...CAGAACGTCTGCAGCCTGGTATAGCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCAGTGGATCCAGAGCAAAAGGGAAGACATTGTGAACCAAATGACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132044 GCAGTGGATCCAGAGCAAAAGGGAAGACATTGTGAACCAAATGACAGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCTGCCTTAACCAGTCGCTAGATGCCCTTCTGTCCAGGGACTTGATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132094 CCTGCCTTAACCAGTCGCTAGATGCCCTTCTGTCCAGGGACTTGATCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAAGAGGACTATGAACTTGTTAGTACCAAGCCTACAAGGACCTCAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132144 AAAGAGGACTATGAACTTGTTAGTACCAAGCCTACAAGGACCTCAAAAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CAGACAATTACTAGACACTACTGACATCCAAGGAGAAGAATTTGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132194 CAGACAATTACTAGACACTACTGACATCCAAGGAGAAGAATTTGCCAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTATAGTACAAAAATTGAAAGATAACAAACAAATGGGTCTTCAGCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132244 TTATAGTACAAAAATTGAAAGATAACAAACAAATGGGTCTTCAGCCTTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCGGAAATACTTGTGGTTTCTAGATCACCATCTTTAAATTTACTTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132294 CCGGAAATACTTGTGGTTTCTAGATCACCATCTTTAAATTTACTTCAAAA

   1700     .    :
   1611 TAAAAGCATG
        ||||||||||
 132344 TAAAAGCATG