seq1 = pF1KE0954.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KE0954/gi568815587f_67328546.tfa (gi568815587f:67328546_67535166), 206621 bp

>pF1KE0954 1446
>gi568815587f:67328546_67535166 (Chr11)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-119  (100437-100477)   100% ->
120-240  (100575-100695)   100% ->
241-309  (100982-101050)   100% ->
310-457  (102823-102970)   100% ->
458-515  (104055-104112)   100% ->
516-616  (104192-104292)   100% ->
617-707  (104407-104497)   100% ->
708-798  (104581-104671)   100% ->
799-906  (104795-104902)   99% ->
907-969  (105450-105512)   100% ->
970-1047  (105653-105730)   100% ->
1048-1155  (105832-105939)   100% ->
1156-1268  (106037-106149)   99% ->
1269-1446  (106444-106621)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGTGTTTGATTTGGATTTGGAGACGGAGGAAGGCAGCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCGTGTTTGATTTGGATTTGGAGACGGAGGAAGGCAGCGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGGCGAGCCAGAGCTCAGCCCCGCG         GACGCATGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CGAGGGCGAGCCAGAGCTCAGCCCCGCGGTG...CAGGACGCATGTCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCCGAGTTGAGGGCAGCTGGCCTAGA         GCCTGTGGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100450 TTGCCGAGTTGAGGGCAGCTGGCCTAGAGTG...TAGGCCTGTGGGACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TATGAAGAGGTGGAGCTGACTGAGACCAGCGTGAACGTTGGCCCAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100588 TATGAAGAGGTGGAGCTGACTGAGACCAGCGTGAACGTTGGCCCAGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCGGGCCCCACTGCTTTGAGCTGCTGCGTGTGCTGGGCAAGGGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100638 CATCGGGCCCCACTGCTTTGAGCTGCTGCGTGTGCTGGGCAAGGGGGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGCAAG         GTGTTCCAGGTGCGAAAGGTGCAAGGCACCAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100688 ATGGCAAGGTA...CAGGTGTTCCAGGTGCGAAAGGTGCAAGGCACCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGGGCAAAATATATGCCATGAAAGTCCTAAGGAAG         GCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101015 TTGGGCAAAATATATGCCATGAAAGTCCTAAGGAAGGTG...CAGGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AATTGTGCGCAATGCCAAGGACACAGCACACACACGGGCTGAGCGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102828 AATTGTGCGCAATGCCAAGGACACAGCACACACACGGGCTGAGCGGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTCTAGAGTCAGTGAAGCACCCCTTTATTGTGGAACTGGCCTATGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102878 TTCTAGAGTCAGTGAAGCACCCCTTTATTGTGGAACTGGCCTATGCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGACTGGTGGCAAACTCTACCTCATCCTTGAGTGCCTCAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102928 CAGACTGGTGGCAAACTCTACCTCATCCTTGAGTGCCTCAGTGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    458   GTGGCGAGCTCTTCACGCATCTGGAGCGAGAGGGCATCTTCCTGGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104053 AGGTGGCGAGCTCTTCACGCATCTGGAGCGAGAGGGCATCTTCCTGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATACGGCCTG         CTTCTACCTGGCTGAGATCACGCTGGCCCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104103 ATACGGCCTGGTG...CAGCTTCTACCTGGCTGAGATCACGCTGGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGCCATCTCCACTCCCAGGGCATCATCTACCGGGACCTCAAGCCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 GGCCATCTCCACTCCCAGGGCATCATCTACCGGGACCTCAAGCCCGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATCATGCTCAGCAGCCAGG         GCCACATCAAACTGACCGACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104273 CATCATGCTCAGCAGCCAGGGTG...CAGGCCACATCAAACTGACCGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTGGACTCTGCAAGGAGTCTATCCATGAGGGCGCCGTCACTCACACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104428 TTGGACTCTGCAAGGAGTCTATCCATGAGGGCGCCGTCACTCACACCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGCGGCACCATTGAGTACAT         GGCCCCTGAGATTCTGGTGCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104478 TGCGGCACCATTGAGTACATGTA...CAGGGCCCCTGAGATTCTGGTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAGTGGCCACAACCGGGCTGTGGACTGGTGGAGCCTGGGGGCCCTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104602 CAGTGGCCACAACCGGGCTGTGGACTGGTGGAGCCTGGGGGCCCTGATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACGACATGCTCACTGGATCG         CCGCCCTTTACCGCAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| ||||||||||||
 104652 ACGACATGCTCACTGGATCGGCA...CAGCCGCCCTTCACCGCAGAGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CGGAAGAAAACCATGGATAAGATCATCAGGGGCAAGCTGGCACTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104816 CGGAAGAAAACCATGGATAAGATCATCAGGGGCAAGCTGGCACTGCCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTACCTCACCCCAGATGCCCGGGACCTTGTCAAAAAG         TTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104866 CTACCTCACCCCAGATGCCCGGGACCTTGTCAAAAAGGTG...CAGTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TGAAACGGAATCCCAGCCAGCGGATTGGGGGTGGCCCAGGGGATGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105454 TGAAACGGAATCCCAGCCAGCGGATTGGGGGTGGCCCAGGGGATGCTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GATGTGCAG         AGACATCCCTTTTTCCGGCACATGAATTGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105504 GATGTGCAGGTG...CAGAGACATCCCTTTTTCCGGCACATGAATTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CGACCTTCTGGCCTGGCGTGTGGACCCCCCTTTCAGGCCCTGTCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105685 CGACCTTCTGGCCTGGCGTGTGGACCCCCCTTTCAGGCCCTGTCTGGTG.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1048      CAGTCAGAGGAGGACGTGAGCCAGTTTGATACCCGCTTCACACGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105735 ..CAGCAGTCAGAGGAGGACGTGAGCCAGTTTGATACCCGCTTCACACGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAGACGCCGGTGGACAGTCCTGATGACACAGCCCTCAGCGAGAGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105877 CAGACGCCGGTGGACAGTCCTGATGACACAGCCCTCAGCGAGAGTGCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCAGGCCTTCCTG         GGCTTCACATACGTGGCGCCGTCTGTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105927 CCAGGCCTTCCTGGTG...CAGGGCTTCACATACGTGGCGCCGTCTGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TGGACAGCATCAAGGAGGGCTTCTCCTTCCAGCCCAAGCTGCGCTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106065 TGGACAGCATCAAGGAGGGCTTCTCCTTCCAGCCCAAGCTGCGCTCACCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AGGCGCCTCAACAGTAGCCCCCGGGTCCCCGTCAG         CCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>||||||
 106115 AGGCGCCTCAACAGTAGCCCCCGGGCCCCCGTCAGGTA...CAGCCCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CAAGTTCTCCCCTTTTGAGGGGTTTCGGCCCAGCCCCAGCCTGCCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106450 CAAGTTCTCCCCTTTTGAGGGGTTTCGGCCCAGCCCCAGCCTGCCGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CCACGGAGCTACCTCTACCTCCACTCCTGCCACCGCCGCCGCCCTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106500 CCACGGAGCTACCTCTACCTCCACTCCTGCCACCGCCGCCGCCCTCGACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 ACCGCCCCTCTCCCCATCCGTCCCCCCTCAGGGACCAAGAAGTCCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106550 ACCGCCCCTCTCCCCATCCGTCCCCCCTCAGGGACCAAGAAGTCCAAGAG

   1550     .    :    .    :
   1425 GGGCCGTGGGCGTCCAGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||
 106600 GGGCCGTGGGCGTCCAGGGCGC