seq1 = pF1KE0946.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KE0946/gi568815593r_113333739.tfa (gi568815593r:113333739_113534839), 201101 bp

>pF1KE0946 1101
>gi568815593r:113333739_113534839 (Chr5)

(complement)

1-1101  (100001-101101)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGACGCTGCTGTCCTCAAGCGACGAGGCTACCTCCTGGGGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGACGCTGCTGTCCTCAAGCGACGAGGCTACCTCCTGGGGATAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTAGGAGAGGGCTCCTATGCAAAAGTAAAATCTGCTTACTCTGAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTAGGAGAGGGCTCCTATGCAAAAGTAAAATCTGCTTACTCTGAGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGTTCAATGTGGCGATCAAGATCATCGACCGCAAGAAGGCCCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGTTCAATGTGGCGATCAAGATCATCGACCGCAAGAAGGCCCCCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTTCTTGGAGAAATTCCTTCCCCGGGAAATTGAGATTCTGGCCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTTCTTGGAGAAATTCCTTCCCCGGGAAATTGAGATTCTGGCCATGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAACCACTGCTCCATCATTAAGACCTACGAGATCTTTGAGACATCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAACCACTGCTCCATCATTAAGACCTACGAGATCTTTGAGACATCACATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAAGGTCTACATCGTCATGGAGCTCGCGGTCCAGGGCGACCTCCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAAGGTCTACATCGTCATGGAGCTCGCGGTCCAGGGCGACCTCCTCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTAATCAAAACCCGGGGAGCCCTGCATGAGGACGAAGCTCGCAAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTAATCAAAACCCGGGGAGCCCTGCATGAGGACGAAGCTCGCAAGAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCACCAGCTTTCCTTGGCCATCAAGTACTGCCACGACCTGGACGTCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCACCAGCTTTCCTTGGCCATCAAGTACTGCCACGACCTGGACGTCGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCGGGACCTCAAGTGTGACAACCTTCTCCTTGACAAGGACTTCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCGGGACCTCAAGTGTGACAACCTTCTCCTTGACAAGGACTTCAACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGCTGTCCGACTTCAGCTTCTCCAAGCGCTGCCTGCGGGATGACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGCTGTCCGACTTCAGCTTCTCCAAGCGCTGCCTGCGGGATGACAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCGAATGGCATTAAGCAAGACCTTCTGTGGGTCACCAGCGTATGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCGAATGGCATTAAGCAAGACCTTCTGTGGGTCACCAGCGTATGCGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGAGGTGCTGCAGGGCATTCCCTACCAGCCCAAGGTGTACGACATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGAGGTGCTGCAGGGCATTCCCTACCAGCCCAAGGTGTACGACATCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCTAGGCGTGATCCTCTACATCATGGTCTGCGGCTCCATGCCCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCCTAGGCGTGATCCTCTACATCATGGTCTGCGGCTCCATGCCCTACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGACTCCAACATCAAGAAGATGCTGCGTATCCAGAAGGAGCACCGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGACTCCAACATCAAGAAGATGCTGCGTATCCAGAAGGAGCACCGCGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACTTCCCACGCTCCAAGCACCTGACAGGCGAGTGCAAGGACCTCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACTTCCCACGCTCCAAGCACCTGACAGGCGAGTGCAAGGACCTCATCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACATGCTGCAGCCCGACGTCAACCGGCGGCTCCACATCGACGAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACATGCTGCAGCCCGACGTCAACCGGCGGCTCCACATCGACGAGATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCCACTGCTGGATGCAGCCCAAGGCACGGGGATCTCCCTCTGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCCACTGCTGGATGCAGCCCAAGGCACGGGGATCTCCCTCTGTGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCAACAAGGAGGGGGAGAGTTCCCGGGGAACTGAACCCTTGTGGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCAACAAGGAGGGGGAGAGTTCCCGGGGAACTGAACCCTTGTGGACCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAACCTGGCTCTGACAAGAAGTCTGCCACCAAGCTGGAGCCTGAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAACCTGGCTCTGACAAGAAGTCTGCCACCAAGCTGGAGCCTGAGGGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCACAGCCCCAGGCACAGCCTGAGACAAAACCCGAGGGGACAGCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCACAGCCCCAGGCACAGCCTGAGACAAAACCCGAGGGGACAGCAATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAATGTCCAGGCAGTCGGAGATCCTGGGTTTCCCCAGCAAGCCGTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAATGTCCAGGCAGTCGGAGATCCTGGGTTTCCCCAGCAAGCCGTCGACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATGGAGACAGAGGAAGGGCCCCCCCAACAGCCTCCAGAGACGCGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATGGAGACAGAGGAAGGGCCCCCCCAACAGCCTCCAGAGACGCGGGCCCA

   1100 
   1101 G
        |
 101101 G