seq1 = pF1KE0944.tfa, 1029 bp
seq2 = pF1KE0944/gi568815596f_12618308.tfa (gi568815596f:12618308_12840791), 222484 bp

>pF1KE0944 1029
>gi568815596f:12618308_12840791 (Chr2)

1-270  (100001-100270)   100% ->
271-563  (104953-105245)   100% ->
564-1029  (122019-122484)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACATACACAGGTCTACCCCCATCACAATAGCGAGATATGGGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACATACACAGGTCTACCCCCATCACAATAGCGAGATATGGGAGATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGAACAAAACCCAGGATTTCGAAGAGTTGTCGTCTATAAGGTCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGAACAAAACCCAGGATTTCGAAGAGTTGTCGTCTATAAGGTCCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCCAGCCAGAGTTTCAGCCCGAACCTCGGCTCCCCGAGCCCGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCCAGCCAGAGTTTCAGCCCGAACCTCGGCTCCCCGAGCCCGCCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTCCGAACTTGTCGCATTGCGTTTCTTGTATCGGGAAATACTTATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTCCGAACTTGTCGCATTGCGTTTCTTGTATCGGGAAATACTTATTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAACCTCTGGAGGGAGACCACGTTTTTCGTGCCGTGCATCTGCACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAACCTCTGGAGGGAGACCACGTTTTTCGTGCCGTGCATCTGCACAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGAGGAGCTGGTGTGCAAG         GTGTTTGATATCAGCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100251 GAGAGGAGCTGGTGTGCAAGGTA...TAGGTGTTTGATATCAGCTGCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGAATCCCTGGCACCGTGCTTTTGCCTGTCTGCTCATAGTAACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104974 CAGGAATCCCTGGCACCGTGCTTTTGCCTGTCTGCTCATAGTAACATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAAATCACTGAAATTATCCTGGGTGAGACCAAAGCCTATGTGTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105024 CCAAATCACTGAAATTATCCTGGGTGAGACCAAAGCCTATGTGTTCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCGAAGCTATGGGGACATGCATTCCTTCGTCCGCACCTGCAAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105074 AGCGAAGCTATGGGGACATGCATTCCTTCGTCCGCACCTGCAAGAAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGAGAGGAGGAGGCAGCCAGACTGTTCTACCAGATTGCCTCGGCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105124 AGAGAGGAGGAGGCAGCCAGACTGTTCTACCAGATTGCCTCGGCAGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCACTGCCATGACGGGGGGCTGGTGCTGCGGGACCTCAAGCTGCGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105174 CCACTGCCATGACGGGGGGCTGGTGCTGCGGGACCTCAAGCTGCGGAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCATCTTTAAGGACGAAGAGAG         GACTCGGGTCAAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105224 TCATCTTTAAGGACGAAGAGAGGTA...CAGGACTCGGGTCAAGCTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCCTGGAAGACGCCTACATTCTGCGGGGAGATGATGATTCCCTCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122038 AGCCTGGAAGACGCCTACATTCTGCGGGGAGATGATGATTCCCTCTCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAAGCATGGCTGCCCGGCTTACGTAAGCCCAGAGATCTTGAACACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122088 CAAGCATGGCTGCCCGGCTTACGTAAGCCCAGAGATCTTGAACACCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCAGCTACTCGGGCAAAGCAGCCGACGTGTGGAGCCTGGGGGTGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122138 GCAGCTACTCGGGCAAAGCAGCCGACGTGTGGAGCCTGGGGGTGATGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TACACCATGTTGGTGGGGCGGTACCCTTTCCATGACATTGAACCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122188 TACACCATGTTGGTGGGGCGGTACCCTTTCCATGACATTGAACCCAGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCTCTTCAGCAAGATCCGGCGTGGCCAGTTCAACATTCCAGAGACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122238 CCTCTTCAGCAAGATCCGGCGTGGCCAGTTCAACATTCCAGAGACTCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CGCCCAAGGCCAAGTGCCTCATCCGAAGCATTCTGCGTCGGGAGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122288 CGCCCAAGGCCAAGTGCCTCATCCGAAGCATTCTGCGTCGGGAGCCCTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAGCGGCTGACCTCGCAGGAAATTCTGGACCATCCTTGGTTTTCTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122338 GAGCGGCTGACCTCGCAGGAAATTCTGGACCATCCTTGGTTTTCTACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTTTAGCGTCTCGAATTCAGCATATGGTGCTAAGGAAGTGTCTGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122388 TTTTAGCGTCTCGAATTCAGCATATGGTGCTAAGGAAGTGTCTGACCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    983 TGGTGCCGGACGTCAACATGGAAGAGAACTTGGACCCTTTCTTTAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122438 TGGTGCCGGACGTCAACATGGAAGAGAACTTGGACCCTTTCTTTAAC