seq1 = pF1KE0942.tfa, 882 bp
seq2 = pF1KE0942/gi568815596f_41948797.tfa (gi568815596f:41948797_42157685), 208889 bp

>pF1KE0942 882
>gi568815596f:41948797_42157685 (Chr2)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-165  (104443-104565)   100% ->
166-437  (105240-105511)   100% ->
438-517  (106145-106224)   100% ->
518-625  (106490-106597)   100% ->
626-799  (108425-108598)   100% ->
800-882  (108807-108889)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGCTGGAGCGGCTGCGGCACCCCAACGTGCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGTGCTGCTGGAGCGGCTGCGGCACCCCAACGTGCTGCAGGTA...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  CTCTATGGCTACTGCTACCAGGACAGCGAGGACATCCCAGACACCCTGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104442 GCTCTATGGCTACTGCTACCAGGACAGCGAGGACATCCCAGACACCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACCATCACGGAGCTGGGCGCCCCTGTAGAAATGATCCAGCTGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104492 CCACCATCACGGAGCTGGGCGCCCCTGTAGAAATGATCCAGCTGCTGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTTCCTGGGAGGATCGATTCCGA         ATCTGCCTGAGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104542 ACTTCCTGGGAGGATCGATTCCGAGTG...CAGATCTGCCTGAGCCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGCCTCCTCCACCACCTGGCCCACTCCCCACTGGGCTCCGTCACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105257 CCGCCTCCTCCACCACCTGGCCCACTCCCCACTGGGCTCCGTCACTCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGACTTCCGCCCTCGGCAGTTTGTGCTGGTGGATGGGGAGCTCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105307 TGGACTTCCGCCCTCGGCAGTTTGTGCTGGTGGATGGGGAGCTCAAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGGACCTGGATGACGCACGTGTGGAGGAGACGCCGTGTGCAGGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105357 ACGGACCTGGATGACGCACGTGTGGAGGAGACGCCGTGTGCAGGCAGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGACTGCATACTCGAGTTTCCGGCCAGGAACTTCACCCTGCCCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105407 CGACTGCATACTCGAGTTTCCGGCCAGGAACTTCACCCTGCCCTGCTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCAGGGCTGGTGCGAGGGCATGAACGAGAAGCGGAACCTCTATAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105457 CCCAGGGCTGGTGCGAGGGCATGAACGAGAAGCGGAACCTCTATAATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACAG         GTTTTTCTTCACATACCTCCTGCCTCACAGTGCCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105507 TACAGGTG...CAGGTTTTTCTTCACATACCTCCTGCCTCACAGTGCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCTTCACTGCGTCCTCTGCTGGACAGCATCGTCAACGCCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106181 GCCTTCACTGCGTCCTCTGCTGGACAGCATCGTCAACGCCACAGGTG...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518    GAGAGCTCGCCTGGGGGGTGGACGAGACCCTGGCCCAGCTGGAGAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106487 CAGGAGAGCTCGCCTGGGGGGTGGACGAGACCCTGGCCCAGCTGGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCTGCACCTGTACCGGAGCGGGCAGTATCTGCAGAACTCCACGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106537 GTGCTGCACCTGTACCGGAGCGGGCAGTATCTGCAGAACTCCACGGCAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCAGTACCG         AGTACCAGTGTATCCCAGACAGCACCATCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106587 CAGCAGTACCGGTG...CAGAGTACCAGTGTATCCCAGACAGCACCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCAGGAAGACTACCGCTGCTGGCCATCCTACCACCACGGGAGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108455 CCCAGGAAGACTACCGCTGCTGGCCATCCTACCACCACGGGAGCTGCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTTCAGTGTTCAACCTGGCTGAGGCTGTGGATGTCTGTGAGAGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108505 CTTTCAGTGTTCAACCTGGCTGAGGCTGTGGATGTCTGTGAGAGCCATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAGTGTCGGGCCTTTGTGGTCACCAACCAGACCACCTGGACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108555 CCAGTGTCGGGCCTTTGTGGTCACCAACCAGACCACCTGGACAGGTG...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800    GTCGGCAGCTGGTCTTTTTCAAGACTGGATGGAGCCAAGTGGTCCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108804 CAGGTCGGCAGCTGGTCTTTTTCAAGACTGGATGGAGCCAAGTGGTCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    847 GATCCCAACAAGACCACATATGTGAAGGCCTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108854 GATCCCAACAAGACCACATATGTGAAGGCCTCTGGC