seq1 = pF1KE0931.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KE0931/gi568815597r_153562495.tfa (gi568815597r:153562495_153770232), 207738 bp

>pF1KE0931 1170
>gi568815597r:153562495_153770232 (Chr1)

(complement)

1-65  (99999-100062)   96% ->
66-108  (100355-100397)   100% ->
109-213  (101676-101780)   100% ->
214-291  (102156-102233)   100% ->
292-394  (102576-102678)   100% ->
395-460  (104505-104570)   100% ->
461-577  (104897-105013)   100% ->
578-656  (105759-105837)   100% ->
657-744  (106103-106190)   100% ->
745-806  (106957-107018)   100% ->
807-921  (107100-107214)   100% ->
922-1012  (107438-107528)   100% ->
1013-1170  (107677-107834)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGGTGACAGAGGCCGTGGTCGTGGTGGGCGCTTTGGTTCCAGAGG
         |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 CT AGGGGTGACAGAGGCCGTGGTCGTGGTGGGCGCTTTGGTTCCAGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCCCAGGAGGAGG         GTTCAGGCCCTTTGTACCACATATCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100048 AGGCCCAGGAGGAGGGTG...TAGGTTCAGGCCCTTTGTACCACATATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTTGACTTCTATTTG         TGTGAAATGGCCTTTCCCCGGGTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100381 CATTTGACTTCTATTTGGTG...TAGTGTGAAATGGCCTTTCCCCGGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGCCAGCACCTGATGAAACTTCCTTCAGTGAGGCCTTGCTGAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101700 AAGCCAGCACCTGATGAAACTTCCTTCAGTGAGGCCTTGCTGAAGAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCAGGACCTGGCTCCCAATTCTGCTGAACAG         GCATCTATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101750 TCAGGACCTGGCTCCCAATTCTGCTGAACAGGTA...CAGGCATCTATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTTCTCTGGTGACAAAAATAAACAATGTGATTGATAATCTGATTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102166 TTTCTCTGGTGACAAAAATAAACAATGTGATTGATAATCTGATTGTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAGGGACATTTGAAGTG         CAAATTGAAGAAGTTCGACAGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102216 CCAGGGACATTTGAAGTGGTG...CAGCAAATTGAAGAAGTTCGACAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGGATCCTATAAAAAGGGGACAATGACTACAGGACACAATGTGGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102599 GGGATCCTATAAAAAGGGGACAATGACTACAGGACACAATGTGGCTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGTGGTGATACTCAAGATTCTGCCAACGT         TGGAAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102649 TGGTGGTGATACTCAAGATTCTGCCAACGTGTG...TAGTGGAAGCTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCTGCCCTGGGGAACAAAGTCGTGGAAAGCCTAAGAGCACAGGATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 GCTGCCCTGGGGAACAAAGTCGTGGAAAGCCTAAGAGCACAGGATCCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGAAG         TTTTAACCATGCTGACCAACGAAACTGGCTTTGAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104566 TGAAGGTT...CAGTTTTAACCATGCTGACCAACGAAACTGGCTTTGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCAGTTCTTCTGATGCTACAGTGAAGATTCTCATTACAACAGTGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104933 TCAGTTCTTCTGATGCTACAGTGAAGATTCTCATTACAACAGTGCCACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AATCTTCGAAAACTGGATCCAGAACTCCATT         TGGATATCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104983 AATCTTCGAAAACTGGATCCAGAACTCCATTGTT...TAGTGGATATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGTATTGCAGAGTGCCTTAGCAGCCATCCGACATGCCCGCTGGTTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105769 AGTATTGCAGAGTGCCTTAGCAGCCATCCGACATGCCCGCTGGTTCGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAAATGCTTCTCAGTCCAC         AGTTAAAGTTCTCATCAGACTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105819 AAAATGCTTCTCAGTCCACGTG...CAGAGTTAAAGTTCTCATCAGACTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTGAAGGACTTGAGGATTCGTTTTCCTGGCTTTGAGCCCCTCACACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106125 CTGAAGGACTTGAGGATTCGTTTTCCTGGCTTTGAGCCCCTCACACCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GATCCTTGACCTACTA         GGCCATTATGCTGTGATGAACAACC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106175 GATCCTTGACCTACTAGTA...CAGGGCCATTATGCTGTGATGAACAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCACCAGACAGCCTTTGGCCCTAAACGTTGCATACAG         GCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106982 CCACCAGACAGCCTTTGGCCCTAAACGTTGCATACAGGTA...TAGGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 TGCTTGCAGATTCTGGCTGCAGGACTGTTCCTGCCAGGTTCAGTGGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107104 TGCTTGCAGATTCTGGCTGCAGGACTGTTCCTGCCAGGTTCAGTGGGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CACTGACCCCTGTGAGAGTGGCAACTTTAGAGTACACACAGTCATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107154 CACTGACCCCTGTGAGAGTGGCAACTTTAGAGTACACACAGTCATGACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TAGAACAGCAG         GACATGGTCTGCTATACAGCTCAGACTCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107204 TAGAACAGCAGGTA...CAGGACATGGTCTGCTATACAGCTCAGACTCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GTCCGAATCCTCTCACATGGTGGCTTTAGGAAGATCCTTGGCCAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107468 GTCCGAATCCTCTCACATGGTGGCTTTAGGAAGATCCTTGGCCAGGAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TGATGCCAGCT         ATCTTGCTTCTGAAATATCTACCTGGGATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107518 TGATGCCAGCTGTG...TAGATCTTGCTTCTGAAATATCTACCTGGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GAGTGATAGTAACACCTTCAGAAAAGGCTTATGAGAAGCCACCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107707 GAGTGATAGTAACACCTTCAGAAAAGGCTTATGAGAAGCCACCAGAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 AAGGAAGGAGAGGAAGAAGAGGAGAATACAGAAGAACCACCTCAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107757 AAGGAAGGAGAGGAAGAAGAGGAGAATACAGAAGAACCACCTCAAGGAGA

   1250     .    :    .    :    .
   1143 GGAAGAAGAAAGCATGGAAACTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 107807 GGAAGAAGAAAGCATGGAAACTCAGGAG