seq1 = pF1KE0897.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KE0897/gi568815597r_180876573.tfa (gi568815597r:180876573_181105464), 228892 bp

>pF1KE0897 765
>gi568815597r:180876573_181105464 (Chr1)

(complement)

1-35  (82792-82826)   100% ->
36-211  (100002-100176)   97% ->
212-300  (102771-102859)   100% ->
301-363  (112040-112102)   100% ->
364-489  (115356-115481)   100% ->
490-596  (117120-117226)   100% ->
597-691  (120694-120788)   100% ->
692-765  (128819-128892)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATGGAGGACCCCTTCTTTGTGGTGAAAGG         AGAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  82792 ATGTCCATGGAGGACCCCTTCTTTGTGGTGAAAGGGTG...CAGAGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACAGAAAGCAGTCAACACTGCCCAGGGATTGTTTCAGAGATGGACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 ACAGAAAGCAGTCAACACTGCCCAGGGATTGTTTCAGAGATGGACAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTCCAGGACCCCTCCACAGCAACAAGGGAAGAAATCGACTGGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 TCCTCCAGGACCCCTCCACAGCAACAAGGGAAGAAATCGACTGGACCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGAGCTGAGAAATAACCTCCGGAGCATAGAGTGGGATCTAGAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100108 AACGAGCTGAGAAATAACCTCCGGAGCATAGAGTGGGATCTAGAGGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGAAACCATCAGCATAG         TTGAAGCAAATCCTAGAAAAT
        ||||||||||||||  || ->>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100158 TGATGAAACCATCAATATC CTT...TAGTTGAAGCAAATCCTAGAAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAACCTTGATGCAACTGAATTGAGTATAAGAAAAGCCTTCATTACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102792 TTAACCTTGATGCAACTGAATTGAGTATAAGAAAAGCCTTCATTACAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTCGGCAAGTTGTCAGG         GACATGAAAGATCAGATGTCAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102842 ACTCGGCAAGTTGTCAGGGTA...TAGGACATGAAAGATCAGATGTCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCATCTGTGCAGGCATTAGCTGAAAGAAAAAATAGACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112063 TTCATCTGTGCAGGCATTAGCTGAAAGAAAAAATAGACAGGTG...CAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CACTGCTGGGAGACAGTGGCAGCCAGAACTGGAGCACTGGAACAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115357 CACTGCTGGGAGACAGTGGCAGCCAGAACTGGAGCACTGGAACAACAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAATATGGGCGTCTGGACCGAGAGCTCCAGAGAGCCAATTCTCATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115407 AAATATGGGCGTCTGGACCGAGAGCTCCAGAGAGCCAATTCTCATTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAGGAGCAGCAGGCACAGCAGCAG         TTGATCGTGGAACAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115457 TGAGGAGCAGCAGGCACAGCAGCAGGTA...CAGTTGATCGTGGAACAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGATGAGCAGTTGGAGCTGGTCTCTGGCAGCATCGGGGTGCTGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117136 AGGATGAGCAGTTGGAGCTGGTCTCTGGCAGCATCGGGGTGCTGAAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGTCCCAGCGCATCGGAGGGGAGCTGGAGGAACAGGCAGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117186 ATGTCCCAGCGCATCGGAGGGGAGCTGGAGGAACAGGCAGTGTG...TAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TATGTTGGAAGATTTCTCTCACGAATTGGAGAGCACTCAGTCCCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120694 TATGTTGGAAGATTTCTCTCACGAATTGGAGAGCACTCAGTCCCGGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAATGTGATGAAGAAACTTGCAAAAGTATCTCATATGACCAGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120744 ACAATGTGATGAAGAAACTTGCAAAAGTATCTCATATGACCAGTGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692     ATCGGCGCCAATGGTGTGCCATAGCCATCCTCTTTGCAGTCCTGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120794 .CAGATCGGCGCCAATGGTGTGCCATAGCCATCCTCTTTGCAGTCCTGTT

    800     .    :    .    :    .
    738 GGTTGTGCTCATCCTCTTCTTAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 128865 GGTTGTGCTCATCCTCTTCTTAGTGCTG