seq1 = pF1KE0896.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KE0896/gi568815589f_122453170.tfa (gi568815589f:122453170_122654159), 200990 bp

>pF1KE0896 990
>gi568815589f:122453170_122654159 (Chr9)

1-990  (100001-100990)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGTTTTTATCTGCGCAGATCACACGAACTACAAGGGATGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGTTTTTATCTGCGCAGATCACACGAACTACAAGGGATGGGAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCAGGCAGAGTGAACCAAACCACTGTTTCAGACTTCCTCCTTCTAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCAGGCAGAGTGAACCAAACCACTGTTTCAGACTTCCTCCTTCTAGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCTGAGTGGCCAGAGGAGCAGCCTCTTCTGTTTGGCATCTTCCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCTGAGTGGCCAGAGGAGCAGCCTCTTCTGTTTGGCATCTTCCTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTACCTGGTCACCATGGTGGGGAACCTGCTCATTATCCTGGCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTACCTGGTCACCATGGTGGGGAACCTGCTCATTATCCTGGCCATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCTGACCCACACCTCCATACTCCCATGTACTTCTTTCTGGCCAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCTGACCCACACCTCCATACTCCCATGTACTTCTTTCTGGCCAACCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CATTAACTGATGCCTGTTTCACTTCTGCCTCCATCCCCAAAATGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CATTAACTGATGCCTGTTTCACTTCTGCCTCCATCCCCAAAATGCTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACATTCATACCCAGAGTCAGATCATCTCGTATTCTGGGTGTCTTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACATTCATACCCAGAGTCAGATCATCTCGTATTCTGGGTGTCTTGCACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTATATTTCCTCCTTATGTTTGGTGGCCTTGACAACTGCCTGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTATATTTCCTCCTTATGTTTGGTGGCCTTGACAACTGCCTGCTGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGATGGCATATGACCGCTATGTGGCCATCTGCCAACCACTCCATTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGATGGCATATGACCGCTATGTGGCCATCTGCCAACCACTCCATTACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACATCTATGAGTCCCCAGCTCTGTGCACTAATGCTGGGTGTGTGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACATCTATGAGTCCCCAGCTCTGTGCACTAATGCTGGGTGTGTGCTGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTAACCAACTGTCCTGCCCTGATGCACACACTGTTGCTGACCCGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTAACCAACTGTCCTGCCCTGATGCACACACTGTTGCTGACCCGCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTTCTGTGCCCAGAAAGCCATCCCTCATCTCTATTGTGATCCTAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100551 CTTTCTGTGCCCAGAAAGCCATCCCTCATTTCTATTGTGATCCTAGTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCCTGAAGCTTGCCTGCTCAGATACCCATGTAAACGAGCTGATGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCCTGAAGCTTGCCTGCTCAGATACCCATGTAAACGAGCTGATGATCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACCATGGGCTTGCTGTTCCTCACTGTTCCCCTCCTGCTGATCGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACCATGGGCTTGCTGTTCCTCACTGTTCCCCTCCTGCTGATCGTCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTATGTCCGCATTTTCTGGGCTGTGTTTGGCATCTCATCTCCTGGAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100701 CCTATGTCCGCATTTTCTGGGCTGTGTTTGTCATCTCATCTCCTGGAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGATGGAAGGCCTTCTCTACCTGTGGTTCTCATCTCACGGTAGTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100751 AGATGGAAGGCCTTCTCTACCTGTGGTTCTCATCTCACGGTGGTTCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCTATGGGTCTCTTATGGGTGTGTATTTACTTCCTCCATCAACTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCTATGGGTCTCTTATGGGTGTGTATTTACTTCCTCCATCAACTTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTACAGAGAGGGAAAGTAGGGCTGCTGTTCTCTATATGGTGATTATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTACAGAGAGGGAAAGTAGGGCTGCTGTTCTCTATATGGTGATTATTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACGCTAAACCCATTCATTTATAGCTTGAGGAACAGAGACATGAAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACGCTAAACCCATTCATTTATAGCTTGAGGAACAGAGACATGAAGGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTTGGGTAAACTTTTTGTCAGTGGAAAAACATTCTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTTGGGTAAACTTTTTGTCAGTGGAAAAACATTCTTTTTA