seq1 = pF1KE0893.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KE0893/gi568815589f_122649740.tfa (gi568815589f:122649740_122850780), 201041 bp

>pF1KE0893 1041
>gi568815589f:122649740_122850780 (Chr9)

1-1041  (100001-101041)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTATTTTTACAGGCTTAAGCTTATGAAAGAAGCTGTCTTGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTATTTTTACAGGCTTAAGCTTATGAAAGAAGCTGTCTTGGTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGCCCTTTACATCTCTCCCACTGCTTCTCCAAACCCTATCCAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGCCCTTTACATCTCTCCCACTGCTTCTCCAAACCCTATCCAGGAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGAGACATGGAGATAAAGAACTACAGCAGCAGCACCTCAGGCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGAGACATGGAGATAAAGAACTACAGCAGCAGCACCTCAGGCTTCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTGGGCCTCTCTTCCAACCCTAAGCTGCAGAAACCTCTCTTTGCCAT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTGGGCCTCTCTTCCAACCCTCAGCTGCAGAAACCTCTCTTTGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCTCATCATGTACCTGCTCGCTGCGGTGGGGAATGTGCTCATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCCTCATCATGTACCTGCTCGCTGCGGTGGGGAATGTGCTCATCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCATCTACTCTGACCCCAGGCTCCACACCCCTATGTACTTTTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCCATCTACTCTGACCCCAGGCTCCACACCCCTATGTACTTTTTTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCAACTTGTCTTTCATGGATATCTGCTTCACAACAGTCATAGTGCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCAACTTGTCTTTCATGGATATCTGCTTCACAACAGTCATAGTGCCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGCTGGTGAATTTTCTATCAGAGACAAAGGTTATCTCCTATGTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGCTGGTGAATTTTCTATCAGAGACAAAGGTTATCTCCTATGTGGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCTGGCCCAGATGTACTTCTTTATGGCATTTGGGAACACTGACAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCTGGCCCAGATGTACTTCTTTATGGCATTTGGGAACACTGACAGCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCTGGCCTCTATGGCCATCGACCGGCTGGTGGCCATCTGCAACCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCTGGCCTCTATGGCCATCGACCGGCTGGTGGCCATCTGCAACCCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACACTATGATGTGGTTATGAAACCACGGCATTGCCTGCTCATGCTATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACACTATGATGTGGTTATGAAACCACGGCATTGCCTGCTCATGCTATTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTTCTTACAGCATCTCCCACCTACATTCCCTGTTCCGCGTGCTACTTATG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTTCTTGCAGCATCTCCCACCTACATTCCCTGTTCCGCGTGCTACTTATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTCGCTTGTCTTTCTGTGCCTCTCACATCATTAAGCACTTTTTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTCGCTTGTCTTTCTGTGCCTCTCACATCATTAAGCACTTTTTCTGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACCCAGCCTGTGCTAAAGCTCTCCTGCTCTGACACATCCTCCAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACCCAGCCTGTGCTAAAGCTCTCCTGCTCTGACACATCCTCCAGCCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGTGGTGATGACTGAGACCTTAGCTGTCATTGTGACCCCCTTCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGTGGTGATGACTGAGACCTTAGCTGTCATTGTGACCCCCTTCCTGTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCATCTTCTCCTACCTGCAAATCATCGTCACTGTGCTCAGAATCCCCTC
        | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
 100751 ATCATCTTCTCCTACCTGCGAATCATGGTCACTGTGCTCAGAATCCCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCAGCCAGGAAGTGGAAGGCCTTCTCTACCTGTGGCTCCCACCTCACTG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCAGCCGGGAAGTGGAAGGCCTTCTCTACCTGTGGCTCCCACCTCACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGTAGCCCTTTTCTATGGGAGTATTATTTATGTCTATTTTAGGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGTAGCCCTTTTCTATGGGAGTATTATTTATGTCTATTTTAGGCCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCCATGTACTCAGTGGTTAGGGACCGGGTAGCCACAGTTATGTACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCCATGTACTCAGTGGTTAGGGACCGGGTAGCCACAGTTATGTACACAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGTGACACCCATGCTGAACCCTTTCATCTACAGCCTGAGGAACAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGTGACACCCATGCTGAACCCTTTCATCTACAGCCTGAGGAACAAAGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGAAGAGGGGTTTGAAGAAATTACAGGACAGAATTTACCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGAAGAGGGGTTTGAAGAAATTACAGGACAGAATTTACCGG