seq1 = pF1KE0886.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE0886/gi568815581r_3297508.tfa (gi568815581r:3297508_3533841), 236334 bp

>pF1KE0886 969
>gi568815581r:3297508_3533841 (Chr17)

(complement)

1-969  (100001-100969)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGGACAAAATCAAACCAGCATCTCAGACTTCCTGCTCCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGGACAAAATCAAACCAGCATCTCAGACTTCCTGCTCCTGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCATCCAACCAGAGCAGCAAAACCTGTGCTATGCCCTGTTCTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCATCCAACCAGAGCAGCAAAACCTGTGCTATGCCCTGTTCTTGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATCTTACCACCCTCCTGGGGAACCTCCTCATCATTGTCCTCATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATCTTACCACCCTCCTGGGGAACCTCCTCATCATTGTCCTCATTCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGACTCCCATCTCCACACGCCTGTGTATTTGTTTCTCAGCAACTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGACTCCCATCTCCACACGCCTGTGTATTTGTTTCTCAGCAACTTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCTCTGACCTCTGCTTTTCCTCAGTCACAATGCCCAAATTGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCTCTGACCTCTGCTTTTCCTCAGTCACAATGCCCAAATTGCTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATGCAGAACCAAGACCCATCCATCCCCTATGCAGACTGCCTGACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATGCAGAACCAAGACCCATCCATCCCCTATGCAGACTGCCTGACCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTACTTCTTCTTGTATTTTTCGGATCTAGAGAGCTTCCTCCTTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTACTTCTTCTTGTATTTTTCGGATCTAGAGAGCTTCCTCCTTGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGCCTATGACCGCTATGTGGCCATCTGCTTCCCCATGCACTACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGCCTATGACCGCTATGTGGCCATCTGCTTCCCCATGCACTACACCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCTGCTTCCTCCTGCACTACACCGCCATCATGAGCCCCATGCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCTGCTTCCTCCTGCACTACACCGCCATCATGAGCCCCATGCTCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCTCCGTGGTGGCGCTGTCCTGGGTGCTGACCACCTTCCATGCCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCTCCGTGGTGGCGCTGTCCTGGGTGCTGACCACCTTCCATGCCATGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACACACTTTACTCATGGCCAGGTTGTGTTTTTGTGCAGACAATGTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACACACTTTACTCATGGCCAGGTTGTGTTTTTGTGCAGACAATGTGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCACTTTTTCTGTGATATGTCTGCTCTGCTGAAGCTGGCCTGCTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCACTTTTTCTGTGATATGTCTGCTCTGCTGAAGCTGGCCTGCTCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACTCGAGTTAATGAATGGGTGATATTTATCATGGGAGGGCTCATTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACTCGAGTTAATGAATGGGTGATATTTATCATGGGAGGGCTCATTCTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCCCATTCCTACTCATCCTTGGGTCCTATGCAAGAATTGTCTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCCCATTCCTACTCATCCTTGGGTCCTATGCAAGAATTGTCTCCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCTCAAGGTCCCTTCTTCTAAGGGTATCTGCAAGGCCTTCTCTACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCTCAAGGTCCCTTCTTCTAAGGGTATCTGCAAGGCCTTCTCTACTTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCTCCCACCTCTCTGTGGTGTCACTGTTCTATGGGACCGTTATTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCTCCCACCTCTCTGTGGTGTCACTGTTCTATGGGACCGTTATTGGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTACTTATGCCCATCAGCTAATAGTTCTACTCTAAAGGACACTGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTACTTATGCCCATCAGCTAATAGTTCTACTCTAAAGGACACTGTCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTATGATGTACACTGTGGTGACCCCTATGCTGACCCCCTTCATCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTATGATGTACACTGTGGTGACCCCTATGCTGACCCCCTTCATCTACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGAGGAACAGAGACATGAAGGGAGCCCTGGAAAGGGTCATTTGTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAGGAACAGAGACATGAAGGGAGCCCTGGAAAGGGTCATTTGTAAAAG

    950     .    :    .
    951 GAAAAATCCCTTCCTTCTA
        |||||||||||||||||||
 100951 GAAAAATCCCTTCCTTCTA