seq1 = pF1KE0802.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE0802/gi568815587f_5302597.tfa (gi568815587f:5302597_5503544), 200948 bp

>pF1KE0802 948
>gi568815587f:5302597_5503544 (Chr11)

1-948  (100001-100948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAATTTCTAATAACTCTTTGGGGTTTTTACCTACGACTTTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAATTTCTAATAACTCTTTGGGGTTTTTACCTACGACTTTCATTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTGGCATCCCAGGGCTGGAGTCAGAGCACCTCTGGATATCCGTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTGGCATCCCAGGGCTGGAGTCAGAGCACCTCTGGATATCCGTCCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCCTGATATACATCATCATTTTCCTTGGGAATGGCATCATTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCCCTGATATACATCATCATTTTCCTTGGGAATGGCATCATTCTTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCATCAGAACAGATATTGCCCTACATCAACCCATGTACCTCTTCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCATCAGAACAGATATTGCCCTACATCAACCCATGTACCTCTTCCTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGTTGGCACTGGCCGAGGTTCGTGTCTCTGCATCCACCCTGCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGTTGGCACTGGCCGAGGTTCGTGTCTCTGCATCCACCCTGCCTACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTTAGGCATATTCCTTTTTGGAAATACTGAAATTAGTCTTGAAGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTTAGGCATATTCCTTTTTGGAAATACTGAAATTAGTCTTGAAGCTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTTTTCCAGATGTTCTCCATCCATTCTTTATCCATGATGGAGCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTTTTCCAGATGTTCTCCATCCATTCTTTATCCATGATGGAGCCAGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTGCTGGCCATGTCTTTGGACCGCTTTATAGCCATCTACAGCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCTGCTGGCCATGTCTTTGGACCGCTTTATAGCCATCTACAGCCCACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTACACAGCTATCCTGACACTGCCCAGGGTCTTTGGCACAGGAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTACACAGCTATCCTGACACTGCCCAGGGTCTTTGGCACAGGAGCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATCGTACTGAAAAGCATTATGCTCATGGCTCCGTTGCCCATTCTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATCGTACTGAAAAGCATTATGCTCATGGCTCCGTTGCCCATTCTCTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCGTCTGCCCTTCTGTGGCCACAATGCCCTCTCACATTCCTATTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCGTCTGCCCTTCTGTGGCCACAATGCCCTCTCACATTCCTATTGTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACCCCAATCTTATCTATCTTGTGGGAACATTTCTGTTAACAATATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACCCCAATCTTATCTATCTTGTGGGAACATTTCTGTTAACAATATCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGATTTTCATTGTTACCTCTACTTTTGGGCTGGATTCGTTGCTGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGATTTTCATTGTTACCTCTACTTTTGGGCTGGATTCGTTGCTGATTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GATCTCCTATGGGCTCATACTCCACACTGTATTGGGTATTGCCACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GATCTCCTATGGGCTCATACTCCACACTGTATTGGGTATTGCCACTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGGGAGGAAGAAGGCACTCAACACATGTGGCTCACACGTCTGTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGGGAGGAAGAAGGCACTCAACACATGTGGCTCACACGTCTGTGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTTGCTTACTATGTGCCTATGATTGGCTTGTCTATAGTGCACCGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTTGCTTACTATGTGCCTATGATTGGCTTGTCTATAGTGCACCGCCTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACATCGTGTGTCCCCTCTGCTGCAAGCCATGATGGCCAATGCCTACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACATCGTGTGTCCCCTCTGCTGCAAGCCATGATGGCCAATGCCTACCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTTCCCACCTGTTGTCAATCCTATTGTCTACAGCATTAAGACCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTTCCCACCTGTTGTCAATCCTATTGTCTACAGCATTAAGACCAAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 ATCCATGGTGCCATTGTCCGAATGCTATTAGAGAAAAGACGCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCATGGTGCCATTGTCCGAATGCTATTAGAGAAAAGACGCAGAGTG