seq1 = pF1KE0801.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KE0801/gi568815596r_136014872.tfa (gi568815596r:136014872_136215939), 201068 bp

>pF1KE0801 1068
>gi568815596r:136014872_136215939 (Chr2)

(complement)

1-1068  (100001-101068)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATTCCTTTGCCTCTTTTGCAGATATACACTTCAGATAACTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATTCCTTTGCCTCTTTTGCAGATATACACTTCAGATAACTACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGAAATGGGCTCAGGGGACTATGACTCCATGAAGGAACCCTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGAAATGGGCTCAGGGGACTATGACTCCATGAAGGAACCCTGTTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGAAGAAAATGCTAATTTCAATAAAATCTTCCTGCCCACCATCTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGAAGAAAATGCTAATTTCAATAAAATCTTCCTGCCCACCATCTACTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATCTTCTTAACTGGCATTGTGGGCAATGGATTGGTCATCCTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCATCTTCTTAACTGGCATTGTGGGCAATGGATTGGTCATCCTGGTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGTTACCAGAAGAAACTGAGAAGCATGACGGACAAGTACAGGCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGTTACCAGAAGAAACTGAGAAGCATGACGGACAAGTACAGGCTGCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCAGTGGCCGACCTCCTCTTTGTCATCACGCTTCCCTTCTGGGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCAGTGGCCGACCTCCTCTTTGTCATCACGCTTCCCTTCTGGGCAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATGCCGTGGCAAACTGGTACTTTGGGAACTTCCTATGCAAGGCAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATGCCGTGGCAAACTGGTACTTTGGGAACTTCCTATGCAAGGCAGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTCATCTACACAGTCAACCTCTACAGCAGTGTCCTCATCCTGGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTCATCTACACAGTCAACCTCTACAGCAGTGTCCTCATCCTGGCCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAGTCTGGACCGCTACCTGGCCATCGTCCACGCCACCAACAGTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAGTCTGGACCGCTACCTGGCCATCGTCCACGCCACCAACAGTCAGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAAGGAAGCTGTTGGCTGAAAAGGTGGTCTATGTTGGCGTCTGGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCAAGGAAGCTGTTGGCTGAAAAGGTGGTCTATGTTGGCGTCTGGATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCCCTCCTGCTGACTATTCCCGACTTCATCTTTGCCAACGTCAGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCCCTCCTGCTGACTATTCCCGACTTCATCTTTGCCAACGTCAGTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGATGACAGATATATCTGTGACCGCTTCTACCCCAATGACTTGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGATGACAGATATATCTGTGACCGCTTCTACCCCAATGACTTGTGGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTTGTGTTCCAGTTTCAGCACATCATGGTTGGCCTTATCCTGCCTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTTGTGTTCCAGTTTCAGCACATCATGGTTGGCCTTATCCTGCCTGGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTCATCCTGTCCTGCTATTGCATTATCATCTCCAAGCTGTCACACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTCATCCTGTCCTGCTATTGCATTATCATCTCCAAGCTGTCACACTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGGCCACCAGAAGCGCAAGGCCCTCAAGACCACAGTCATCCTCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGGCCACCAGAAGCGCAAGGCCCTCAAGACCACAGTCATCCTCATCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCTTTCTTCGCCTGTTGGCTGCCTTACTACATTGGGATCAGCATCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCTTTCTTCGCCTGTTGGCTGCCTTACTACATTGGGATCAGCATCGACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCATCCTCCTGGAAATCATCAAGCAAGGGTGTGAGTTTGAGAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCATCCTCCTGGAAATCATCAAGCAAGGGTGTGAGTTTGAGAACACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCACAAGTGGATTTCCATCACCGAGGCCCTAGCTTTCTTCCACTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCACAAGTGGATTTCCATCACCGAGGCCCTAGCTTTCTTCCACTGTTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGAACCCCATCCTCTATGCTTTCCTTGGAGCCAAATTTAAAACCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAACCCCATCCTCTATGCTTTCCTTGGAGCCAAATTTAAAACCTCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCAGCACGCACTCACCTCTGTGAGCAGAGGGTCCAGCCTCAAGATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCAGCACGCACTCACCTCTGTGAGCAGAGGGTCCAGCCTCAAGATCCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCAAAGGAAAGCGAGGTGGACATTCATCTGTTTCCACTGAGTCTGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCAAAGGAAAGCGAGGTGGACATTCATCTGTTTCCACTGAGTCTGAGTCT

   1050     .    :    .
   1051 TCAAGTTTTCACTCCAGC
        ||||||||||||||||||
 101051 TCAAGTTTTCACTCCAGC