seq1 = pF1KE0781.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE0781/gi568815596f_68265352.tfa (gi568815596f:68265352_68495813), 230462 bp

>pF1KE0781 1050
>gi568815596f:68265352_68495813 (Chr2)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-198  (114977-115132)   100% ->
199-380  (115372-115553)   100% ->
381-472  (117191-117282)   100% ->
473-657  (121151-121335)   100% ->
658-762  (123036-123140)   100% ->
763-846  (127811-127894)   100% ->
847-916  (128756-128825)   100% ->
917-1050  (130329-130462)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACCAAAGCGGATCAGAGAGGGCTACCTTGTGAAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGAACCAAAGCGGATCAGAGAGGGCTACCTTGTGAAGAAGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  GGGAGCGTGTTCAATACGTGGAAACCCATGTGGGTTGTATTGTTAGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114976 GGGGAGCGTGTTCAATACGTGGAAACCCATGTGGGTTGTATTGTTAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGAATTGAATTCTATAAGAAGAAAAGTGACAACAGCCCCAAAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115026 ATGGAATTGAATTCTATAAGAAGAAAAGTGACAACAGCCCCAAAGGAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCCGCTGAAAGGGAGCACTCTGACTAGCCCTTGTCAAGACTTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115076 ATCCCGCTGAAAGGGAGCACTCTGACTAGCCCTTGTCAAGACTTTGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGGATG         TTTGTGTTTAAGATCACTACGACCAAACAGCAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115126 AAGGATGGTA...CAGTTTGTGTTTAAGATCACTACGACCAAACAGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCACTTCTTCCAGGCAGCCTTCCTGGAGGAGAGAGATGCCTGGGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115406 ACCACTTCTTCCAGGCAGCCTTCCTGGAGGAGAGAGATGCCTGGGTTCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATATCAAGAAGGCCATTAAATGCATTGAAGGAGGCCAGAAATTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115456 GATATCAAGAAGGCCATTAAATGCATTGAAGGAGGCCAGAAATTTGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAATCTACCAGGAGGTCCATTCGACTGCCAGAAACCATTGACTTAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115506 GAAATCTACCAGGAGGTCCATTCGACTGCCAGAAACCATTGACTTAGGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        TGCCTTATATTTGTCCATGAAAGACACTGAAAAAGGAATAAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115556 G...CAGTGCCTTATATTTGTCCATGAAAGACACTGAAAAAGGAATAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACTGAATCTAGAGAAGGACAAGAAGATTTTTAATCACTGCTTCACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117234 GAACTGAATCTAGAGAAGGACAAGAAGATTTTTAATCACTGCTTCACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GTAACTGCGTCATTGATTGGCTGGTATCCAACCAGTCTGTTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117284 TA...TAGGTAACTGCGTCATTGATTGGCTGGTATCCAACCAGTCTGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGAATCGCCAGGAAGGCCTCATGATTGCTTCATCGCTGCTCAATGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121193 GGAATCGCCAGGAAGGCCTCATGATTGCTTCATCGCTGCTCAATGAGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATCTGCAGCCTGCTGGAGACATGTCCAAGAGTGCAGTGGATGGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121243 TATCTGCAGCCTGCTGGAGACATGTCCAAGAGTGCAGTGGATGGAACTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAAAACCCTTTCCTGGACAACCCTGATGCCTTCTACTACTTT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121293 TGAAAACCCTTTCCTGGACAACCCTGATGCCTTCTACTACTTTGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   CCAGACAGTGGGTTCTTCTGTGAAGAGAATTCCAGTGATGATGATGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123034 AGCCAGACAGTGGGTTCTTCTGTGAAGAGAATTCCAGTGATGATGATGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTCTGAAAGAAGAATTCAGAGGGGTCATTATCAAGCAGGGATGTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123084 ATTCTGAAAGAAGAATTCAGAGGGGTCATTATCAAGCAGGGATGTTTACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAGCAG         GGGCATAGAAGGAAAAACTGGAAAGTGAGGAAGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123134 GAAGCAGGTG...CAGGGGCATAGAAGGAAAAACTGGAAAGTGAGGAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCATCTTGAGAGAAGACCCTGCCTACCTGCACTACTATGACCCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127845 TCATCTTGAGAGAAGACCCTGCCTACCTGCACTACTATGACCCTGCTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GCAGAAGATCCCCTGGGAGCAATTCACTTGAGAGGCTGTGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127895 GTA...TAGGCAGAAGATCCCCTGGGAGCAATTCACTTGAGAGGCTGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTGACTTCAGTGGAGAGCAACTCAAATG         GCAGGAAGAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128797 GGTGACTTCAGTGGAGAGCAACTCAAATGGTA...CAGGCAGGAAGAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGAAGAGAACCTTTTTGAGATCATCACAGCAGATGAAGTGCACTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130341 AGGAAGAGAACCTTTTTGAGATCATCACAGCAGATGAAGTGCACTATTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTGCAAGCAGCCACCCCCAAGGAGCGCACAGAGTGGATCAGAGCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130391 TTGCAAGCAGCCACCCCCAAGGAGCGCACAGAGTGGATCAGAGCCATCCA

   1100     .    :    .    :
   1029 GATGGCCTCCCGAACTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||
 130441 GATGGCCTCCCGAACTGGGAAG