seq1 = pF1KE0754.tfa, 1290 bp
seq2 = pF1KE0754/gi568815597r_235031776.tfa (gi568815597r:235031776_235261226), 229451 bp

>pF1KE0754 1290
>gi568815597r:235031776_235261226 (Chr1)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-228  (100160-100334)   100% ->
229-365  (100580-100716)   100% ->
366-597  (106115-106346)   100% ->
598-657  (108462-108521)   100% ->
658-701  (112780-112823)   100% ->
702-785  (123053-123136)   100% ->
786-849  (123287-123350)   100% ->
850-889  (125154-125193)   100% ->
890-1008  (125457-125575)   100% ->
1009-1290  (129230-129511)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTGGAAGGGATGAGCAAACGGAAGAGAAAGAGAAGTGTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTGGAAGGGATGAGCAAACGGAAGAGAAAGAGAAGTGTCCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGG         AGAGAATCCTGACGACGGCGTTCGCGGGAGTCCGCCGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGTG...TAGAGAGAATCCTGACGACGGCGTTCGCGGGAGTCCGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGACTACAGGCTTGGACAGGTCGCCAGTAGCTTATTTCGCGGCGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 AAGACTACAGGCTTGGACAGGTCGCCAGTAGCTTATTTCGCGGCGAACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTCCAGAGGTGGCACCGGTCGGCTGGCGTCCCTCTTCAGTTCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 CATTCCAGAGGTGGCACCGGTCGGCTGGCGTCCCTCTTCAGTTCTCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCCCAGATTCAACCCGTGTACGTGCCTGTGCCTAAA         CAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100298 GCCCCAGATTCAACCCGTGTACGTGCCTGTGCCTAAAGTA...AAGCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATCAAAAAAACGAAACGGAATGAGGAGGAAGAAAGTACATCCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100584 CCATCAAAAAAACGAAACGGAATGAGGAGGAAGAAAGTACATCCCAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAGACCACTTTCGCAAGAACCTGCCAAAAAAGTGAAAGCGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100634 GAAAGACCACTTTCGCAAGAACCTGCCAAAAAAGTGAAAGCGAAGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACACACTAACGCAGAAAAAAAGTTGGCAGACAG         GGAAAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100684 ACACACTAACGCAGAAAAAAAGTTGGCAGACAGGTT...AAGGGAAAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCTAGCGAGTGCTGATTTAGAAGAAGAAATTCACCAGAAACAAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106123 CTCTAGCGAGTGCTGATTTAGAAGAAGAAATTCACCAGAAACAAGGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAAGGAAAAATTCTCAACCTGGTGTTAAAGTAGCAGATAGAAAAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106173 AAAAGGAAAAATTCTCAACCTGGTGTTAAAGTAGCAGATAGAAAAATACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGACACAGAAGACACAGTTGTCAGTCAAAGAAAGAAAATTCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106223 TGATGACACAGAAGACACAGTTGTCAGTCAAAGAAAGAAAATTCAAATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCAAGAAGAAGAGAGATTAAAGAATGAGAGAACTGTGTTTGTTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106273 ACCAAGAAGAAGAGAGATTAAAGAATGAGAGAACTGTGTTTGTTGGGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGCCTGTTACATGTAATAAGAAG         AAGCTGAAGTCGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106323 TTGCCTGTTACATGTAATAAGAAGGTG...TAGAAGCTGAAGTCGTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAAGAGTATGGACAAATAGAATCTGTACGATTTCGTTCTCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108479 TAAAGAGTATGGACAAATAGAATCTGTACGATTTCGTTCTCTGGTA...A

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   ATTCCAGCAGAGGGAACGCTATCCAAAAAGTTGGCAGCAATAAA    
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112778 AGATTCCAGCAGAGGGAACGCTATCCAAAAAGTTGGCAGCAATAAAGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702      ACGTAAAATTCATCCTGATCAGAAAAATATTAATGCCTATGTTGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112828 ..TAGACGTAAAATTCATCCTGATCAGAAAAATATTAATGCCTATGTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTTAAGGAGGAGAGTGCTGCCACGCAAGCATTGAAAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 123098 GTTTAAGGAGGAGAGTGCTGCCACGCAAGCATTGAAAAGGTA...CAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGGGGCCCAGATTGCAGATGGATTTCGTATTAGAGTTGATCTCGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123289 ATGGGGCCCAGATTGCAGATGGATTTCGTATTAGAGTTGATCTCGCATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGACCTCATCT         AGAGACAAGAGATCGGTTTTTGTGGGGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 123339 GAGACCTCATCTGTA...CAGAGAGACAAGAGATCGGTTTTTGTGGGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCTCCCTTATA         AAGTTGAAGAATCTGCCATTGAGAAGCACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125183 TCTCCCTTATAGTA...CAGAAGTTGAAGAATCTGCCATTGAGAAGCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTCTGGACTGTGGAAGTATCATGGCCGTGAGGATTGTGAGAGACAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125487 TTCTGGACTGTGGAAGTATCATGGCCGTGAGGATTGTGAGAGACAAAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACAGGCATCGGCAAAGGGTTTGGCTATGTGCTCTTTGAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125537 ACAGGCATCGGCAAAGGGTTTGGCTATGTGCTCTTTGAGGTA...CAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TACAGATTCTGTTCATCTTGCTCTGAAATTAAATAATTCTGAACTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129232 TACAGATTCTGTTCATCTTGCTCTGAAATTAAATAATTCTGAACTCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGAGAAAACTCAGAGTCATGCGTTCTGTTAATAAAGAAAAATTTAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129282 GGAGAAAACTCAGAGTCATGCGTTCTGTTAATAAAGAAAAATTTAAACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAAAATTCAAATCCACGATTGAAGAATGTCAGTAAACCTAAGCAGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129332 CAAAATTCAAATCCACGATTGAAGAATGTCAGTAAACCTAAGCAGGGACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAATTTTACTTCCAAAACTGCAGAAGGACATCCTAAAAGCTTATTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129382 TAATTTTACTTCCAAAACTGCAGAAGGACATCCTAAAAGCTTATTTATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GAGAAAAAGCTGTTCTCCTTAAAACGAAGAAGAAAGGACAGAAGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129432 GAGAAAAAGCTGTTCTCCTTAAAACGAAGAAGAAAGGACAGAAGAAAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :
   1261 GGACGCCCTAAGAAACAGAGAAAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 129482 GGACGCCCTAAGAAACAGAGAAAACAGAAA