seq1 = pF1KE0745.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE0745/gi568815579r_10015478.tfa (gi568815579r:10015478_10219700), 204223 bp

>pF1KE0745 960
>gi568815579r:10015478_10219700 (Chr19)

(complement)

1-20  (99842-99861)   100% ->
21-67  (100001-100047)   100% ->
68-151  (100530-100613)   100% ->
152-240  (100745-100833)   100% ->
241-300  (100974-101033)   100% ->
301-405  (102513-102617)   100% ->
406-595  (102712-102901)   100% ->
596-703  (103627-103734)   100% ->
704-840  (103881-104017)   100% ->
841-948  (104116-104223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTACTGGAGACTTTGA         TTCGAAGCCCAGTTGGGCCGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  99842 ATGCCTACTGGAGACTTTGAGTG...CAGTTCGAAGCCCAGTTGGGCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAGGTGGAGGAGGAGGGGGAGGACG         ACAAATGTGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100022 CCAGGTGGAGGAGGAGGGGGAGGACGGTA...CAGACAAATGTGTCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GCGAGCTCCTCAAGGGGATCCCTCTGGCCACAGGTGACACCAGCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100545 GCGAGCTCCTCAAGGGGATCCCTCTGGCCACAGGTGACACCAGCCCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCAGAGCTACTGCCGGGAG         CTCCACTGCCGCCTCCCAAGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100595 CCAGAGCTACTGCCGGGAGGTG...CAGCTCCACTGCCGCCTCCCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGTCATCAACGGAAACATAAAGACAGTGACAGAGTACAAGATAGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100767 GGTCATCAACGGAAACATAAAGACAGTGACAGAGTACAAGATAGATGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGGCAAGAAGTTCAAG         ATTGTCCGCACCTTCAGGATTGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100817 ATGGCAAGAAGTTCAAGGTG...CAGATTGTCCGCACCTTCAGGATTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ACCCGGAAGGCTTCAAAGGCTGTCGCAAGGAGGAAG         AACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100998 ACCCGGAAGGCTTCAAAGGCTGTCGCAAGGAGGAAGGTG...CAGAACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 GAAGAAGTTCGGGAACTCAGAGTTTGACCCCCCCGGACCCAATGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102518 GAAGAAGTTCGGGAACTCAGAGTTTGACCCCCCCGGACCCAATGTGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CCACCACTGTCAGTGACGATGTCTCTATGACGTTCATCACCAGCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102568 CCACCACTGTCAGTGACGATGTCTCTATGACGTTCATCACCAGCAAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406          GACCTGAACTGCCAGGAGGAGGAGGACCCTATGAACAAACT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102618 GTA...CAGGACCTGAACTGCCAGGAGGAGGAGGACCCTATGAACAAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CAAGGGCCAGAAGATCGTGTCCTGCCGCATCTGCAAGGGCGACCACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102753 CAAGGGCCAGAAGATCGTGTCCTGCCGCATCTGCAAGGGCGACCACTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CCACCCGCTGCCCCTACAAGGATACGCTGGGGCCCATGCAGAAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102803 CCACCCGCTGCCCCTACAAGGATACGCTGGGGCCCATGCAGAAGGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCGAGCAGCTGGGCCTGTCTACTGGCGAGAAGGAGAAGCTGCCGGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102853 GCCGAGCAGCTGGGCCTGTCTACTGGCGAGAAGGAGAAGCTGCCGGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596         AGCTAGAGCCGGTGCAGGCCACGCAGAACAAGACAGGGAAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102903 TG...CAGAGCTAGAGCCGGTGCAGGCCACGCAGAACAAGACAGGGAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGTGCCGCCGAGCCTGCGCGACGGGGCCAGCCGCCGCGGGGAGTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103669 ATGTGCCGCCGAGCCTGCGCGACGGGGCCAGCCGCCGCGGGGAGTCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAGCCCAACCGCAGAG         CCGACGACAACGCCACCATCCGTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103719 CAGCCCAACCGCAGAGGTG...CAGCCGACGACAACGCCACCATCCGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CACCAACTTGTCAGAGGACACGCGTGAGACCGACCTGCAGGAGCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103906 CACCAACTTGTCAGAGGACACGCGTGAGACCGACCTGCAGGAGCTCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GGCCTTTCGGCTCCATCTCCCGCATCTACCTGGCTAAGGACAAGACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103956 GGCCTTTCGGCTCCATCTCCCGCATCTACCTGGCTAAGGACAAGACCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGCCAATCCAAG         GGCTTTGCCTTCATCAGCTTCCACCGCCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104006 GGCCAATCCAAGGTG...CAGGGCTTTGCCTTCATCAGCTTCCACCGCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CGAGGATGCTGCGCGTGCCATTGCCGGGGTGTCCGGCTTTGGCTACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104145 CGAGGATGCTGCGCGTGCCATTGCCGGGGTGTCCGGCTTTGGCTACGACC

   1000     .    :    .    :    .
    920 ACCTCATCCTCAACGTCGAGTGGGCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 104195 ACCTCATCCTCAACGTCGAGTGGGCCAAG