seq1 = pF1KE0723.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KE0723/gi568815578f_33972075.tfa (gi568815578f:33972075_34178546), 206472 bp

>pF1KE0723 918
>gi568815578f:33972075_34178546 (Chr20)

1-256  (100001-100256)   100% ->
257-329  (101489-101561)   100% ->
330-377  (101745-101792)   100% ->
378-544  (103800-103966)   100% ->
545-658  (104628-104741)   100% ->
659-876  (104954-105171)   100% ->
877-918  (106431-106472)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTGAAGCTTCAGGCAAGCAATGTAACCAACAAGAATGACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTTGAAGCTTCAGGCAAGCAATGTAACCAACAAGAATGACCCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCATCAACTCTCGAGTCTTCATTGGAAACCTCAACACAGCTCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCATCAACTCTCGAGTCTTCATTGGAAACCTCAACACAGCTCTGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAATCAGATGTGGAGACCATCTTCTCTAAGTATGGCCGTGTGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAATCAGATGTGGAGACCATCTTCTCTAAGTATGGCCGTGTGGCCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTTCTGTGCACAAGGGCTATGCCTTTGTTCAGTACTCCAATGAGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTTCTGTGCACAAGGGCTATGCCTTTGTTCAGTACTCCAATGAGCGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCCCGGGCAGCTGTGCTGGGAGAGAATGGGCGGGTGCTGGCCGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCCCGGGCAGCTGTGCTGGGAGAGAATGGGCGGGTGCTGGCCGGGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCTGG         ACATCAACATGGCTGGAGAGCCTAAGCCTGACAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCTGGGTA...CAGACATCAACATGGCTGGAGAGCCTAAGCCTGACAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCAAGGGGCTAAAGAGAGCAGCATCTGCCATATACAG         TGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101524 CCCAAGGGGCTAAAGAGAGCAGCATCTGCCATATACAGGTG...CAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACATCTTTGACTATGATTACTACCGGGACGACTTCTACGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101748 CTACATCTTTGACTATGATTACTACCGGGACGACTTCTACGACAGGTG..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378     GCTCTTCGACTACCGGGGCCGTCTGTCGCCCGTGCCAGTGCCCAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101798 .CAGGCTCTTCGACTACCGGGGCCGTCTGTCGCCCGTGCCAGTGCCCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCGGTCCCTGTGAAGCGACCCCGGGTCACAGTCCCTTTGGTCCGGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103846 GCGGTCCCTGTGAAGCGACCCCGGGTCACAGTCCCTTTGGTCCGGCGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAACTAACGTACCTGTCAAGCTCTTTGCCCGCTCCACAGCTGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103896 CAAAACTAACGTACCTGTCAAGCTCTTTGCCCGCTCCACAGCTGTCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAGCTCAGCCAAGATCAAGT         TAAAGAGCAGTGAGCTGCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103946 CCAGCTCAGCCAAGATCAAGTGTG...CAGTAAAGAGCAGTGAGCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCATCAAGACGGAGCTGACACAGATCAAGTCCAATATCGATGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104648 GCCATCAAGACGGAGCTGACACAGATCAAGTCCAATATCGATGCCCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGCCGCTTGGAGCAGATCGCTGCGGAGCAAAAGGCCAATCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104698 GAGCCGCTTGGAGCAGATCGCTGCGGAGCAAAAGGCCAATCCAGGTC...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    ATGGCAAGAAGAAGGGTGATGGAGGTGGCGCCGGCGGCGGCGGCGGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104951 AAGATGGCAAGAAGAAGGGTGATGGAGGTGGCGCCGGCGGCGGCGGCGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTGGTGGCAGCGGTGGCGGTGGCAGTGGTGGTGGCGGTGGCGGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105001 GGTGGTGGCAGCGGTGGCGGTGGCAGTGGTGGTGGCGGTGGCGGTGGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCCGGCCACCAGCCCCCCAAGAGAACACAACTTCTGAGGCAGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105051 CAGCCGGCCACCAGCCCCCCAAGAGAACACAACTTCTGAGGCAGGCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCAGGGGGAAGCACGGACCCGAGACGACGGCGATGAGGAAGGGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105101 CCCAGGGGGAAGCACGGACCCGAGACGACGGCGATGAGGAAGGGCTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACACACAGCGAGGAAGAGCTG         GAACACAGCCAGGACACAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105151 ACACACAGCGAGGAAGAGCTGGTG...CAGGAACACAGCCAGGACACAGA

    950     .    :    .    :
    897 CGCGGATGATGGGGCCTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||
 106451 CGCGGATGATGGGGCCTTGCAG