seq1 = pF1KE0722.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE0722/gi568815583f_76918147.tfa (gi568815583f:76918147_77137173), 219027 bp

>pF1KE0722 1245
>gi568815583f:76918147_77137173 (Chr15)

1-33  (77431-77463)   100% ->
34-134  (100002-100102)   100% ->
135-209  (100311-100385)   100% ->
210-244  (107138-107172)   100% ->
245-351  (107352-107458)   100% ->
352-414  (109706-109768)   100% ->
415-513  (110408-110506)   100% ->
514-559  (111383-111428)   100% ->
560-639  (112356-112435)   100% ->
640-738  (113034-113132)   100% ->
739-835  (114152-114248)   100% ->
836-926  (114716-114806)   100% ->
927-982  (117362-117417)   100% ->
983-1116  (117656-117789)   100% ->
1117-1245  (118899-119027)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCAGCTGCAGTTCAAAGATGCCTTTTGG         TGCAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  77431 ATGCCCCAGCTGCAGTTCAAAGATGCCTTTTGGGTG...CAGTGCAGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTCACAGCCCACACGGGCTACGAGGTGCTGCTGCAGCGGCTTCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 CTTCACAGCCCACACGGGCTACGAGGTGCTGCTGCAGCGGCTTCTGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGGAAGATGTGCAAAGACATGGAGGAGCTACTGAGGCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100060 GCAGGAAGATGTGCAAAGACATGGAGGAGCTACTGAGGCAGAGGTG...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135   GGCCCAGGCGGAGGAGCGGTACGGGAAGGAGCTGGTGCAGATCGCACG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100309 AGGGCCCAGGCGGAGGAGCGGTACGGGAAGGAGCTGGTGCAGATCGCACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGGCAGGTGGCCAGACGGAGATCAA         CTCCCTGAGGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100359 GAAGGCAGGTGGCCAGACGGAGATCAAGTA...CAGCTCCCTGAGGGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCTTTGACTCCTTGAAGCAGC         AAATGGAGAATGTGGGCAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107152 CCTTTGACTCCTTGAAGCAGCGTA...CAGAAATGGAGAATGTGGGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TCACACATCCAGCTGGCCCTGACCCTGCGTGAGGAGCTGCGGAGTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107372 TCACACATCCAGCTGGCCCTGACCCTGCGTGAGGAGCTGCGGAGTCTCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGAGTTTCGTGAGAGGCAGAAGGAGCAGAGGAAGAAG         TATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107422 GGAGTTTCGTGAGAGGCAGAAGGAGCAGAGGAAGAAGGTG...CAGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGGCCGTCATGGACCGGGTCCAGAAGAGCAAGCTGTCGCTCTACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109710 AGGCCGTCATGGACCGGGTCCAGAAGAGCAAGCTGTCGCTCTACAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCCATGGAG         TCCAAGAAGACATACGAGCAGAAGTGCCGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109760 GCCATGGAGGTG...CAGTCCAAGAAGACATACGAGCAGAAGTGCCGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CGCGGACGACGCGGAGCAGGCCTTCGAGCGCATTAGCGCCAACGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110440 CGCGGACGACGCGGAGCAGGCCTTCGAGCGCATTAGCGCCAACGGCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGAAGCAGGTGGAGAAG         AGTCAGAACAAAGCCAGGCAGTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110490 AGAAGCAGGTGGAGAAGGTG...CAGAGTCAGAACAAAGCCAGGCAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAGGACTCGGCCACCGAGGCAG         AGCGGGTATACAGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111407 AAGGACTCGGCCACCGAGGCAGGTA...CAGAGCGGGTATACAGGCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 CATTGCGCAGCTGGAGAAGGTCCGGGCTGAGTGGGAGCAGGAGCACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112375 CATTGCGCAGCTGGAGAAGGTCCGGGCTGAGTGGGAGCAGGAGCACCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CCACCTGTGAG         GCCTTTCAGCTGCAAGAGTTTGACCGGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112425 CCACCTGTGAGGTG...CAGGCCTTTCAGCTGCAAGAGTTTGACCGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 ACCATTCTCCGCAACGCCCTGTGGGTGCACAGCAACCAGCTCTCCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113064 ACCATTCTCCGCAACGCCCTGTGGGTGCACAGCAACCAGCTCTCCATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GTGTGTCAAGGATGATGAG         CTCTACGAGGAAGTGCGGCTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113114 GTGTGTCAAGGATGATGAGGTG...CAGCTCTACGAGGAAGTGCGGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 CGCTGGAAGGCTGCAGCATAGACGCCGACATCGACAGTTTCATCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114174 CGCTGGAAGGCTGCAGCATAGACGCCGACATCGACAGTTTCATCCAGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AAGAGCACGGGCACAGAGCCCCCCG         CTCCGGTGCCCTACCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114224 AAGAGCACGGGCACAGAGCCCCCCGGTG...CAGCTCCGGTGCCCTACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 GAACTATTACGATCGGGAGGTCACCCCGCTGACCAGCAGCCCTGGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114732 GAACTATTACGATCGGGAGGTCACCCCGCTGACCAGCAGCCCTGGCATAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 AGCCGTCCTGCGGCATGATAAAGAG         GTTCTCTGGACTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114782 AGCCGTCCTGCGGCATGATAAAGAGGTG...CAGGTTCTCTGGACTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 CACGGAAGTCCCAAGACCACTTCGTTGGCAGCTTCTGCTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117378 CACGGAAGTCCCAAGACCACTTCGTTGGCAGCTTCTGCTGGTA...TAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 GTCCACAGAGACCCTGACCCCCACCCCCGAGCGGAATGAGGGTGTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117657 GTCCACAGAGACCCTGACCCCCACCCCCGAGCGGAATGAGGGTGTCTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 CAGCCATCGCAGTGCAGGAGATACAGGGAAACCCGGCCTCACCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117707 CAGCCATCGCAGTGCAGGAGATACAGGGAAACCCGGCCTCACCAGCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GAGTACCGGGCGCTCTACGATTATACAGCGCAG         AACCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117757 GAGTACCGGGCGCTCTACGATTATACAGCGCAGGTG...CAGAACCCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 TGAGCTGGACCTGTCCGCGGGAGACATCCTGGAGGTGATCCTGGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118907 TGAGCTGGACCTGTCCGCGGGAGACATCCTGGAGGTGATCCTGGAAGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 AGGATGGCTGGTGGACTGTGGAGAGGAACGGGCAGCGTGGCTTCGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118957 AGGATGGCTGGTGGACTGTGGAGAGGAACGGGCAGCGTGGCTTCGTCCCT

   1350     .    :    .    :
   1225 GGTTCCTACCTGGAGAAGCTT
        |||||||||||||||||||||
 119007 GGTTCCTACCTGGAGAAGCTT