seq1 = pF1KE0715.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KE0715/gi568815583r_40667943.tfa (gi568815583r:40667943_40907446), 239504 bp

>pF1KE0715 912
>gi568815583r:40667943_40907446 (Chr15)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-148  (127450-127519)   100% ->
149-207  (127844-127902)   100% ->
208-295  (128137-128224)   100% ->
296-381  (130820-130905)   100% ->
382-478  (131155-131251)   100% ->
479-522  (131851-131894)   100% ->
523-600  (132339-132416)   100% ->
601-681  (133011-133091)   100% ->
682-792  (133610-133720)   100% ->
793-912  (139385-139504)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGTGACCAAGGAGCTCTTACAGATGGACCTGTACGCGCTGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGTGACCAAGGAGCTCTTACAGATGGACCTGTACGCGCTGCTAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGAGGAGAAGGCAGCGGACAAAGAG         GTAAAGAAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CATTGAGGAGAAGGCAGCGGACAAAGAGGTG...CAGGTAAAGAAGGCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAGGCAGAAGGCCCTCTCCTGCCACCCAGACAAAAATCCAGATAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127463 ATAGGCAGAAGGCCCTCTCCTGCCACCCAGACAAAAATCCAGATAATCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGCAG         CTGAACTCTTCCACCAGCTTTCTCAGGCCTTGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127513 AGAGCAGGTG...TAGCTGAACTCTTCCACCAGCTTTCTCAGGCCTTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGCTGACCGATGCTGCAGCCAGG         GCTGCATATGACAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127878 GGTGCTGACCGATGCTGCAGCCAGGGTA...CAGGCTGCATATGACAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCAGGAAAGCCAAGAAGCAAGCAGCAGAGAGGACCCAGAAACTTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128153 TCAGGAAAGCCAAGAAGCAAGCAGCAGAGAGGACCCAGAAACTTGATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAAAGGAAGAAAGTGAAGCTTG         ACCTGGAGGCCCGGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128203 AAAAGGAAGAAAGTGAAGCTTGGTA...TAGACCTGGAGGCCCGGGAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCAGGCCCAGGCCCAGGAGAGTGAGGAGGAAGAGGAGAGCCGGAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130839 GCAGGCCCAGGCCCAGGAGAGTGAGGAGGAAGAGGAGAGCCGGAGCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGACACTAGAGCAAGAG         ATCGAACGCCTGAGAGAAGAGGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 130889 GGACACTAGAGCAAGAGGTG...CAGATCGAACGCCTGAGAGAAGAGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TCCCGGCAGCTGGAGGAACAGCAGAGGCTCATCCGGGAGCAGATACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131179 TCCCGGCAGCTGGAGGAACAGCAGAGGCTCATCCGGGAGCAGATACGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGAGCGTGACCAGAGGTTGAGAG         GAAAGGCAGAAAATACTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 131229 GGAGCGTGACCAGAGGTTGAGAGGTG...TAGGAAAGGCAGAAAATACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGGCCAAGGAACCCCCAAACTAAAG         CTAAAATGGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 131869 AAGGCCAAGGAACCCCCAAACTAAAGGTG...CAGCTAAAATGGAAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAGAAGGAGGATGAGTCAAAAGGTGGCTACTCCAAAGACGTCCTCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132354 AAGAAGGAGGATGAGTCAAAAGGTGGCTACTCCAAAGACGTCCTCCTACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCTTTTGCAGAAG         TATGGTGAGGTTCTCAACCTGGTGCTTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132404 GCTTTTGCAGAAGGTC...CAGTATGGTGAGGTTCTCAACCTGGTGCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CCAGTAAGAAGCCAGGCACTGCTGTGGTGGAGTTTGCAACCGTCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133039 CCAGTAAGAAGCCAGGCACTGCTGTGGTGGAGTTTGCAACCGTCAAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCG         GAGCTGGCTGTCCAGAATGAAGTTGGCCTGGTGGATAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133089 GCGGTG...CAGGAGCTGGCTGTCCAGAATGAAGTTGGCCTGGTGGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CCCTCTGAAGATTTCCTGGTTGGAGGGACAGCCCCAGGATGCCGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133648 CCCTCTGAAGATTTCCTGGTTGGAGGGACAGCCCCAGGATGCCGTGGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GCAGCCACTCAGGACTGTCAAAG         GGCTCAGTGCTGTCAGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133698 GCAGCCACTCAGGACTGTCAAAGGTG...CAGGGCTCAGTGCTGTCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AGGGACTACGAGAGCCTCGTCATGATGCGCATGCGCCAGGCGGCCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139403 AGGGACTACGAGAGCCTCGTCATGATGCGCATGCGCCAGGCGGCCGAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GCAACAGCTGATCGCACGGATGCAGCAGGAAGACCAGGAGGGGCCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139453 GCAACAGCTGATCGCACGGATGCAGCAGGAAGACCAGGAGGGGCCGCCTA

   1000 
    911 CG
        ||
 139503 CG