seq1 = pF1KE0712.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KE0712/gi568815581r_39112295.tfa (gi568815581r:39112295_39325502), 213208 bp

>pF1KE0712 1233
>gi568815581r:39112295_39325502 (Chr17)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-397  (107330-107636)   100% ->
398-495  (108330-108427)   100% ->
496-586  (108603-108693)   100% ->
587-699  (110273-110385)   100% ->
700-772  (110480-110552)   100% ->
773-843  (110642-110712)   100% ->
844-941  (111173-111270)   100% ->
942-993  (111945-111996)   100% ->
994-1131  (112371-112508)   100% ->
1132-1233  (113107-113208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGAGATGAGCGAGAAGGAGAACGAACCGGATGACGCGGCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGAGATGAGCGAGAAGGAGAACGAACCGGATGACGCGGCCACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCCCCCAGGGACCGTCTCCGCCCTCCAGGAAACCAAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 CAGCCCCCCAGGGACCGTCTCCGCCCTCCAGGAAACCAAGGTA...CAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGCGATTCAAGCGCTCCCTCTCCCTCAAGACCATCCTCCGAAGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107331 TCCAGCGATTCAAGCGCTCCCTCTCCCTCAAGACCATCCTCCGAAGTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTTGGAGAACTTCTTCCTTCGCTCGGGCTCTGAGCTCAAGTGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107381 AGCTTGGAGAACTTCTTCCTTCGCTCGGGCTCTGAGCTCAAGTGCCCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAGGTGCTGCTGACGCCCCCAACCCCACTGCCCCCTCCCTCCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107431 CGAGGTGCTGCTGACGCCCCCAACCCCACTGCCCCCTCCCTCCCCACCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACAGCCTCGGACAGGGGCCTGGCTACCCCATCCCCCTCCCCATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107481 CCACAGCCTCGGACAGGGGCCTGGCTACCCCATCCCCCTCCCCATGCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCCCACGCCCCCTGGCAGCGCTCAAACCAGTGAGGCTGCACAGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107531 GTCCCACGCCCCCTGGCAGCGCTCAAACCAGTGAGGCTGCACAGCTTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAACATGTCTTCAAGCGAGCTAGCCCTTGTGAGCTGTGCCACCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107581 GGAACATGTCTTCAAGCGAGCTAGCCCTTGTGAGCTGTGCCACCAGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCGTAG         GAAACTCCAAACAGGGCTTGCGATGTAAGATGTGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107631 TCGTAGGTA...TAGGAAACTCCAAACAGGGCTTGCGATGTAAGATGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAGTCAGCGTCCACCTCTGGTGCTCTGAGGAGATCTCCCACCAGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108365 AAAGTCAGCGTCCACCTCTGGTGCTCTGAGGAGATCTCCCACCAGCAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCAGGCAAGACG         TCCACCTCCTTCCGCCGCAACTTCAGTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108415 CCCAGGCAAGACGGTG...TAGTCCACCTCCTTCCGCCGCAACTTCAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCCTCTCCTGGTGCATGAGCCGCCACCAGTCTGTGCCACAAGCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108631 CCCCTCTCCTGGTGCATGAGCCGCCACCAGTCTGTGCCACAAGCAAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCCCACCCACTG         GGGACAGTGGGAAGGTGGACCCTGTCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108681 TCCCCACCCACTGGTG...CAGGGGACAGTGGGAAGGTGGACCCTGTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGAGACCCTGCGCTATGGCACCTCCCTGGCACTGATGAACCGCTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110301 CGAGACCCTGCGCTATGGCACCTCCCTGGCACTGATGAACCGCTCCAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCAGCAGCACCTCTGAGTCCCCGACAAGGAGCCTG         AGTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110351 TCAGCAGCACCTCTGAGTCCCCGACAAGGAGCCTGGTA...TAGAGTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGGATGAGCTGACCGAGGATGGGGAAGGCAGCATCCGCAGCTCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110486 CGGGATGAGCTGACCGAGGATGGGGAAGGCAGCATCCGCAGCTCTGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGGGCCTGGTGACAGTG         CATCTCCAGTATTCACAGCCCCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110536 GGGGCCTGGTGACAGTGGTG...TAGCATCTCCAGTATTCACAGCCCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGAGAGTGAAGGGCCAGGACCAGAGGAGAAGAGTCCTGGACAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110666 CAGAGAGTGAAGGGCCAGGACCAGAGGAGAAGAGTCCTGGACAGCAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       CTCCCCAAAGCCACCCTGCGGAAGGATGTGGGGCCCATGTACTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110716 ...CAGCTCCCCAAAGCCACCCTGCGGAAGGATGTGGGGCCCATGTACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTACGTTGCACTCTACAAGTTTCTGCCCCAGGAGAACAATGATCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111217 CTACGTTGCACTCTACAAGTTTCTGCCCCAGGAGAACAATGATCTGGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCA         GCCTGGAGATCGGATCATGCTGGTGGATGACTCTAAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111267 TGCAGTA...CAGGCCTGGAGATCGGATCATGCTGGTGGATGACTCTAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGGACTGGTGGAAG         GGCAAGATCGGCGACCGGGTTGGCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111982 GAGGACTGGTGGAAGGTG...CAGGGCAAGATCGGCGACCGGGTTGGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTCCCAGCTAATTTTGTGCAACGGGTGAGGCCAGGCGAGAATGTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112397 CTTCCCAGCTAATTTTGTGCAACGGGTGAGGCCAGGCGAGAATGTTTGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCTGCTGCCAACCCTTCTCCGGGAACAAGGAACAGGGTTACATGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112447 GCTGCTGCCAACCCTTCTCCGGGAACAAGGAACAGGGTTACATGAGCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGGAGAACCAG         ATCTGCGTGGGCGTGGGCAGAAGCAAGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112497 AAGGAGAACCAGGTG...CAGATCTGCGTGGGCGTGGGCAGAAGCAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGCTGACGGCTTCATCCGCGTCAGCAGTGGCAAGAAGCGGGGCCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113136 TGCTGACGGCTTCATCCGCGTCAGCAGTGGCAAGAAGCGGGGCCTGGTGC

   1300     .    :    .    :
   1211 CAGTCGACGCCCTGACTGAGATC
        |||||||||||||||||||||||
 113186 CAGTCGACGCCCTGACTGAGATC