seq1 = pF1KE0709.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KE0709/gi568815594f_67458810.tfa (gi568815594f:67458810_67706354), 247545 bp

>pF1KE0709 885
>gi568815594f:67458810_67706354 (Chr4)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-192  (112275-112346)   100% ->
193-306  (116576-116689)   100% ->
307-363  (118394-118450)   100% ->
364-530  (122496-122662)   100% ->
531-659  (124765-124893)   100% ->
660-729  (132075-132144)   100% ->
730-826  (134451-134547)   100% ->
827-885  (147487-147545)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCTAAGAAGCCCCCAAAACCAGCCCCTCGCAGGATCTTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGCTAAGAAGCCCCCAAAACCAGCCCCTCGCAGGATCTTCCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGGTTAAAGATTACTGCTCTACCTTTGTACTTTGAAGGTTTTTTATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGGTTAAAGATTACTGCTCTACCTTTGTACTTTGAAGGTTTTTTATTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGCGGTCAGGATACCGG         GAGTATGAGCATTACTGGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGCGGTCAGGATACCGGGTG...CAGGAGTATGAGCATTACTGGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTTGAGAGGAACTACTCTTTTCTTTTATACCGACAAAAAGAGTATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112296 GAGTTGAGAGGAACTACTCTTTTCTTTTATACCGACAAAAAGAGTATAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 A         TATGTTGACAAATTAGACATAGTAGACCTCACATGCCTTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112346 AGTA...CAGTATGTTGACAAATTAGACATAGTAGACCTCACATGCCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAGCAGAATTCAACTGAAAAGAACTGTGCGAAATTCACCCTTGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116616 CTGAGCAGAATTCAACTGAAAAGAACTGTGCGAAATTCACCCTTGTTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCGAAAGAGGAAGTACAACTGAAG         ACAGAGAACACAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116666 CCGAAAGAGGAAGTACAACTGAAGGTG...TAGACAGAGAACACAGAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGGGAAGAATGGAGAGGCTTCATTCTTACAGTAACAGAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118411 TGGGGAAGAATGGAGAGGCTTCATTCTTACAGTAACAGAGGTA...CAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGTCAGTTCCCCAAAACGTGTCACTCCTACCTGGGCAAGTAATTAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122497 TGTCAGTTCCCCAAAACGTGTCACTCCTACCTGGGCAAGTAATTAAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATGAAGTCCTAGAGAGAGAAAAGAAAAGGAGGATTGAGACAGAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122547 CATGAAGTCCTAGAGAGAGAAAAGAAAAGGAGGATTGAGACAGAGCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TACGTCCGTGGAAAAAGAGAAGGAACCAACTGAAGATTATGTGGATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122597 TACGTCCGTGGAAAAAGAGAAGGAACCAACTGAAGATTATGTGGATGTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAACCCTATGCCAGC         ATGTTTTTATACAGTGTCCCGGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122647 TGAACCCTATGCCAGCGTA...TAGATGTTTTTATACAGTGTCCCGGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGCAACTGAGATGCTCCAGAAGAACCCTTCTTTGGGAAATATGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124790 GAGGCAACTGAGATGCTCCAGAAGAACCCTTCTTTGGGAAATATGATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGGCCTGGTAGTGACAGTAGAAACTACTCCATCACTATTCGGCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124840 GAGGCCTGGTAGTGACAGTAGAAACTACTCCATCACTATTCGGCAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGA         CATTCCAAGAATCAAGCACTACAAAGTGATGAGCGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124890 TAGAGTA...TAGCATTCCAAGAATCAAGCACTACAAAGTGATGAGCGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGACAAAACTACACTATTGAACTGGAAAAACCT         GTAACACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 132112 GGACAAAACTACACTATTGAACTGGAAAAACCTGTA...CAGGTAACACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCCAAACCTTTTCAGTGTCATTGATTATTTTGTGAAGGAGACTCGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134459 CCCAAACCTTTTCAGTGTCATTGATTATTTTGTGAAGGAGACTCGAGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTTAAGACCATTTATATGTTCAACTGATGAAAACACTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 134509 ATTTAAGACCATTTATATGTTCAACTGATGAAAACACTGGTA...TAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAAGAACCCAGTATGGAAGGGAGAAGTGAAAAGTTGAAGAAAAATCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147489 CAAGAACCCAGTATGGAAGGGAGAAGTGAAAAGTTGAAGAAAAATCCACA

    950     .
    879 CATTGCA
        |||||||
 147539 CATTGCA