seq1 = pF1KE0706.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KE0706/gi568815579f_1317499.tfa (gi568815579f:1317499_1534909), 217411 bp

>pF1KE0706 1221
>gi568815579f:1317499_1534909 (Chr19)

1-29  (90276-90304)   100% ->
30-70  (100002-100042)   100% ->
71-237  (100706-100872)   100% ->
238-303  (101168-101233)   100% ->
304-414  (103650-103760)   100% ->
415-463  (104850-104898)   100% ->
464-546  (108380-108462)   100% ->
547-700  (111344-111497)   100% ->
701-730  (112469-112498)   100% ->
731-871  (112724-112864)   100% ->
872-1048  (115016-115192)   100% ->
1049-1221  (117239-117411)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAACTCGGGCGCCGACGAGATCGG         GAAGCTCTTCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  90276 ATGAACAACTCGGGCGCCGACGAGATCGGGTG...CAGGAAGCTCTTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGGCGGTCTTGACTGGAGCACGACCCAAG         AGACTCTGCGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100014 GGGCGGTCTTGACTGGAGCACGACCCAAGGTA...CAGAGACTCTGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GCTACTTTTCCCAATATGGAGAAGTCGTAGATTGTGTTATCATGAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100718 GCTACTTTTCCCAATATGGAGAAGTCGTAGATTGTGTTATCATGAAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAACCACCAACCAGTCTCGAGGCTTTGGGTTTGTCAAATTTAAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 AAAACCACCAACCAGTCTCGAGGCTTTGGGTTTGTCAAATTTAAAGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAACTGTGTGGGGACGGTGCTGGCCAGCAGACCGCACACGCTAGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100818 AAACTGTGTGGGGACGGTGCTGGCCAGCAGACCGCACACGCTAGATGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAAAC         ATCGACCCCAAGCCATGCACACCCCGGGGGATGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100868 GAAACGTA...CAGATCGACCCCAAGCCATGCACACCCCGGGGGATGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCGGAGAGAACACGGCCGAAGGAAGGATGG         CAGAAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101204 CCGGAGAGAACACGGCCGAAGGAAGGATGGGTA...CAGCAGAAAGGACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAGGAGCGATAACAGTAAATCAAATAAGATATTTGTCGGTGGAATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103661 CAGGAGCGATAACAGTAAATCAAATAAGATATTTGTCGGTGGAATTCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACAATTGTGGTGAGACAGAGCTCAGGGAATACTTCAAGAAGTTCGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103711 ACAATTGTGGTGAGACAGAGCTCAGGGAATACTTCAAGAAGTTCGGAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415          GTCACGGAGGTAGTCATGATCTATGACGCCGAGAAGCAGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103761 GTG...CAGGTCACGGAGGTAGTCATGATCTATGACGCCGAGAAGCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCCCCGAG         GTTTTGGATTTATTACTTTCGAGGACGAACAAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104891 GCCCCGAGGTA...TAGGTTTTGGATTTATTACTTTCGAGGACGAACAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CAGTGGACCAGGCTGTCAACATGCATTTTCACGACATCATGGGCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108413 CAGTGGACCAGGCTGTCAACATGCATTTTCACGACATCATGGGCAAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547          GTGGAAGTTAAACGAGCTGAGCCTCGGGACAGCAAGAGCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108463 GTG...TAGGTGGAAGTTAAACGAGCTGAGCCTCGGGACAGCAAGAGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGCGCCGGGACAGCCAGGTGCCAGCCAGTGGGGGAGCCGGGTTGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111385 AGCGCCGGGACAGCCAGGTGCCAGCCAGTGGGGGAGCCGGGTTGTGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACGCTGCCAATGGCTGGGCAGGCCAGCCCCCGCCCACGTGGCAGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111435 ACGCTGCCAATGGCTGGGCAGGCCAGCCCCCGCCCACGTGGCAGCAAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATGGCCCGCAAG         GAATGTGGGTGCCGGCAGGACAGGCGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111485 TATGGCCCGCAAGGTA...TAGGAATGTGGGTGCCGGCAGGACAGGCGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TG         GTGGCTATGGACCGCCCCCTGCAGGAAGAGGAGCCCCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112497 TGGTA...CAGGTGGCTATGGACCGCCCCCTGCAGGAAGAGGAGCCCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CGCCACCCCCACCGTTCACCTCCTACATCGTGTCCACCCCTCCTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112763 CGCCACCCCCACCGTTCACCTCCTACATCGTGTCCACCCCTCCTGGAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTTCCCCCTCCCCAGGGCTTCCCTCAGGGCTACGGTGCCCCGCCACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112813 TTTCCCCCTCCCCAGGGCTTCCCTCAGGGCTACGGTGCCCCGCCACAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CA         GTTTTGGCTACGGGCCTCCACCTCCACCGCCAGATCAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112863 CAGTA...CAGGTTTTGGCTACGGGCCTCCACCTCCACCGCCAGATCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TTGCCCCTCCGGGGGTTCCTCCTCCACCAGCCACTCCCGGGGCAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115055 TTGCCCCTCCGGGGGTTCCTCCTCCACCAGCCACTCCCGGGGCAGCACCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTGGCTTTCCCACCGCCTCCGTCTCAGGCTGCCCCGGACATGAGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115105 CTGGCTTTCCCACCGCCTCCGTCTCAGGCTGCCCCGGACATGAGCAAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCCGACAGCTCAGCCAGACTTCCCCTATGGTCAGTATG         CAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115155 CCCGACAGCTCAGCCAGACTTCCCCTATGGTCAGTATGGTA...CAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GTTACGGGCAGGACTTGAGTGGCTTCGGACAGGGCTTCTCAGACCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117242 GTTACGGGCAGGACTTGAGTGGCTTCGGACAGGGCTTCTCAGACCCCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CAGCAGCCTCCTTCCTACGGGGGTCCCTCCGTGCCAGGGTCGGGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117292 CAGCAGCCTCCTTCCTACGGGGGTCCCTCCGTGCCAGGGTCGGGGGGCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCCCGCCGGCGGCAGCGGCTTTGGACGAGGGCAGAACCACAACGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117342 CCCCGCCGGCGGCAGCGGCTTTGGACGAGGGCAGAACCACAACGTGCAAG

   1300     .    :    .    :
   1202 GGTTCCACCCCTACCGACGC
        ||||||||||||||||||||
 117392 GGTTCCACCCCTACCGACGC