seq1 = pF1KE0702.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KE0702/gi568815582f_30648821.tfa (gi568815582f:30648821_30857094), 208274 bp

>pF1KE0702 1218
>gi568815582f:30648821_30857094 (Chr16)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-271  (102286-102461)   100% ->
272-326  (102729-102783)   100% ->
327-392  (104412-104477)   100% ->
393-556  (104574-104737)   100% ->
557-647  (107362-107452)   100% ->
648-801  (107547-107700)   100% ->
802-927  (107770-107895)   100% ->
928-1218  (107984-108274)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGCTGGACGTGGGGCCGGAGGATGAGCTGCCCGACTGGGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGCTGGACGTGGGGCCGGAGGATGAGCTGCCCGACTGGGCCGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGAGTTTTACCAGAAGTACGACCCTAAGGACGTCATCGGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 CAAAGAGTTTTACCAGAAGTACGACCCTAAGGACGTCATCGGCAGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     AGGAGTGAGCTCTGTGGTCCGCCGTTGTGTTCATCGAGCTACTGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGAGGAGTGAGCTCTGTGGTCCGCCGTTGTGTTCATCGAGCTACTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACGAGTTTGCGGTGAAGATTATGGAAGTGACAGCTGAGCGGCTGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102332 CACGAGTTTGCGGTGAAGATTATGGAAGTGACAGCTGAGCGGCTGAGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGCAGCTGGAGGAGGTGCGGGAAGCCACACGGCGAGAGACACACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102382 TGAGCAGCTGGAGGAGGTGCGGGAAGCCACACGGCGAGAGACACACATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCGCCAGGTCGCCGGCCACCCCCACATCA         TCACCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102432 TTCGCCAGGTCGCCGGCCACCCCCACATCAGTG...TAGTCACCCTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATTCCTACGAGTCTTCTAGCTTCATGTTCCTGGTGTTTGACCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102740 GATTCCTACGAGTCTTCTAGCTTCATGTTCCTGGTGTTTGACCTGTG...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327    GATGCGGAAGGGAGAGCTGTTTGACTATCTCACAGAGAAGGTGGCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104409 TAGGATGCGGAAGGGAGAGCTGTTTGACTATCTCACAGAGAAGGTGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTCTGAAAAGGAAACCAG         GTCCATCATGCGGTCTCTGCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104459 TCTCTGAAAAGGAAACCAGGTA...CAGGTCCATCATGCGGTCTCTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAGCAGTGAGCTTTCTCCATGCCAACAACATTGTGCATCGAGATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104596 GAAGCAGTGAGCTTTCTCCATGCCAACAACATTGTGCATCGAGATCTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCCGAGAATATTCTCCTAGATGACAATATGCAGATCCGACTTTCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104646 GCCCGAGAATATTCTCCTAGATGACAATATGCAGATCCGACTTTCAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGGGTTCTCCTGCCACTTGGAACCTGGCGAGAAGCTTCGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104696 TCGGGTTCTCCTGCCACTTGGAACCTGGCGAGAAGCTTCGAGGTG...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557  AGTTGTGTGGGACCCCAGGGTATCTAGCGCCAGAGATCCTTAAATGCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107361 GAGTTGTGTGGGACCCCAGGGTATCTAGCGCCAGAGATCCTTAAATGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATGGATGAAACCCACCCAGGCTATGGCAAGGAGGTCGACCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107411 CATGGATGAAACCCACCCAGGCTATGGCAAGGAGGTCGACCTGTG...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648  CTGGGCCTGTGGGGTGATCTTGTTCACACTCCTGGCTGGCTCGCCACCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107546 GCTGGGCCTGTGGGGTGATCTTGTTCACACTCCTGGCTGGCTCGCCACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCTGGCACCGGCGGCAGATCCTGATGTTACGCATGATCATGGAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107596 TTCTGGCACCGGCGGCAGATCCTGATGTTACGCATGATCATGGAGGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTACCAGTTCAGTTCCCCCGAGTGGGATGACCGTTCCAGCACTGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107646 GTACCAGTTCAGTTCCCCCGAGTGGGATGACCGTTCCAGCACTGTCAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCTG         ATCTCCAGGCTGCTGCAGGTGGATCCTGAGGCACGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107696 ACCTGGTG...TAGATCTCCAGGCTGCTGCAGGTGGATCCTGAGGCACGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGACAGCTGAGCAGGCCCTACAGCACCCCTTCTTTGAGCGTTGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107806 CTGACAGCTGAGCAGGCCCTACAGCACCCCTTCTTTGAGCGTTGTGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGCCAACCCTGGAACCTCACCCCCCGCCAGCGGTTCCGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107856 CAGCCAACCCTGGAACCTCACCCCCCGCCAGCGGTTCCGGGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGCAGTGTGGACAGTGCTGGCTGCTGGACGAGTGGCCCTAAGCACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 TGGCAGTGTGGACAGTGCTGGCTGCTGGACGAGTGGCCCTAAGCACCCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGTGTACGGCCACTGACCAAGAATGCACTGTTGAGGGACCCTTATGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108035 CGTGTACGGCCACTGACCAAGAATGCACTGTTGAGGGACCCTTATGCGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCGGTCAGTGCGGCACCTCATCGACAACTGTGCCTTCCGGCTCTACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108085 GCGGTCAGTGCGGCACCTCATCGACAACTGTGCCTTCCGGCTCTACGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTGGGTAAAGAAAGGGGAGCAGCAGAACCGGGCGGCTCTCTTTCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108135 ACTGGGTAAAGAAAGGGGAGCAGCAGAACCGGGCGGCTCTCTTTCAGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGGCCCCCTGGGCCTTTTCCCATCATGGGCCCTGAAGAGGAGGGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108185 CGGCCCCCTGGGCCTTTTCCCATCATGGGCCCTGAAGAGGAGGGAGACTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGCTGCTATAACTGAGGATGAGGCCGTGCTTGTGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108235 TGCTGCTATAACTGAGGATGAGGCCGTGCTTGTGCTGGGC