seq1 = pF1KE0696.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KE0696/gi568815588f_122293201.tfa (gi568815588f:122293201_122529935), 236735 bp

>pF1KE0696 1212
>gi568815588f:122293201_122529935 (Chr10)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-198  (104718-104774)   100% ->
199-244  (107143-107188)   100% ->
245-342  (113376-113473)   100% ->
343-468  (119720-119845)   100% ->
469-612  (122659-122802)   100% ->
613-681  (124700-124768)   100% ->
682-746  (130999-131063)   98% ->
747-810  (131696-131759)   100% ->
811-900  (133742-133831)   100% ->
901-1212  (136424-136735)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTTATGTGGATCGTCAGAATCGCATTTGTGGTTTTCTAGACATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTTATGTGGATCGTCAGAATCGCATTTGTGGTTTTCTAGACATTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAAATGAAAACAGTGGGAAATTTCTTCGAAGGTACTTCATACTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAAATGAAAACAGTGGGAAATTTCTTCGAAGGTACTTCATACTGGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGAGAAGATAGTTTCGTGTGGTACATGGATAATCCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 CCAGAGAAGATAGTTTCGTGTGGTACATGGATAATCCACAGGTT...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCTACCTTCTGGATCATCACGTGTTGGAGCCATTAAGCTTACCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104718 AACCTACCTTCTGGATCATCACGTGTTGGAGCCATTAAGCTTACCTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAAAG         GTTAGCGATGCTACTAAGCTAAGGCCAAAGGCGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104768 TTCAAAGGTA...TAGGTTAGCGATGCTACTAAGCTAAGGCCAAAGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTCTGTTTTG         TTATGAATGCAGGAATGAGGAAGTACTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107177 AGTTCTGTTTTGGTA...CAGTTATGAATGCAGGAATGAGGAAGTACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTACAAGCCAATGATCAGCAGGACCTAGTGGAATGGGTAAATGTGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113405 CTACAAGCCAATGATCAGCAGGACCTAGTGGAATGGGTAAATGTGTTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAAGCTATAAAAATTACA         GTACCAAAGCAGTCAGACTCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113455 CAAAGCTATAAAAATTACAGTA...CAGGTACCAAAGCAGTCAGACTCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCCTAATTCTGATAACCTAAGTCGCCATGGTGAATGTGGGAAAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119742 AGCCTAATTCTGATAACCTAAGTCGCCATGGTGAATGTGGGAAAAAGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGTCTTACAGAACTGATATTGTTGGTGGCGTACCCATCATTACTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119792 GTGTCTTACAGAACTGATATTGTTGGTGGCGTACCCATCATTACTCCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAG         AAAGAAGAAGTAAATGAATGTGGTGAAAGTATTGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119842 TCAGGTA...TAGAAAGAAGAAGTAAATGAATGTGGTGAAAGTATTGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAAATAATCTGAAACGGTCACAAAGCCATCTTCCTTACTTTACTCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122696 GAAATAATCTGAAACGGTCACAAAGCCATCTTCCTTACTTTACTCCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCACCTCAAGATAGTGCGGTTATCAAAGCTGGATATTGTGTAAAACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122746 CCACCTCAAGATAGTGCGGTTATCAAAGCTGGATATTGTGTAAAACAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCAGTG         ATGAAAAACTGGAAGAGAAGATATTTTCAATTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122796 AGCAGTGGTG...TAGATGAAAAACTGGAAGAGAAGATATTTTCAATTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGAAAACACAATAGGCTACTTCAAATCTGAACTG         GAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 124734 ATGAAAACACAATAGGCTACTTCAAATCTGAACTGGTA...CAGGAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAACCTCTTCGCGTAATACCACTTAAAGAGGTTCATAAAGTCCAGGAATG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131005 GAACCTCTTCGTGTAATACCACTTAAAGAGGTTCATAAAGTCCAGGAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAAGCAAAG         CGACATAATGATGAGGGACAACCTCTTTGAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 131055 TAAGCAAAGGTA...CAGCGACATAATGATGAGGGACAACCTCTTTGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGTAACAACGTCTCGAACTTTCTATGTGCAG         GCTGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 131728 TTGTAACAACGTCTCGAACTTTCTATGTGCAGGTA...TAGGCTGATAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CCTGAAGAGATGCACAGTTGGATTAAAGCAGTCTCTGGCGCCATTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133751 CCTGAAGAGATGCACAGTTGGATTAAAGCAGTCTCTGGCGCCATTGTAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACAGCGGGGTCCCGGCAGATCTGCGTCTTCT         GAGCATCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 133801 ACAGCGGGGTCCCGGCAGATCTGCGTCTTCTGTA...CAGGAGCATCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCGGTCCTTCAGAATCCAAACACGCTTTCCGTCCTACCAACGCAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136434 CCGGTCCTTCAGAATCCAAACACGCTTTCCGTCCTACCAACGCAGCCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCCACCTCACATTCCACAGCCTCTCGCAGCAACTCTTTGGTCTCAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136484 GCCACCTCACATTCCACAGCCTCTCGCAGCAACTCTTTGGTCTCAACCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TACCATGGAGAAGCGAGGATTTTACGAGTCTCTTGCCAAGGTCAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136534 TACCATGGAGAAGCGAGGATTTTACGAGTCTCTTGCCAAGGTCAAGCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGAACTTCAAGGTCCAGACTGTCTCTCCAAGAGAACCAGCTTCCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136584 GGAACTTCAAGGTCCAGACTGTCTCTCCAAGAGAACCAGCTTCCAAAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACTGAACAAGCTCTGTTAAGACCTCAAAGTAAAAATGGCCCTCAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136634 ACTGAACAAGCTCTGTTAAGACCTCAAAGTAAAAATGGCCCTCAGGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGATTGTGACCTAGTAGACTTGGACGATGCGAGCCTTCCGGTCAGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136684 AGATTGTGACCTAGTAGACTTGGACGATGCGAGCCTTCCGGTCAGTGACG

   1300 
   1211 TG
        ||
 136734 TG