seq1 = pF1KE0684.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE0684/gi568815591r_6064947.tfa (gi568815591r:6064947_6290532), 225586 bp

>pF1KE0684 1197
>gi568815591r:6064947_6290532 (Chr7)

(complement)

1-34  (18026-18059)   100% ->
35-117  (100002-100084)   100% ->
118-182  (102812-102876)   100% ->
183-249  (103417-103483)   100% ->
250-368  (112592-112710)   100% ->
369-449  (116800-116880)   100% ->
450-562  (119219-119331)   100% ->
563-711  (119555-119703)   100% ->
712-823  (119887-119998)   100% ->
824-900  (124723-124799)   100% ->
901-972  (124917-124988)   100% ->
973-1127  (125106-125260)   99% ->
1128-1197  (125517-125586)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGAAGACGGCGGCGGCGAGGGTGGTGGCG         TGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  18026 ATGGATGAAGACGGCGGCGGCGAGGGTGGTGGCGGTG...CAGTGCCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGACCTCTCATTAGAAGAGAGAGAAGAACTTCTAGACATTCGTCGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 AGACCTCTCATTAGAAGAGAGAGAAGAACTTCTAGACATTCGTCGAAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAAGGAACTTATTGATGACATTGAG         AGGCTGAAATATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100059 AAAAGGAACTTATTGATGACATTGAGGTA...CAGAGGCTGAAATATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATTGCAGAGGTGATGACAGAGATCGACAATCTAACTTCCGTAGAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102827 ATTGCAGAGGTGATGACAGAGATCGACAATCTAACTTCCGTAGAGGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183          CAAAACGACTCAGAGGAACAAACAGATAGCCATGGGAAGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102877 GTA...TAGCAAAACGACTCAGAGGAACAAACAGATAGCCATGGGAAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAAATTCAACATGGATCCCAAAAAG         GGAATTCAGTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103458 AGAAATTCAACATGGATCCCAAAAAGGTA...CAGGGAATTCAGTTTCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ATAGAAAATGACCTGCTACAGAGTTCCCCAGAAGACGTCGCCCAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112607 ATAGAAAATGACCTGCTACAGAGTTCCCCAGAAGACGTCGCCCAGTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTATAAAGGAGAAGGCCTAAATAAGACCGTCATTGGGGACTACCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112657 TTATAAAGGAGAAGGCCTAAATAAGACCGTCATTGGGGACTACCTGGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAAG         GGATGAATTTAATATTAAAGTTCTTCAAGCCTTTGTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112707 AAAGGTG...CAGGGATGAATTTAATATTAAAGTTCTTCAAGCCTTTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAACTCCATGAGTTTGCTGATCTCAACCTTGTACAAGCCTTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116837 GAACTCCATGAGTTTGCTGATCTCAACCTTGTACAAGCCTTAAGGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450    GCAGTTCTTATGGAGCTTCAGGCTGCCCGGGGAGGCGCAGAAGATTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119216 CAGGCAGTTCTTATGGAGCTTCAGGCTGCCCGGGGAGGCGCAGAAGATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATCGCATGATGGAGGCTTTCGCTTCTCGCTACTGCCTGTGCAACCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119266 ATCGCATGATGGAGGCTTTCGCTTCTCGCTACTGCCTGTGCAACCCCGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTCTTCCAGTCCACAG         ACACGTGCTACGTGCTGTCATTCGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119316 GTCTTCCAGTCCACAGGTC...CAGACACGTGCTACGTGCTGTCATTCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CATCATCATGCTCAACACCAGCCTCCACAACCACAACGTGCGTGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119580 CATCATCATGCTCAACACCAGCCTCCACAACCACAACGTGCGTGACAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCACGGCAGAACGGTTCATCGCCATGAACCGCGGCATCAACGAGGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119630 CCACGGCAGAACGGTTCATCGCCATGAACCGCGGCATCAACGAGGGCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GACCTCCCTGAGGAGCTGCTGAGG         AATTTGTATGAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 119680 GACCTCCCTGAGGAGCTGCTGAGGGTG...CAGAATTTGTATGAGAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TAAGAACGAGCCATTTAAGATCCCGGAGGACGACGGGAACGACCTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119904 TAAGAACGAGCCATTTAAGATCCCGGAGGACGACGGGAACGACCTGACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACACCTTCTTCAACCCCGACCGCGAGGGCTGGCTCCTGAAGCTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119954 ACACCTTCTTCAACCCCGACCGCGAGGGCTGGCTCCTGAAGCTGGGTG..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824     GAGGGCGTGTGAAGACCTGGAAGCGCCGGTGGTTCATCCTGACCGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120004 .TAGGAGGGCGTGTGAAGACCTGGAAGCGCCGGTGGTTCATCCTGACCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TAACTGCCTCTATTACTTTGAATACACAACA         GATAAGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124769 TAACTGCCTCTATTACTTTGAATACACAACAGTA...TAGGATAAGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCAGGGGAATCATCCCGTTGGAAAACCTCAGCATCAGGGAGGTGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124927 CCAGGGGAATCATCCCGTTGGAAAACCTCAGCATCAGGGAGGTGGAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCCCGGAAACCC         AACTGTTTTGAGCTCTACAATCCCAGCCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 124977 CCCCGGAAACCCGTA...CAGAACTGTTTTGAGCTCTACAATCCCAGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CAAAGGGCAGGTCATCAAGGCCTGTAAGACGGAGGCCGACGGCCGCGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 125135 CAAAGGGCAGGTCATCAAGGCCTGTAAGACTGAGGCCGACGGCCGCGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TAGAGGGGAACCATGTGGTGTACCGGATCTCAGCCCCGAGCCCGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125185 TAGAGGGGAACCATGTGGTGTACCGGATCTCAGCCCCGAGCCCGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AAGGAGGAGTGGATGAAATCCATCAA         AGCCAGTATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 125235 AAGGAGGAGTGGATGAAATCCATCAAGTG...CAGAGCCAGTATCAGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AGATCCCTTCTATGACATGTTGGCAACGAGGAAACGAAGGATTGCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125532 AGATCCCTTCTATGACATGTTGGCAACGAGGAAACGAAGGATTGCCAATA

   1300     .
   1193 AAAAA
        |||||
 125582 AAAAA