seq1 = pF1KE0682.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KE0682/gi568815597r_156707181.tfa (gi568815597r:156707181_156916096), 208916 bp

>pF1KE0682 1167
>gi568815597r:156707181_156916096 (Chr1)

(complement)

1-34  (99389-99422)   100% ->
35-123  (100003-100091)   100% ->
124-308  (100876-101060)   100% ->
309-398  (101803-101892)   100% ->
399-567  (102081-102249)   100% ->
568-714  (106290-106436)   100% ->
715-1002  (106607-106894)   100% ->
1003-1167  (108752-108916)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTCCCCCTGGCCCAGATATGTCCCCAAG         GGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99389 ATGGAGTTCCCCCTGGCCCAGATATGTCCCCAAGGTA...CAGGGAGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGAAGCCCCCATCCCAACCTTCAGCACCTTCCAGATCACAGACATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 CGAAGCCCCCATCCCAACCTTCAGCACCTTCCAGATCACAGACATGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGGAGCTGCCAGAACCTGGGCTACACTGCG         GCATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100060 GCAGGAGCTGCCAGAACCTGGGCTACACTGCGGTG...CAGGCATCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGGCCCCGGAGGCTGCCTCCAACACAGGGAATGCTGAGAGGGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100885 CAGGCCCCGGAGGCTGCCTCCAACACAGGGAATGCTGAGAGGGCAGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGCCTGGAGAAGGAAGCCTGTTCCTGCAGGCCGAGACCCGGGCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100935 GGTGCCTGGAGAAGGAAGCCTGTTCCTGCAGGCCGAGACCCGGGCTTGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAGAAGACCCAGGCCCACTGGCTCCTGCAGCACGGGGCAGCCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100985 TCCAGAAGACCCAGGCCCACTGGCTCCTGCAGCACGGGGCAGCCCCTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGTTCCATGGCTTCATCACCCGGAG         GGAGGCAGAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101035 TGGTTCCATGGCTTCATCACCCGGAGGTG...CAGGGAGGCAGAGAGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGGAGCCCAAGCCTCAGGGGTGCTACTTGGTGCGGTTCAGCGAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101818 GCTGGAGCCCAAGCCTCAGGGGTGCTACTTGGTGCGGTTCAGCGAGAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGTGACCTTCGTGCTGACTTACAG         GAGCCGGACTTGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101868 CGGTGACCTTCGTGCTGACTTACAGGTG...CAGGAGCCGGACTTGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGCCACTTCCTGCTGGCCCAGCTCAGGGACGGGCGCCACGTGGTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102097 CGCCACTTCCTGCTGGCCCAGCTCAGGGACGGGCGCCACGTGGTGCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAGGACAGCGCCCACGCGCGGCTGCAGGACCTGCTGCTGCACTACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102147 CGAGGACAGCGCCCACGCGCGGCTGCAGGACCTGCTGCTGCACTACACCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGCACCCGCTCAGCCCCTACGGGGAGACGCTCACCGAGCCCCTCGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102197 CGCACCCGCTCAGCCCCTACGGGGAGACGCTCACCGAGCCCCTCGCCCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAG         ACTCCTGAGCCTGCAGGACTTTCCCTGAGGACCGAAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102247 CAGGTA...CAGACTCCTGAGCCTGCAGGACTTTCCCTGAGGACCGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATCAAACTTTGGAAGCAAAAGCCAGGACCCAAACCCCCAGTACAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106328 ATCAAACTTTGGAAGCAAAAGCCAGGACCCAAACCCCCAGTACAGCCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCATCAAACAGGGGCAAGCCCCAGTCCCGATGCAGAAAGAGGGGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106378 TCATCAAACAGGGGCAAGCCCCAGTCCCGATGCAGAAAGAGGGGGCCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGAAGGAG         CCCTCCCAGCTGCTCAGGCCCAAGCCTCCCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106428 GAGAAGGAGGTA...CAGCCCTCCCAGCTGCTCAGGCCCAAGCCTCCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCCCGCCAAACCTCAGCTGCCCCCAGAAGTCTACACAATCCCTGTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106639 CCCCGCCAAACCTCAGCTGCCCCCAGAAGTCTACACAATCCCTGTTCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GACACCGCCCGGCCCCACGCCCCAAGCCCTCCAATCCTATCTACAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106689 GACACCGCCCGGCCCCACGCCCCAAGCCCTCCAATCCTATCTACAATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTGATGAACCCATAGCTTTCTATGCCATGGGCCGGGGCAGCCCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106739 CCTGATGAACCCATAGCTTTCTATGCCATGGGCCGGGGCAGCCCTGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCCCCCAGCAACATCTATGTGGAAGTGGAAGATGAGGGCCTACCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106789 AGCCCCCAGCAACATCTATGTGGAAGTGGAAGATGAGGGCCTACCCGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCTTGGGCACCCTGTCCTACGGAAGAGCTGGTCCAGGCCTGTCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106839 CCCTTGGGCACCCTGTCCTACGGAAGAGCTGGTCCAGGCCTGTCCCAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGCCAG         AATACAGGTGGCTCCCAGCTGCATTCTGAGAACTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106889 GGCCAGGTA...CAGAATACAGGTGGCTCCCAGCTGCATTCTGAGAACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTGATTGGGCAAGGCCCTCCCCTGCCCCACCAGCCCCCACCCGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108787 TGTGATTGGGCAAGGCCCTCCCCTGCCCCACCAGCCCCCACCCGCCTGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GACACACCCTCCCCCACAATCTTTCTAGACAGGTGCTTCAGGACAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108837 GACACACCCTCCCCCACAATCTTTCTAGACAGGTGCTTCAGGACAGAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :
   1138 CAGGCATGGCTTCCCCTTGGGCCTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 108887 CAGGCATGGCTTCCCCTTGGGCCTCCTCAG