seq1 = pF1KE0667.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE0667/gi568815592r_46123144.tfa (gi568815592r:46123144_46556976), 433833 bp

>pF1KE0667 729
>gi568815592r:46123144_46556976 (Chr6)

(complement)

1-225  (100001-100225)   100% ->
226-399  (308081-308254)   100% ->
400-571  (310058-310229)   99% ->
572-729  (333676-333833)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGGAGAATCATACTTCATCGGAATGAGGAGCCCAGGGCAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGGAGAATCATACTTCATCGGAATGAGGAGCCCAGGGCAGCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACGTCCCTGAAGATGGAGGACTTTTCTTACTGTGCTGCATAGACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACACGTCCCTGAAGATGGAGGACTTTTCTTACTGTGCTGCATAGACAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTGGGCTGTCACTCGTTGTTTTGCAGAAGAAGCCTTTCAAGCAATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTGGGCTGTCACTCGTTGTTTTGCAGAAGAAGCCTTTCAAGCAATCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTTCAATGACCTCCCCAACTCGTTGTTTGCGTGCAATGTTCACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTTCAATGACCTCCCCAACTCGTTGTTTGCGTGCAATGTTCACCAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTGTTTGAAGGAGAAGAGAGCAAG         GAAAAATTTGAGGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100201 AGTGTTTGAAGGAGAAGAGAGCAAGGTA...CAGGAAAAATTTGAGGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTTCGGACTTATGATGACTGTGTGACGTTCCAGCTATTTAAGAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308097 TGTTTCGGACTTATGATGACTGTGTGACGTTCCAGCTATTTAAGAGTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGACGTGTCCGTATAAACTTCAGCAATCCTAAATCTGCAGCCCGAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308147 AGACGTGTCCGTATAAACTTCAGCAATCCTAAATCTGCAGCCCGAGCTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATAGAGCTTCATGAAACCCAATTCAGAGGGAAAAAATTAAAGCTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308197 GATAGAGCTTCATGAAACCCAATTCAGAGGGAAAAAATTAAAGCTCTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGCACAG         GTTCAGACTCCAGAGACAGATGGAGACAAACTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 308247 TTGCACAGGTA...AAGGTTCAGACTCCAGAGACAGATGGAGACAAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACTTGGCTCCACCCCAGCCTGCCAAACAGTTTCTCATCTCGCCACCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 310091 CACTTGGCTCCACCCCAGCCTGCCAAACAGTTTCTCATCTCGCCCCCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCCCCACCTGTTGGCTGGCAGCCCATCAACGATGCCACGCCAGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310141 CTCCCCACCTGTTGGCTGGCAGCCCATCAACGATGCCACGCCAGTCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTATGACCTCCTCTATGCTGTGGCCAAACTAGGACCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 310191 ACTATGACCTCCTCTATGCTGTGGCCAAACTAGGACCAGGTA...CAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGAAGTATGAGCTCCATGCAGGGACTGAGTCCACCCCAAGTGTCGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333678 GAGAAGTATGAGCTCCATGCAGGGACTGAGTCCACCCCAAGTGTCGTCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCACGTGTGCGACAGTGACATAGAGGAAGAAGAGGACCCAAAGACTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333728 GCACGTGTGCGACAGTGACATAGAGGAAGAAGAGGACCCAAAGACTTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAAAGCCAAAAATCATCCAAACTCGGCGTCCTGGCCTGCCACCCTCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333778 CAAAGCCAAAAATCATCCAAACTCGGCGTCCTGGCCTGCCACCCTCCGTG

    750     .
    724 TCCAAC
        ||||||
 333828 TCCAAC