seq1 = pF1KE0660.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KE0660/gi568815597r_246937452.tfa (gi568815597r:246937452_247139538), 202087 bp

>pF1KE0660 1167
>gi568815597r:246937452_247139538 (Chr1)

(complement)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-191  (100669-100729)   100% ->
192-1167  (101112-102087)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCAGTGTCATTTGAAGATGTGGCTGTGGCCTTTACTCAGGAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGATTCAGTGTCATTTGAAGATGTGGCTGTGGCCTTTACTCAGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGGCTTTGCTGGATCCTTCTCAAAAGAATCTCTACAGAGATGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGGCTTTGCTGGATCCTTCTCAAAAGAATCTCTACAGAGATGTGATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGAAATCTTCAGGAACCTGGCTTCTGTAG         GAAACAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 AAGAAATCTTCAGGAACCTGGCTTCTGTAGGTA...TAGGAAACAAATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGACCAGAATATCCAAGATGACTTCAAAAATCCTGGGAGAAATCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100680 GAAGACCAGAATATCCAAGATGACTTCAAAAATCCTGGGAGAAATCTAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          CAGTCATGTGGTAGAGAGACTGTTTGAAATTAAAGAAGGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100730 GTA...CAGCAGTCATGTGGTAGAGAGACTGTTTGAAATTAAAGAAGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCAATATGGAGAAACCTTCAGCCAGGATTCAAATTTGAATCTGAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101153 GTCAATATGGAGAAACCTTCAGCCAGGATTCAAATTTGAATCTGAATAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGTTTCTACTGGAGTAAAGCCATGTGAATGCAGTGTGTGTGGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101203 AAAGTTTCTACTGGAGTAAAGCCATGTGAATGCAGTGTGTGTGGAAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCATATGTCATTCAGCCCTTCATAGGCACATCCTGTCTCACATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101253 CTTCATATGTCATTCAGCCCTTCATAGGCACATCCTGTCTCACATTGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAACTATTTGAGTGTGAGGAATGTCCAGAGAAGTTATATCATTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101303 ACAAACTATTTGAGTGTGAGGAATGTCCAGAGAAGTTATATCATTGCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAATGTGGGAAAGCCTTTATCTCTCTCACCAGTGTTGACAGACACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101353 CAATGTGGGAAAGCCTTTATCTCTCTCACCAGTGTTGACAGACACATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AACACACACTAGTAATGGGCCTTATAAGGGTCCAGTGTATGAGAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101403 AACACACACTAGTAATGGGCCTTATAAGGGTCCAGTGTATGAGAAGCCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGATTTTCCTAGTGTATTTCAAATGCCTCAGAGCACTTACACTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101453 TTGATTTTCCTAGTGTATTTCAAATGCCTCAGAGCACTTACACTGGAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAACATATAAATGTAAACATTGTGATAAAGCCTTCAATTATTCAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101503 AAAACATATAAATGTAAACATTGTGATAAAGCCTTCAATTATTCAAGTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCTTCGTGAACATGAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCCTATGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101553 TCTTCGTGAACATGAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCCTATGCATGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGAAATGTGGTAAATCATTCACTTTTTCCAGTTCTCTTCGCCAACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101603 AGAAATGTGGTAAATCATTCACTTTTTCCAGTTCTCTTCGCCAACATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGATCTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101653 AGATCTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGCAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTTCAGTCGTTCCACTTACTTGGGAATACATGAAAGAACGCATACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101703 CTTCAGTCGTTCCACTTACTTGGGAATACATGAAAGAACGCATACTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAAAACCCTATGAATGTATAAAATGTGGCAAAGCCTTTAGATGTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101753 AAAAACCCTATGAATGTATAAAATGTGGCAAAGCCTTTAGATGTTCCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTCCTCAGAGTCCATGAAAGGACTCACAGTGGAGAAAAGCCCTATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101803 GTCCTCAGAGTCCATGAAAGGACTCACAGTGGAGAAAAGCCCTATGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TAAACAATGTGGTAAAGCCTTCAAATATTCTAGTAACCTATGTGAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101853 TAAACAATGTGGTAAAGCCTTCAAATATTCTAGTAACCTATGTGAGCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AAAGAACTCACACTGGAGTGAAACCTTATGGATGTAAGGAATGTGGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101903 AAAGAACTCACACTGGAGTGAAACCTTATGGATGTAAGGAATGTGGTAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCGTTTACTTCTTCCAGTGCCCTTCGAAGCCATGAAAGGACTCATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101953 TCGTTTACTTCTTCCAGTGCCCTTCGAAGCCATGAAAGGACTCATACTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGAAAAACCCTATGAATGTAAGAAATGTGGTAAAGCCTTCAGTTGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102003 AGAAAAACCCTATGAATGTAAGAAATGTGGTAAAGCCTTCAGTTGTTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1133 GTTCCCTTCGAAAGCATGAAAGAGCTTATATGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102053 GTTCCCTTCGAAAGCATGAAAGAGCTTATATGTGG