seq1 = pF1KE0652.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KE0652/gi568815588f_12249819.tfa (gi568815588f:12249819_12928884), 679066 bp

>pF1KE0652 1155
>gi568815588f:12249819_12928884 (Chr10)

86-225  (303401-303539)   97% ==
295-438  (511127-511268)   98% ->
439-565  (519855-519981)   100% ->
566-641  (541340-541415)   100% ->
642-754  (564377-564489)   100% ->
755-833  (566432-566510)   100% ->
834-921  (574647-574734)   100% ->
922-1039  (575755-575872)   100% ->
1040-1155  (578951-579066)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     86 TCGGAACCGGGGCCTTTTCCGAAGTGGTTTTAGCTGAAGAGAAGGCAACT
        ||  | |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303401 TCACAGC GGGGCCTTTTCCGAAGTGGTTTTAGCTGAAGAGAAGGCAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136 GGCAAGCTCTTTGCTGTGAAGTGTATCCCTAAGAAGGCGCTGAAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303450 GGCAAGCTCTTTGCTGTGAAGTGTATCCCTAAGAAGGCGCTGAAGGGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :
    186 GGAAAGCAGCATAGAGAATGAGATAGCCGTCCTGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303500 GGAAAGCAGCATAGAGAATGAGATAGCCGTCCTGAGAAAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 CAGCTGGTGTCCGGTGGAGAGCTGTTTGACCGGATAGTGGAGAAGGGGTT
        |||--|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 511127 CAG  GGTGTCCGGTGGAGAGCTGTTTGACCGGATAGTGGAGAAGGGGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 TTATACAGAGAAGGATGCCAGCACTCTGATCCGCCAAGTCTTGGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 511175 TTATACAGAGAAGGATGCCAGCACTCTGATCCGCCAAGTCTTGGACGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395 TGTACTATCTCCACAGAATGGGCATCGTCCACAGAGACCTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 511225 TGTACTATCTCCACAGAATGGGCATCGTCCACAGAGACCTCAAGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439    CCCGAAAATCTCTTGTACTACAGTCAAGATGAGGAGTCCAAAATAAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519852 TAGCCCGAAAATCTCTTGTACTACAGTCAAGATGAGGAGTCCAAAATAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 GATCAGTGACTTTGGATTGTCAAAAATGGAGGGCAAAGGAGATGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519902 GATCAGTGACTTTGGATTGTCAAAAATGGAGGGCAAAGGAGATGTGATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536 CCACTGCCTGTGGAACTCCAGGCTATGTCG         CTCCTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 519952 CCACTGCCTGTGGAACTCCAGGCTATGTCGGTA...CAGCTCCTGAAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577 CTCGCCCAGAAACCTTACAGCAAAGCCGTTGACTGCTGGTCCATCGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 541351 CTCGCCCAGAAACCTTACAGCAAAGCCGTTGACTGCTGGTCCATCGGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    627 GATTGCCTACATCTT         GCTCTGCGGCTACCCTCCTTTTTATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 541401 GATTGCCTACATCTTGTA...TAGGCTCTGCGGCTACCCTCCTTTTTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668 ATGAAAATGACTCCAAGCTCTTTGAGCAGATCCTCAAGGCGGAATATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 564403 ATGAAAATGACTCCAAGCTCTTTGAGCAGATCCTCAAGGCGGAATATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718 TTTGACTCTCCCTACTGGGATGACATCTCCGACTCTG         CAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 564453 TTTGACTCTCCCTACTGGGATGACATCTCCGACTCTGGTA...CAGCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    759 AGACTTCATTCGGAACCTGATGGAGAAGGACCCGAATAAAAGATACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 566436 AGACTTCATTCGGAACCTGATGGAGAAGGACCCGAATAAAAGATACACGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    809 GTGAGCAGGCAGCTCGGCACCCATG         GATCGCTGGTGACACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 566486 GTGAGCAGGCAGCTCGGCACCCATGGTA...CAGGATCGCTGGTGACACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 GCCCTCAACAAAAACATCCACGAGTCCGTCAGCGCCCAGATCCGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 574663 GCCCTCAACAAAAACATCCACGAGTCCGTCAGCGCCCAGATCCGGAAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 CTTTGCCAAGAGCAAATGGAGA         CAAGCATTTAATGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 574713 CTTTGCCAAGAGCAAATGGAGAGTA...CAGCAAGCATTTAATGCCACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 CCGTCGTCAGACATATGAGAAAACTACACCTCGGCAGCAGCCTGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 575774 CCGTCGTCAGACATATGAGAAAACTACACCTCGGCAGCAGCCTGGACAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991 TCAAATGCAAGTGTTTCGAGCAGCCTCAGTTTGGCCAGCCAAAAAGACT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 575824 TCAAATGCAAGTGTTTCGAGCAGCCTCAGTTTGGCCAGCCAAAAAGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040         GTCTGGCACCTTCCACGCTCTGTAGTTTCATTTCTTCTTCGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 575874 TG...CAGGTCTGGCACCTTCCACGCTCTGTAGTTTCATTTCTTCTTCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082 CGGGGGTCTCAGGAGTTGGAGCCGAGCGGAGACCCAGGCCCACCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 578993 CGGGGGTCTCAGGAGTTGGAGCCGAGCGGAGACCCAGGCCCACCACTGTG

    900     .    :    .    :
   1132 ACGGCAGTGCACTCTGGAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||
 579043 ACGGCAGTGCACTCTGGAAGCAAG