seq1 = pF1KE0618.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KE0618/gi568815597f_154407241.tfa (gi568815597f:154407241_154647554), 240314 bp

>pF1KE0618 1098
>gi568815597f:154407241_154647554 (Chr1)

1-82  (99999-100080)   98% ->
83-141  (101183-101241)   100% ->
142-212  (113064-113134)   100% ->
213-369  (114083-114239)   100% ->
370-412  (134784-134826)   100% ->
413-503  (135491-135581)   100% ->
504-651  (136723-136870)   99% ->
652-797  (137132-137277)   100% ->
798-952  (137555-137709)   100% ->
953-1098  (140169-140314)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTGGAACATTAGTCACCCCCAACTCTCTGATAAACTGTTTGGGAA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGTCCTGGAACATTAGTCACCCCCAACTCTCTGATAAACTGTTTGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGGAGTGTTGGAGGAGCAGAAATCTCCAG         GATTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100049 GAATGGAGTGTTGGAGGAGCAGAAATCTCCAGGTA...TAGGATTCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGAGAGACAGAGGTGTATGTTGGCAATCTTCCACTGGATATTTCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101192 AAAGAGAGACAGAGGTGTATGTTGGCAATCTTCCACTGGATATTTCTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          GAGGAAATTCTGTACCTTCTAAAGGACTTCAACCCTCTTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101242 GTA...TAGGAGGAAATTCTGTACCTTCTAAAGGACTTCAACCCTCTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTCCACAAAATCCAGAATGGCTGCAAATG         CTTTGCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113105 TGTCCACAAAATCCAGAATGGCTGCAAATGGTA...CAGCTTTGCATTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAGATCTGGGCTCCATGCAGAAAGTGACACTTGCAATCCAGGAGCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114094 TAGATCTGGGCTCCATGCAGAAAGTGACACTTGCAATCCAGGAGCTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGTAAACTCTTCCACAAGCGAAAACTGTTCGTGAATACAAGCAAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114144 GGTAAACTCTTCCACAAGCGAAAACTGTTCGTGAATACAAGCAAAAGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCCAAGAGGACCCCTGATATGATCCAGCAGCCTCGGGCCCCGCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114194 CCCCAAGAGGACCCCTGATATGATCCAGCAGCCTCGGGCCCCGCTGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      GTGTTGGAGAAGGCTTCTGGTGAAGGATTTGGCAAAACCGCCG  
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114244 ..CAGGTGTTGGAGAAGGCTTCTGGTGAAGGATTTGGCAAAACCGCCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    413        CTATTATACAGCTCGCTCCTAAAGCTCCTGTTGACCTGTGTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134829 G...TAGCTATTATACAGCTCGCTCCTAAAGCTCCTGTTGACCTGTGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GACAGAGAAACTGAGGGCAGCCTTCTTTGCAGTCCCGTTGGAAATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 135534 GACAGAGAAACTGAGGGCAGCCTTCTTTGCAGTCCCGTTGGAAATGAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    504        AGGGTCCTTCCTGGTGCTGCTCCTGAGGGAATGCTTCCGAGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135584 G...CAGAGGGTCCTTCCTGGTGCTGCTCCTGAGGGAATGCTTCCGAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTGAGCTGGCTGGCACTCATCCATAGCGTCCGTGGGGAGGCGGGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136766 CTGAGCTGGCTGGCACTCATCCATAGCGTCCGTGGGGAGGCGGGGCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGTGACGAGTATCGTCCCGAAGACCCCGTTTTTCTGGGCCATGCACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 136816 GGTGACGAGTATCGTCCCGAAGACCCCGTTTTTCTGGGCTATGCACGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGAG         GCTCTGCACCAGAACATGCAGGCTCTGTTTAGCACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136866 CTGAGGTA...CAGGCTCTGCACCAGAACATGCAGGCTCTGTTTAGCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTGGCTCAGGCGGAGGAGCAGCAGCCCTACCTGGAGGGCTCCACCGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137168 CTGGCTCAGGCGGAGGAGCAGCAGCCCTACCTGGAGGGCTCCACCGTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCGCGGGACTCGCTGTCTGGCAGAGTACCACCTGGGGGATTATGGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137218 GCGCGGGACTCGCTGTCTGGCAGAGTACCACCTGGGGGATTATGGACACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTGGAACAG         GTGTTGGGTGCTGGACAGGGTGGACACCTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 137268 CCTGGAACAGGTG...CAGGTGTTGGGTGCTGGACAGGGTGGACACCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCTGTGGTCATGTTCATTGATTTTGGACAGTTGGCCACCATCCCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137586 GCTGTGGTCATGTTCATTGATTTTGGACAGTTGGCCACCATCCCTGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTCTCTGCGCAGCCTAGACAGCGACGACTTCTGGACCATCCCACCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137636 GTCTCTGCGCAGCCTAGACAGCGACGACTTCTGGACCATCCCACCCCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTCAGCCATTCATGCTGGAGAAAG         ACATTTTGAGTTCGTAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 137686 CTCAGCCATTCATGCTGGAGAAAGGTG...CAGACATTTTGAGTTCGTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGGTTGTCCATCGAATCCTCAAAGGGAAAATCACTGGTGCTTTGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140186 GAGGTTGTCCATCGAATCCTCAAAGGGAAAATCACTGGTGCTTTGAACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGCGGTAACTGCTCCTGCATCTAACTTGGCTGTTGTCCCTCCACTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140236 GGCGGTAACTGCTCCTGCATCTAACTTGGCTGTTGTCCCTCCACTCCTGC

   1150     .    :    .    :    .
   1070 CCTTGGGGTGTCTGCAGCAGGCTGCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 140286 CCTTGGGGTGTCTGCAGCAGGCTGCTGCC