seq1 = pF1KE0574.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KE0574/gi568815594f_42793267.tfa (gi568815594f:42793267_43130537), 337271 bp

>pF1KE0574 870
>gi568815594f:42793267_43130537 (Chr4)

1-384  (100001-100384)   100% ->
385-627  (169626-169868)   100% ->
628-693  (227088-227153)   100% ->
694-870  (237095-237271)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTAAAAGGGAGATGAAGCCAGAAAGTGACAGGCCACGGAAAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTAAAAGGGAGATGAAGCCAGAAAGTGACAGGCCACGGAAAGTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTCGGATCGCGTCCTCTCACAGTGGGCGAGTTCTGAAGGAAGTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTCGGATCGCGTCCTCTCACAGTGGGCGAGTTCTGAAGGAAGTGTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATGGGCAACCGTCAGGCTCTCTGGATTCTGAATGTGCCAGTATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGATGGGCAACCGTCAGGCTCTCTGGATTCTGAATGTGCCAGTATCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGATAGATGGACTAGGTGATTCCGATGGACAGCAGAATGGCCACATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGATAGATGGACTAGGTGATTCCGATGGACAGCAGAATGGCCACATAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCAGAAGGTGATGAGAATGAGAATGACCAGGATAGCTTGCTGGTGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCAGAAGGTGATGAGAATGAGAATGACCAGGATAGCTTGCTGGTGTTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAAGGGCTGCCAGTGAGAAGGGTTTTGGTACAAGAAGAGTCAACATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAAGGGCTGCCAGTGAGAAGGGTTTTGGTACAAGAAGAGTCAACATTTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCAAAAATGGCACAGTCAGAGGCGTCAAATACAAAGTGAGTGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCAAAAATGGCACAGTCAGAGGCGTCAAATACAAAGTGAGTGCTGGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTCTATTTAACAATTTGACCAAAGTATTACAG         CAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100351 GGCTCTATTTAACAATTTGACCAAAGTATTACAGGTA...CAGCAACCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAACTGATCTAGAATTTGACCGTGTAGTGATTTATACCACCTGCCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169633 CAACTGATCTAGAATTTGACCGTGTAGTGATTTATACCACCTGCCTTCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGGTCCGGACAACCTTTGAAAGATGTGAACTGGTTAGAAAGATTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169683 GTGGTCCGGACAACCTTTGAAAGATGTGAACTGGTTAGAAAGATTTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAACCATCGCGTAAAATTTGAAGAGAAAAACATAGCCCTGAATGGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169733 AAACCATCGCGTAAAATTTGAAGAGAAAAACATAGCCCTGAATGGTGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGGAAAAGAGTTAGACGAACGATGCCGACGAGTTTCTGAAGCTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169783 ATGGAAAAGAGTTAGACGAACGATGCCGACGAGTTTCTGAAGCTCCTTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTCCCTGTTGTGTTCATTGATGGCCATTACCTTGGG         GGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 169833 CTCCCTGTTGTGTTCATTGATGGCCATTACCTTGGGGTA...TAGGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGAAAATTTTGTCAATGAATGAATCAGGAGAACTGCAAGACATCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227093 TGAGAAAATTTTGTCAATGAATGAATCAGGAGAACTGCAAGACATCCTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCAAAATTGAG         AGAGTACAGCATCCACATGAGTGTCCCTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 227143 CCAAAATTGAGGTA...CAGAGAGTACAGCATCCACATGAGTGTCCCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGTGGAGGCTTTGGCTTTCTTCCATGCTCCGTGTGCCATGGGAGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237125 TGTGGAGGCTTTGGCTTTCTTCCATGCTCCGTGTGCCATGGGAGCAAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTCCATGTTTCGAAACTGCTTCACAGACTCTTTCAAAGCCCTGAAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237175 GTCCATGTTTCGAAACTGCTTCACAGACTCTTTCAAAGCCCTGAAGTGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    824 CGGCTTGCAATGAAAATGGTCTTCAGCGTTGTAAGAACTGTGCTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237225 CGGCTTGCAATGAAAATGGTCTTCAGCGTTGTAAGAACTGTGCTGGT