seq1 = pF1KE0556.tfa, 753 bp
seq2 = pF1KE0556/gi568815579f_11138143.tfa (gi568815579f:11138143_11341554), 203412 bp

>pF1KE0556 753
>gi568815579f:11138143_11341554 (Chr19)

1-137  (100001-100137)   99% ->
138-456  (101474-101792)   99% ->
457-618  (101993-102154)   100% ->
619-728  (103303-103412)   100% ->
729-753  (103518-103542)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGATGCCCTACCCCCCTTCCCTGGGGCACAGCCACTGACCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGATGCCCTACCCCCCTTCCCTGGGGCACAGCCACTGACCGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTGGCTGGGGTCCTCGCCTGTCATGTACTGCACTCGCACGGCAAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100051 AGCCTGGCTGGGGTCCTCGCCTGTCATGTACTGCACTCGCACAGCAAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGCACGGAGCCCTGGCGGCTGCTGAAGTTGAGGCT         GTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>| ||
 100101 TGCGCACGGAGCCCTGGCGGCTGCTGAAGTTGAGGCTGTG...GTGGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTTAGACCCTCAGTCATGCCAGTGCCTGCTCTGTGCCTGCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101478 TACCTTAGACCCTCAGTCATGCCAGTGCCTGCTCTGTGCCTGCTCTGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGCAATGGTGACCCGGCCTGCCTCAGCGGCCCCCATGGGCGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101528 CCTGGCAATGGTGACCCGGCCTGCCTCAGCGGCCCCCATGGGCGGCCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTGGCACAGCATGAGGAGCTGACCCTGCTCTTCCATGGGACCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101578 AACTGGCACAGCATGAGGAGCTGACCCTGCTCTTCCATGGGACCCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGGCCAGGCCCTCAACGGTGTGTACAGGACCACGGAGGGACGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101628 CTGGGCCAGGCCCTCAACGGTGTGTACAGGACCACGGAGGGACGGCTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAGGCCAGGAACAGCCTGGGTCTCTATGGCCGCACAATAGAACTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101678 AAAGGCCAGGAACAGCCTGGGTCTCTATGGCCGCACAATAGAACTCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGCAGGAGGTCAGCCGGGGCCGGGATGCAGCCCAGGAACTTCGGGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101728 GGCAGGAGGTCAGCCGGGGCCGGGATGCAGCCCAGGAACTTCGGGCAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGTTGGAGACTCAG         ATGGAGGAGGATATTCTGCAGCTGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101778 CTGTTGGAGACTCAGGTG...CAGATGGAGGAGGATATTCTGCAGCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCAGAGGCCACAGCTGAGGTGCTGGGGGAGGTGGCCCAGGCACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102019 GGCAGAGGCCACAGCTGAGGTGCTGGGGGAGGTGGCCCAGGCACAGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCTACGGGACAGCGTGCAGCGGCTAGAAGTCCAGCTGAGGAGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102069 TGCTACGGGACAGCGTGCAGCGGCTAGAAGTCCAGCTGAGGAGCGCCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGGCCCTGCCTACCGAGAATTTGAGGTCTTAAAG         GCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102119 CTGGGCCCTGCCTACCGAGAATTTGAGGTCTTAAAGGTA...CAGGCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGCTGACAAGCAGAGCCACATCCTATGGGCCCTCACAGGCCACGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103308 CGCTGACAAGCAGAGCCACATCCTATGGGCCCTCACAGGCCACGTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGCAGAGGCGGGAGATGGTGGCACAGCAGCATCGGCTGCGACAGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103358 GGCAGAGGCGGGAGATGGTGGCACAGCAGCATCGGCTGCGACAGATCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .
    724 GAGAG         ACTCCACACAGCGGCGCTCCCAGCC
        |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103408 GAGAGGTG...CAGACTCCACACAGCGGCGCTCCCAGCC