seq1 = pF1KE0550.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KE0550/gi568815576r_19350673.tfa (gi568815576r:19350673_19575603), 224931 bp

>pF1KE0550 921
>gi568815576r:19350673_19575603 (Chr22)

(complement)

1-136  (100000-100134)   99% ->
137-169  (100504-100536)   100% ->
170-291  (103796-103917)   100% ->
292-422  (107601-107731)   100% ->
423-495  (110330-110402)   100% ->
496-564  (117465-117533)   100% ->
565-630  (118686-118751)   100% ->
631-678  (118970-119017)   100% ->
679-767  (119836-119924)   100% ->
768-849  (120774-120855)   100% ->
850-921  (124860-124931)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCTCTTTCAACATGTTCGACCACCCTATTCCCAGGGTCTTCCAAAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GTTCTCTTTCAACATGTTCGACCACCCTATTCCCAGGGTCTTCCAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTTCTCCACACAGTACCGCTGCTTCTCTGTGTCCATGCTAGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CCGCTTCTCCACACAGTACCGCTGCTTCTCTGTGTCCATGCTAGCAGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTAATGACAGGTCAGATGTGGAGAAAGGAGGGAAGA         TAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100099 CTAATGACAGGTCAGATGTGGAGAAAGGAGGGAAGAGTA...CAGTAATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGCCACCCTCGGCCCTGGACCAACTCA         GCCGACTTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100509 ATGCCACCCTCGGCCCTGGACCAACTCAGTA...CAGGCCGACTTAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TACCTATCCCATGCTGTTCAAACTGACCAATAAGAATTCGGACCGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103809 TACCTATCCCATGCTGTTCAAACTGACCAATAAGAATTCGGACCGCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGCATTGTGGCGTGCTGGAGTTTGTGGCTGATGAGGGCATCTGCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103859 CGCATTGTGGCGTGCTGGAGTTTGTGGCTGATGAGGGCATCTGCTACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCACACTGG         ATGATGCAGAACTTACTCTTGGAAGAAGGCGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103909 CCACACTGGGTG...CAGATGATGCAGAACTTACTCTTGGAAGAAGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGGTCCAGGTGGAGAGCGTCAACCTTCAAGTGGCCACCTACTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107633 CCTGGTCCAGGTGGAGAGCGTCAACCTTCAAGTGGCCACCTACTCCAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCAACCTCAGAGCCCTGACTTCCTGGACATCACCAACCCCAAAGCCGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107683 TCCAACCTCAGAGCCCTGACTTCCTGGACATCACCAACCCCAAAGCCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423         ATTAGAAAACGCACTTAGGAACTTTGCCTGTCTGACCACCGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107733 TA...CAGATTAGAAAACGCACTTAGGAACTTTGCCTGTCTGACCACCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGATGTGATTGCCATCAACTATAATGAAAAG         ATCTACGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110372 GGATGTGATTGCCATCAACTATAATGAAAAGGTG...CAGATCTACGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCGTGTGATGGAGACCAAACCCGACAAGGCAGTGTCCATCATTGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117475 TGCGTGTGATGGAGACCAAACCCGACAAGGCAGTGTCCATCATTGAGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACATGAAC         GTGGACTTTGATGCTCCCCTGGGCTACAAAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 117525 GACATGAACGTG...CAGGTGGACTTTGATGCTCCCCTGGGCTACAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACCCGAAAGACAAGTCCAGCATGAGGAGTCGACA         GAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118718 ACCCGAAAGACAAGTCCAGCATGAGGAGTCGACAGTA...CAGGAAGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGCCGACCACAGTGGCTATGCTGGAGAGCTGGGCTTCCGC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118977 AAGCCGACCACAGTGGCTATGCTGGAGAGCTGGGCTTCCGCGTG...TAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCTTTCTCTGGATCTGGCAATAGACTGGATGGAAAGAAGAAAGGGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119836 GCTTTCTCTGGATCTGGCAATAGACTGGATGGAAAGAAGAAAGGGGTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCCCAGCCCCTCCCCAATCAAGCCTGGAGATATTAAAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119886 GCCCAGCCCCTCCCCAATCAAGCCTGGAGATATTAAAAGGTA...CAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GAATTCCCAATTATGAATTTAAACTTGGTAAGATAACTTTCATCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120776 GAATTCCCAATTATGAATTTAAACTTGGTAAGATAACTTTCATCAGAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TCACGTCCCCTTGTCAAAAAGGTTGAAGAG         GATGAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120826 TCACGTCCCCTTGTCAAAAAGGTTGAAGAGGTG...TAGGATGAAGCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AGGCAGATTCGTCGCTTTCTCTGGAGAAGGACAGTCATTGCGTAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124871 AGGCAGATTCGTCGCTTTCTCTGGAGAAGGACAGTCATTGCGTAAAAAGG

   1000     .    :
    911 GAAGAAAGCCC
        |||||||||||
 124921 GAAGAAAGCCC