seq1 = pF1KE0544.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KE0544/gi568815576f_30507332.tfa (gi568815576f:30507332_30726518), 219187 bp

>pF1KE0544 1281
>gi568815576f:30507332_30726518 (Chr22)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-257  (103540-103732)   100% ->
258-427  (105542-105711)   100% ->
428-580  (107018-107170)   100% ->
581-753  (107970-108142)   100% ->
754-940  (108270-108456)   99% ->
941-1106  (109999-110164)   100% ->
1107-1222  (115637-115752)   100% ->
1223-1281  (119129-119187)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCACCTTGGGGCCTTCCTCTTCCTTCTGGGGGTCCTGGGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCACCTTGGGGCCTTCCTCTTCCTTCTGGGGGTCCTGGGGGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTGAGATGTGTG         AAATACCAGAGATGGACAGCCATCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTGAGATGTGTGGTG...AAGAAATACCAGAGATGGACAGCCATCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGAGAAGTTGGGCCAGCACCTCTTACCTTGGATGGACCGGCTTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103567 TAGAGAAGTTGGGCCAGCACCTCTTACCTTGGATGGACCGGCTTTCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCACTTGAACCCCAGCATCTATGTGGGCCTACGCCTCTCCAGTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103617 GAGCACTTGAACCCCAGCATCTATGTGGGCCTACGCCTCTCCAGTCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTGGGACCAAGGAAGACCTCTACCTGCACAGCCTCAAGCTTGGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103667 GGCTGGGACCAAGGAAGACCTCTACCTGCACAGCCTCAAGCTTGGTTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCAGTGCCTCCTAGG         GTCTGCCTTCAGCGAGGATGACGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103717 AGCAGTGCCTCCTAGGGTA...TAGGTCTGCCTTCAGCGAGGATGACGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTGCCAGGGCAAGCCTTCCATGGGCCAGCTGGCCCTCTACCTGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105567 GACTGCCAGGGCAAGCCTTCCATGGGCCAGCTGGCCCTCTACCTGCTCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTCAGAGCCAACTGTGAGTTTGTCAGGGGCCACAAGGGGGACAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105617 TCTCAGAGCCAACTGTGAGTTTGTCAGGGGCCACAAGGGGGACAGGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTCACAGCTCAAATGGTTCCTGGAGGATGAGAAGAGAGCCATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105667 TCTCACAGCTCAAATGGTTCCTGGAGGATGAGAAGAGAGCCATTGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428     GGCATGATCACAAGGGCCACCCCCACACTAGCTACTACCAGTATGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105717 .CAGGGCATGATCACAAGGGCCACCCCCACACTAGCTACTACCAGTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGGGCATTCTGGCCCTGTGTCTCCACCAGAAGCGGGTCCATGACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107064 CCTGGGCATTCTGGCCCTGTGTCTCCACCAGAAGCGGGTCCATGACAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTGGACAAACTTCTGTATGCTGTGGAACCTTTCCACCAGGGCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107114 TGGTGGACAAACTTCTGTATGCTGTGGAACCTTTCCACCAGGGCCACCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTGTGG         ACACAGCAGCCATGGCAGGCTTGGCATTCACCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107164 TCTGTGGGTG...AAGACACAGCAGCCATGGCAGGCTTGGCATTCACCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTGAAGCGCTCAAACTTCAACCCTGGTCGGAGACAACGGATCACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108004 TCTGAAGCGCTCAAACTTCAACCCTGGTCGGAGACAACGGATCACCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCATCAGAACAGTGCGAGAGGAGATCTTGAAGGCCCAGACCCCCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108054 CCATCAGAACAGTGCGAGAGGAGATCTTGAAGGCCCAGACCCCCGAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACTTTGGGAATGTCTACAGCACCCCATTGGCATTACAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108104 CACTTTGGGAATGTCTACAGCACCCCATTGGCATTACAGGTG...CAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTCATGACTTCCCCCATGCCTGGGGCAGAACTGGGAACAGCATGTCTCA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 108272 CCTCATGACTTCCCCCATGCGTGGGGCAGAACTGGGAACAGCATGTCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGCGAGGGTTGCTTTGCTGGCCAGTCTGCAGGATGGAGCCTTCCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108322 AGGCGAGGGTTGCTTTGCTGGCCAGTCTGCAGGATGGAGCCTTCCAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCTCTCATGATTTCCCAGCTGCTGCCCGTTCTGAACCACAAGACCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108372 GCTCTCATGATTTCCCAGCTGCTGCCCGTTCTGAACCACAAGACCTACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGATCTGATCTTCCCAGACTGTCTGGCACCACGAG         TCATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108422 TGATCTGATCTTCCCAGACTGTCTGGCACCACGAGGTA...CAGTCATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGAACCAGCTGCTGAGACCATTCCTCAGACCCAAGAGATCATCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110005 TGGAACCAGCTGCTGAGACCATTCCTCAGACCCAAGAGATCATCAGTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACGCTGCAGGTGCTTAGTCTCTTGCCGCCGTACAGACAGTCCATCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110055 ACGCTGCAGGTGCTTAGTCTCTTGCCGCCGTACAGACAGTCCATCTCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCTGGCCGGGTCCACCGTGGAAGATGTCCTGAAGAAGGCCCATGAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110105 TCTGGCCGGGTCCACCGTGGAAGATGTCCTGAAGAAGGCCCATGAGTTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAGGATTCAC         ATATGAAACACAGGCCTCCTTGTCAGGCCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110155 GAGGATTCACGTG...TAGATATGAAACACAGGCCTCCTTGTCAGGCCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TACTTAACCTCCGTGATGGGGAAAGCGGCCGGAGAAAGGGAGTTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115668 TACTTAACCTCCGTGATGGGGAAAGCGGCCGGAGAAAGGGAGTTCTGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCTTCTCCGAGACCCCAACACCCCACTGTTGCAAG         GTATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115718 GCTTCTCCGAGACCCCAACACCCCACTGTTGCAAGGTG...CAGGTATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGACTACAGACCCAAGGATGGAGAAACCATTGAGCTGAGGCTGGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119135 CTGACTACAGACCCAAGGATGGAGAAACCATTGAGCTGAGGCTGGTTAGC

   1350 
   1279 TGG
        |||
 119185 TGG