seq1 = pF1KE0520.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE0520/gi568815576f_30536451.tfa (gi568815576f:30536451_30747028), 210578 bp

>pF1KE0520 1050
>gi568815576f:30536451_30747028 (Chr22)

1-619  (100001-100619)   99% ->
620-1050  (110148-110578)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCCGCTGCCCGCCGGAGCACCATGATGGCAGGATGACCTCAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCCGCTGCCCGCCGGAGCACCATGATGGCAGGATGACCTCAGCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTAGGAGCAGCAGCTGGTGGTGCTCAGGCGGCTGGGCCCCCCGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTAGGAGCAGCAGCTGGTGGTGCTCAGGCGGCTGGGCCCCCCGAGTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCTGGCAGCCCTCAGGCCCTCCGGCAGCCTGGCCGGGCCCGAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCTGGCAGCCCTCAGGCCCTCCGGCAGCCTGGCCGGGCCCGAGTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGCAGCACTGGTGTGGCTGCTGGCGGGAGCCAGCATGTCAAGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGCAGCACTGGTGTGGCTGCTGGCGGGAGCCAGCATGTCAAGCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGTGGATCTTCACAGTGCACGGCTTTGGGCGGCCCCTGCTGCTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGTGGATCTTCACAGTGCACGGCTTTGGGCGGCCCCTGCTGCTGTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCTGCACATGCTGGTGGCAGCCCTGGCATGCCACCGGGGGGCACGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCTGCACATGCTGGTGGCAGCCCTGGCATGCCACCGGGGGGCACGGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCATGCCAGGCGGCACTCGCTGCCGAGTCCTACTGCTCAGTCTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCATGCCAGGCGGCACTCGCTGCCGAGTCCTACTGCTCAGTCTCACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGCACGTCCATGGCCTGCGGCAACGTGGGCCTAAGGGCTGTGCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGCACGTCCATGGCCTGCGGCAACGTGGGCCTAAGGGCTGTGCCCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGGCACAACTGGTTACTACCACCACACCTCTGTTCACCCTGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTGGCACAACTGGTTACTACCACCACACCTCTGTTCACCCTGGCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCGGCGCTGCTGCTGGGCCGCCGCCACCACCCGCTTCAGTTGGCCGCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100451 TCGGCGCTGCTGCTGGGCCGCCGCCACCACCCACTTCAGTTGGCCGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGTCCGCTCTGCCTGGGGGCCGCCTGCAGCCTGGCTGGAGAGTTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGTCCGCTCTGCCTGGGGGCCGCCTGCAGCCTGGCTGGAGAGTTCCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACCCCCTACCGGCTGTGGCTTCCTGCTCGCAGCCACCTGCCTCCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACCCCCTACCGGCTGTGGCTTCCTGCTCGCAGCCACCTGCCTCCGCGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCAAGTCGGTTCAGCAAA         GTGCCCTGCTGCAGGAGGAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100601 CTCAAGTCGGTTCAGCAAAGTA...CAGGTGCCCTGCTGCAGGAGGAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCTGGACGCGGTGACCCTGCTTTACGCCACCTCGCTGCCCAGCTTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110170 GCTGGACGCGGTGACCCTGCTTTACGCCACCTCGCTGCCCAGCTTCTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGCTGGCGGGTGCAGCCCTGGTGCTGGAGGCTGGCGTTGCCCCACCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110220 TGCTGGCGGGTGCAGCCCTGGTGCTGGAGGCTGGCGTTGCCCCACCGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACTGCTGGCGACTCTCGCCTCTGGGCCTGCATCCTGCTCAGCTGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110270 ACTGCTGGCGACTCTCGCCTCTGGGCCTGCATCCTGCTCAGCTGCCTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTCTGTTCTCTATAACCTGGCCAGCTTCTCCCTGCTGGCCCTCACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110320 GTCTGTTCTCTATAACCTGGCCAGCTTCTCCCTGCTGGCCCTCACCTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCTCACCGTCCACGTCCTGGGCAACCTCACCGTGGTGGGCAACCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110370 CCCTCACCGTCCACGTCCTGGGCAACCTCACCGTGGTGGGCAACCTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGTCCCGGCTGTTGTTTGGCAGCCGCCTCAGTGCCCTCAGCTACGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110420 CTGTCCCGGCTGTTGTTTGGCAGCCGCCTCAGTGCCCTCAGCTACGTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CATCGCACTCACTCTTTCAGGAATGTTCCTTTACCACAACTGCGAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110470 CATCGCACTCACTCTTTCAGGAATGTTCCTTTACCACAACTGCGAGTTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGGCCTCCTGGGCTGCCCGTCGGGGGCTGTGGCGGAGGGACCAGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110520 TGGCCTCCTGGGCTGCCCGTCGGGGGCTGTGGCGGAGGGACCAGCCCAGC

   1050     .
   1042 AAGGGTCTT
        |||||||||
 110570 AAGGGTCTT