seq1 = pF1KE0513.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KE0513/gi568815576f_44083330.tfa (gi568815576f:44083330_44306423), 223094 bp

>pF1KE0513 993
>gi568815576f:44083330_44306423 (Chr22)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-144  (102479-102543)   100% ->
145-247  (104447-104549)   100% ->
248-388  (105785-105925)   100% ->
389-504  (107222-107337)   99% ->
505-560  (108720-108775)   100% ->
561-583  (110472-110494)   100% ->
584-642  (112826-112884)   100% ->
643-711  (113018-113086)   100% ->
712-813  (115292-115393)   99% ->
814-886  (122428-122500)   100% ->
887-993  (122988-123094)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGGAGTTCTTGTACGACCTGCTGCAGCTCCCCAAGGGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGGAGTTCTTGTACGACCTGCTGCAGCTCCCCAAGGGGGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCCCAGCGGAGGAGGAGCTCTCAAAAG         GAGGAAAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GCCCCCAGCGGAGGAGGAGCTCTCAAAAGGTG...CAGGAGGAAAGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATACCTGCCACCCACTTCCCGGAAGGACCCCAAATTTGAAGAACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 AATACCTGCCACCCACTTCCCGGAAGGACCCCAAATTTGAAGAACTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAG         GTGTTGATGGAGTGGATCAATGCCACTCTTCTCCCCGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 AAGGTA...CAGGTGTTGATGGAGTGGATCAATGCCACTCTTCTCCCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCACATTGTGGTCCGCAGCCTGGAGGAGGACATGTTCGACGGGCTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104485 GCACATTGTGGTCCGCAGCCTGGAGGAGGACATGTTCGACGGGCTCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TACACCACCTATTCC         AGAGGCTGGCGGCGCTCAAGCTGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104535 TACACCACCTATTCCGTA...CAGAGAGGCTGGCGGCGCTCAAGCTGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCAGAGGACATCGCCCTGACAGCCACAAGCCAGAAGCACAAGCTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105811 GCAGAGGACATCGCCCTGACAGCCACAAGCCAGAAGCACAAGCTCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTGCTGGAGGCCGTGAACCGGAGTCTGCAGCTGGAGGAGTGGCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105861 GGTGCTGGAGGCCGTGAACCGGAGTCTGCAGCTGGAGGAGTGGCAGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTGGAGCGTGGAGA         GCATCTTCAACAAGGACCTGTTGTCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105911 AGTGGAGCGTGGAGAGTA...CAGGCATCTTCAACAAGGACCTGTTGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCCTGCACCTCCTTGTGGCCCTGGCCAAGCGCTTCCAGCCCGACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107248 ACCCTGCACCTCCTTGTGGCCCTGGCCAAGCGCTTCCAGCCCGACCTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTCCCAACCAACGTTCAGGTGGAGGTCATCACTATCGAG         A
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107298 CCTCCCAACCAACGTCCAGGTGGAGGTCATCACTATCGAGGTA...TAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCACCAAAAGTGGTCTGAAGTCAGAGAAGTTGGTGGAACAGCTCACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108721 GCACCAAAAGTGGTCTGAAGTCAGAGAAGTTGGTGGAACAGCTCACTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACAG         CACAGACAAGGACGAGCCTCCAA         AGGA
        |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108771 TACAGGTG...CAGCACAGACAAGGACGAGCCTCCAAGTG...CAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CGTCTTTGATGAATTATTTAAGCTGGCTCCGGAGAAAGTGAACGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112830 CGTCTTTGATGAATTATTTAAGCTGGCTCCGGAGAAAGTGAACGCAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGAG         GCCATCGTGAACTTTGTCAACCAGAAGCTGGACCGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112880 AAGAGGTA...TAGGCCATCGTGAACTTTGTCAACCAGAAGCTGGACCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTGGGCCTGTCTGTGCAGAATCTGGACACCCAG         TTTGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113054 CTGGGCCTGTCTGTGCAGAATCTGGACACCCAGGTA...TAGTTTGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGGGGTCATCTTACTCTTGCTGATTGGACAACTTGAAGGCTTCTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115300 TGGGGTCATCTTACTCTTGCTGATTGGACAACTTGAAGGCTTCTTCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ACTTAAAGGAATTCTACCTCACTCCGAACTCTCCTGCAGAAATG      
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...
 115350 ACTTAAAGGAATTCTACCTCACTCCCAACTCTCCTGCAGAAATGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814    CTGCACAACGTCACCCTGGCGCTGGAGCTGCTGAAGGACGAGGGCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122425 TAGCTGCACAACGTCACCCTGGCGCTGGAGCTGCTGAAGGACGAGGGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GCTCAGCTGCCCTGTCAGCCCTGAAG         ATATCGTGAACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122475 GCTCAGCTGCCCTGTCAGCCCTGAAGGTG...CAGATATCGTGAACAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 ATGCCAAGAGCACACTGAGGGTGCTCTATGGTCTGTTCTGCAAGCACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123003 ATGCCAAGAGCACACTGAGGGTGCTCTATGGTCTGTTCTGCAAGCACACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CAGAAGGCACACAGGGACAGGACGCCCCATGGAGCCCCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123053 CAGAAGGCACACAGGGACAGGACGCCCCATGGAGCCCCGAAT