seq1 = pF1KE0478.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KE0478/gi568815593r_140531859.tfa (gi568815593r:140531859_140732981), 201123 bp

>pF1KE0478 1125
>gi568815593r:140531859_140732981 (Chr5)

(complement)

1-1125  (100000-101123)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGCGCGTCCTGCTTGTTGCTGCTGCTGCTGCCGCTGGTGCACGT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGAGCGCGCGTCCTGCTTGTTGCTGCTGCTGCTGCCGCTGGTGCACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGCGACCACGCCAGAACCTTGTGAGCTGGACGATGAAGATTTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CTCTGCGACCACGCCAGAACCTTGTGAGCTGGACGATGAAGATTTCCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTCTGCAACTTCTCCGAACCTCAGCCCGACTGGTCCGAAGCCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GCGTCTGCAACTTCTCCGAACCTCAGCCCGACTGGTCCGAAGCCTTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGTGTCTGCAGTAGAGGTGGAGATCCATGCCGGCGGTCTCAACCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 TGTGTGTCTGCAGTAGAGGTGGAGATCCATGCCGGCGGTCTCAACCTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGTTTCTAAAGCGCGTCGATGCGGACGCCGACCCGCGGCAGTATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 GCCGTTTCTAAAGCGCGTCGATGCGGACGCCGACCCGCGGCAGTATGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACACGGTCAAGGCTCTCCGCGTGCGGCGGCTCACAGTGGGAGCCGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 ACACGGTCAAGGCTCTCCGCGTGCGGCGGCTCACAGTGGGAGCCGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTCCTGCTCAGCTACTGGTAGGCGCCCTGCGTGTGCTAGCGTACTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 GTTCCTGCTCAGCTACTGGTAGGCGCCCTGCGTGTGCTAGCGTACTCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCAAGGAACTGACGCTCGAGGACCTAAAGATAACCGGCACCATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 CCTCAAGGAACTGACGCTCGAGGACCTAAAGATAACCGGCACCATGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCTGCCTCTGGAAGCCACAGGACTTGCACTTTCCAGCTTGCGCCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 CGCTGCCTCTGGAAGCCACAGGACTTGCACTTTCCAGCTTGCGCCTACGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACGTGTCGTGGGCGACAGGGCGTTCTTGGCTCGCCGAGCTGCAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 AACGTGTCGTGGGCGACAGGGCGTTCTTGGCTCGCCGAGCTGCAGCAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCAAGCCAGGCCTCAAGGTACTGAGCATTGCCCAAGCACACTCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 GCTCAAGCCAGGCCTCAAGGTACTGAGCATTGCCCAAGCACACTCGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTTTTCCTGCGAACAGGTTCGCGCCTTCCCGGCCCTTACCAGCCTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 CCTTTTCCTGCGAACAGGTTCGCGCCTTCCCGGCCCTTACCAGCCTAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGTCTGACAATCCTGGACTGGGCGAACGCGGACTGATGGCGGCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 CTGTCTGACAATCCTGGACTGGGCGAACGCGGACTGATGGCGGCTCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCCCCACAAGTTCCCGGCCATCCAGAATCTAGCGCTGCGCAACACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 TCCCCACAAGTTCCCGGCCATCCAGAATCTAGCGCTGCGCAACACAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGAGACGCCCACAGGCGTGTGCGCCGCACTGGCGGCGGCAGGTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 TGGAGACGCCCACAGGCGTGTGCGCCGCACTGGCGGCGGCAGGTGTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCCACAGCCTAGACCTCAGCCACAACTCGCTGCGCGCCACCGTAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100749 CCCCACAGCCTAGACCTCAGCCACAACTCGCTGCGCGCCACCGTAAACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TAGCGCTCCGAGATGCATGTGGTCCAGCGCCCTGAACTCCCTCAATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100799 TAGCGCTCCGAGATGCATGTGGTCCAGCGCCCTGAACTCCCTCAATCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGTTCGCTGGGCTGGAACAGGTGCCTAAAGGACTGCCAGCCAAGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100849 CGTTCGCTGGGCTGGAACAGGTGCCTAAAGGACTGCCAGCCAAGCTCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTGCTCGATCTCAGCTGCAACAGACTGAACAGGGCGCCGCAGCCTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100899 GTGCTCGATCTCAGCTGCAACAGACTGAACAGGGCGCCGCAGCCTGACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTGCCCGAGGTGGATAACCTGACACTGGACGGGAATCCCTTCCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100949 GCTGCCCGAGGTGGATAACCTGACACTGGACGGGAATCCCTTCCTGGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTGGAACTGCCCTCCCCCACGAGGGCTCAATGAACTCCGGCGTGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100999 CTGGAACTGCCCTCCCCCACGAGGGCTCAATGAACTCCGGCGTGGTCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCCTGTGCACGTTCGACCCTGTCGGTGGGGGTGTCGGGAACCCTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101049 GCCTGTGCACGTTCGACCCTGTCGGTGGGGGTGTCGGGAACCCTGGTGCT

   1100     .    :    .    :    .
   1101 GCTCCAAGGGGCCCGGGGCTTTGCC
        |||||||||||||||||||||||||
 101099 GCTCCAAGGGGCCCGGGGCTTTGCC