seq1 = pF1KE0472.tfa, 558 bp
seq2 = pF1KE0472/gi568815596f_102662586.tfa (gi568815596f:102662586_102914965), 252380 bp

>pF1KE0472 558
>gi568815596f:102662586_102914965 (Chr2)

1-103  (100000-100101)   99% ->
104-202  (101744-101842)   100% ->
203-340  (135278-135415)   100% ->
341-558  (152163-152380)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATAGAGAACGTCACTTTTCACCATGAAGGGTTCTTCTGGAGGTGTTG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GATAGAGAACGTCACTTTTCACCATGAAGGGTTCTTCTGGAGGTGTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTAATGGGATTGTGGAAGAGAATGACTCCAATATTTGGAAGTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTTTAATGGGATTGTGGAAGAGAATGACTCCAATATTTGGAAGTTCTGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACA         CCAATCAGCCACCGTCCAAGAACTGCACACATGCTTAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 ACAGTA...TAGCCAATCAGCCACCGTCCAAGAACTGCACACATGCTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTCTCCGTACCCCTTCATGAGAGGCGAGCACAACTCGACCTCCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101782 CTGTCTCCGTACCCCTTCATGAGAGGCGAGCACAACTCGACCTCCTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCTGCAGTTA         TTTACCGTGGTTTCTGGGCAGTCCTGATGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101832 CTCTGCAGTTAGTA...CAGTTTACCGTGGTTTCTGGGCAGTCCTGATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTGGGGGTAGTTGCTGTAGTCATCGCAAGCTTTTTGATCATCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135308 TCCTGGGGGTAGTTGCTGTAGTCATCGCAAGCTTTTTGATCATCTGTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCCCTTCGCCAGCCATTTTCTCTACAAAGCTGGGGGAGGCTCATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135358 GCCCCCTTCGCCAGCCATTTTCTCTACAAAGCTGGGGGAGGCTCATATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGCAG         GCATCCTATTTTCATTGGTGGTGATGCTGTATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 135408 TGCTGCAGGTA...CAGGCATCCTATTTTCATTGGTGGTGATGCTGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCATCTGGGTCCAGGCAGTGGCTGACATGGAAAGCTACCGAAACATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152196 TCATCTGGGTCCAGGCAGTGGCTGACATGGAAAGCTACCGAAACATGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGAAGGACTGCCTGGATTTCACCCCTTCTGTTCTGTATGGCTGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152246 ATGAAGGACTGCCTGGATTTCACCCCTTCTGTTCTGTATGGCTGGTCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCCTGGCCCCAGCTGGGATATTTTTTTCTTTGCTAGCTGGATTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152296 TTTCCTGGCCCCAGCTGGGATATTTTTTTCTTTGCTAGCTGGATTACTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .
    524 TTCTGGTTGTTGGACGGCATATTCAGATACATCAC
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 152346 TTCTGGTTGTTGGATGGCATATTCAGATACATCAC