seq1 = pF1KE0458.tfa, 678 bp
seq2 = pF1KE0458/gi568815586f_57672725.tfa (gi568815586f:57672725_57880643), 207919 bp

>pF1KE0458 678
>gi568815586f:57672725_57880643 (Chr12)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-289  (100293-100404)   100% ->
290-678  (107531-107919)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACCCCGGCCCAGATCCCGAATCTGAGTCGGAATCGGTGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACCCCGGCCCAGATCCCGAATCTGAGTCGGAATCGGTGTTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGAGGTCGGGCTCTTTGCAGACTCTTACTCGGAGAAGAGCCAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGAGGTCGGGCTCTTTGCAGACTCTTACTCGGAGAAGAGCCAGTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTTCTGTGGGCATGTGCTGACCATCACGCAGAACTTTGGGTCCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTTCTGTGGGCATGTGCTGACCATCACGCAGAACTTTGGGTCCCGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTGGCGGCGCGCGTGTGGGACGCG         GCCCTGAGCCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 GGGGTGGCGGCGCGCGTGTGGGACGCGGTG...TAGGCCCTGAGCCTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATTATTTCGAGAGTCAAAATGTGGATTTCCGAGGCAAGAAGGTGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100307 CAATTATTTCGAGAGTCAAAATGTGGATTTCCGAGGCAAGAAGGTGATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTGGGTGCGGGGACAGGCATCGTGGGGATCTTGGCAGCGCTGCAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100357 AACTGGGTGCGGGGACAGGCATCGTGGGGATCTTGGCAGCGCTGCAGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290        GGGGGGATGTTACCATCACTGACCTGCCCCTGGCCCTAGAACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100407 G...CAGGGGGGGATGTTACCATCACTGACCTGCCCCTGGCCCTAGAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATCCAGGGCAACGTCCAGGCCAATGTGCCAGCTGGAGGCCAGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107574 GATCCAGGGCAACGTCCAGGCCAATGTGCCAGCTGGAGGCCAGGCCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCGTGCCTTGTCCTGGGGGATTGACCATCATGTCTTCCCTGCAAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107624 TGCGTGCCTTGTCCTGGGGGATTGACCATCATGTCTTCCCTGCAAACTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACCTGGTGCTGGGGGCTGATATCGTGTACCTGGAACCCACCTTCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107674 GACCTGGTGCTGGGGGCTGATATCGTGTACCTGGAACCCACCTTCCCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGCTGGGGACCCTCCAACACCTGTGCAGGCCCCATGGCACCATCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107724 GCTGCTGGGGACCCTCCAACACCTGTGCAGGCCCCATGGCACCATCTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGCCTCCAAGATGAGAAAGGAGCACGGGACAGAGAGCTTCTTTCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 107774 TGGCCTCCAAGATGAGAAAGGAGCATGGGACAGAGAGCTTCTTTCAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTCCTGCCCCAGCATTTCCAACTGGAGCTGGCTCAGCGGGATGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107824 CTCCTGCCCCAGCATTTCCAACTGGAGCTGGCTCAGCGGGATGAGGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    633 AAATGTCAACATCTATAGGGCCAGGCACAGGGAACCAAGACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107874 AAATGTCAACATCTATAGGGCCAGGCACAGGGAACCAAGACCTGCT