seq1 = pF1KE0440.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KE0440/gi568815593r_90418822.tfa (gi568815593r:90418822_90625289), 206468 bp

>pF1KE0440 918
>gi568815593r:90418822_90625289 (Chr5)

(complement)

1-255  (100001-100255)   99% ->
256-918  (105806-106468)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGGAGGCATCAGAATCGTAGTTTTCCTCTTCCAGGAGTTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGGAGGCATCAGAATCGTAGTTTTCCTCTTCCAGGAGTTCAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTGGTCAAGTACATGCATTTGGAAATTGTTCAGACAGTGATATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGTGGTCAAGTACATGCATTTGGAAATTGTTCAGACAGTGATATTTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGGATGCTGAAGTGTATGAGCTTCGATCCAGAGGAAAAGAGAAAGTC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGGATGCTGAAGTGTATGAACTTCGATCCAGAGGAAAAGAGAAAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGAAGAAGTACATCAAGAGATAGACTTGACGACATTATAGTATTAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGAAGAAGTACATCAAGAGATAGACTTGACGACATTATAGTATTAACAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGATATACAAGAAGGAGATACATTAAATGCAATAGCCCTTCAGTACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGATATACAAGAAGGAGATACATTAAATGCAATAGCCCTTCAGTACTGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTACG         GTAGCAGATATCAAGAGAGTTAACAATCTCATCAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTACGGTA...CAGGTAGCAGATATCAAGAGAGTTAACAATCTCATCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATCAAGACTTTTTTGCCCTTAGGTCTATCAAAATTCCAGTAAAAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105842 GATCAAGACTTTTTTGCCCTTAGGTCTATCAAAATTCCAGTAAAAAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGTTCCTTGACCGAAACACTTTGTCCTCCAAAAGGAAGACAGACTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 CAGTTCCTTGACCGAAACACTTTGTCCTCCAAAAGGAAGACAGACTTCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTCATTCATCTGTTCAATACTCTTCCGAACAACAGGAAATTTTGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 GTCATTCATCTGTTCAATACTCTTCCGAACAACAGGAAATTTTGCCAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AATGATTCTCTTGCTTACAGTGACTCAGCTGGTAGCTTTTTAAAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 AATGATTCTCTTGCTTACAGTGACTCAGCTGGTAGCTTTTTAAAAGAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGACCGAGACATAGAACAAATAGTAAAGTGTACAGACAATAAGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 AGACCGAGACATAGAACAAATAGTAAAGTGTACAGACAATAAGAGAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCTCAATGAGGTAGTATCGGCCTTAACAGCACAACAAATGCGTTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106092 ACCTCAATGAGGTAGTATCGGCCTTAACAGCACAACAAATGCGTTTTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTGATAACAAAAACACTCAACGTAAAGACCCCTATTATGGAGCAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106142 CCTGATAACAAAAACACTCAACGTAAAGACCCCTATTATGGAGCAGACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGGAATAGGGTGGTGGACAGCTGTAGTGATAATGTTGATAGTAGGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106192 GGGAATAGGGTGGTGGACAGCTGTAGTGATAATGTTGATAGTAGGTATAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TAACACCAGTGTTTTATTTGTTGTATTATGCAATTTTAGCTAAGGTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 106242 TAACACCAGTGTTTTATTTGTTGTATTATGAAATTTTAGCTAAGGTGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTTAGTCATCATTCAACAGTGGACTCTTCACATTTACATTCAAAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106292 GTTAGTCATCATTCAACAGTGGACTCTTCACATTTACATTCAAAAATCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACCCCCATCACAGCAGAGAGAAATGGAAAATGGAATTGTGCCAACTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106342 ACCCCCATCACAGCAGAGAGAAATGGAAAATGGAATTGTGCCAACTAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GAATACATTTCAGCCAACAAGATGATCATAAACTGTATAGTCAAGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106392 GAATACATTTCAGCCAACAAGATGATCATAAACTGTATAGTCAAGATTCT

    900     .    :    .    :    .
    892 CAGTCACCTGCTGCTCAACAGGAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||
 106442 CAGTCACCTGCTGCTCAACAGGAAACA