seq1 = pF1KE0438.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE0438/gi568815589f_37322751.tfa (gi568815589f:37322751_37536779), 214029 bp

>pF1KE0438 984
>gi568815589f:37322751_37536779 (Chr9)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-214  (102095-102225)   100% ->
215-287  (103172-103244)   100% ->
288-404  (103788-103904)   100% ->
405-493  (105734-105822)   100% ->
494-598  (106982-107086)   99% ->
599-734  (107761-107896)   100% ->
735-865  (109258-109388)   100% ->
866-984  (113911-114029)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACCGGTGCGACTCATGAAGGTGTTCGTCACCCGCAGGATACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGACCGGTGCGACTCATGAAGGTGTTCGTCACCCGCAGGATACCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGGTAGGGTCGCGCTCGCCCGGGCGGCAGA         CTGTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 CGAGGGTAGGGTCGCGCTCGCCCGGGCGGCAGAGTA...CAGCTGTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGCAGTGGGACTCGGATGAGCCCATCCCTGCCAAGGAGCTAGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102103 TGGAGCAGTGGGACTCGGATGAGCCCATCCCTGCCAAGGAGCTAGAGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGTGGCGGGGGCCCACGGCCTGCTCTGCCTCCTCTCCGACCACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102153 GGTGTGGCGGGGGCCCACGGCCTGCTCTGCCTCCTCTCCGACCACGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGAGGATCCTGGATGCTGCAG         GGGCCAATCTCAAAGTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102203 CAAGAGGATCCTGGATGCTGCAGGTG...CAGGGGCCAATCTCAAAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAGCACCATGTCTGTGGGCATCGACCACTTGGCTTTGGATGAAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103190 TCAGCACCATGTCTGTGGGCATCGACCACTTGGCTTTGGATGAAATCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCG         TGGGATCCGAGTTGGCTACACCCCAGATGTCCTGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103240 AAGCGGTA...TAGTGGGATCCGAGTTGGCTACACCCCAGATGTCCTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATACCACCGCCGAACTCGCAGTCTCCCTGCTACTTACCACCTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 AGATACCACCGCCGAACTCGCAGTCTCCCTGCTACTTACCACCTGCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGTTGCCGGAGGCCATCGAGGAAGTGAAGAA         TGGTGGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103874 GGTTGCCGGAGGCCATCGAGGAAGTGAAGAAGTA...CAGTGGTGGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCTCGTGGAAGCCCCTCTGGCTGTGTGGCTATGGACTCACGCAGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105744 ACCTCGTGGAAGCCCCTCTGGCTGTGTGGCTATGGACTCACGCAGAGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTCGGCATCATCGGGCTGGGGCGCATAG         GCCAGGCCATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105794 TGTCGGCATCATCGGGCTGGGGCGCATAGGTG...TAGGCCAGGCCATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCGGCGTCTGAAACCATTCGGTGTCCAGAGATTTCTGTACACAGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106994 CTCGGCGTCTGAAACCATTCGGTGTCCAGAGATTTCTGTACACAGGGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGCCCAGGCCTGAGGAAGCAGCGGAATTCCAGGCAGAGTTTG       
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>...>
 107044 CAGCCCAGGCCTGAGGAAGCAGCAGAATTCCAGGCAGAGTTTGGTA...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599   TGTCTACCCCTGAGCTGGCTGCCCAATCTGATTTCATCGTCGTGGCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107759 AGTGTCTACCCCTGAGCTGGCTGCCCAATCTGATTTCATCGTCGTGGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCTCCTTAACACCTGCAACCGAGGGACTCTGCAACAAGGACTTCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107809 GCTCCTTAACACCTGCAACCGAGGGACTCTGCAACAAGGACTTCTTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGATGAAGGAAACAGCTGTGTTCATCAACATCAGCAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107859 AAGATGAAGGAAACAGCTGTGTTCATCAACATCAGCAGGTA...CAGGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGACGTCGTAAACCAGGACGACCTGTACCAGGCCTTGGCCAGTGGTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109261 CGACGTCGTAAACCAGGACGACCTGTACCAGGCCTTGGCCAGTGGTAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGCAGCTGCTGGACTGGATGTGACGAGCCCAGAACCACTGCCTACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109311 TTGCAGCTGCTGGACTGGATGTGACGAGCCCAGAACCACTGCCTACAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CACCCTCTCCTGACCCTGAAGAACTGTG         TGATTCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109361 CACCCTCTCCTGACCCTGAAGAACTGTGGTA...CAGTGATTCTGCCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATTGGCAGTGCCACCCACAGAACCCGCAACACCATGTCCTTGTTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113924 CATTGGCAGTGCCACCCACAGAACCCGCAACACCATGTCCTTGTTGGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTAACAACTTGCTGGCTGGCCTGAGAGGGGAGCCGATGCCTAGTGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113974 CTAACAACTTGCTGGCTGGCCTGAGAGGGGAGCCGATGCCTAGTGAACTC

   1050     .
    979 AAGCTG
        ||||||
 114024 AAGCTG