seq1 = pF1KE0436.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE0436/gi568815590f_6608669.tfa (gi568815590f:6608669_6857385), 248717 bp

>pF1KE0436 1092
>gi568815590f:6608669_6857385 (Chr8)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-289  (116202-116271)   100% ->
290-405  (122043-122158)   100% ->
406-495  (123893-123982)   100% ->
496-586  (132993-133083)   100% ->
587-745  (139002-139160)   100% ->
746-869  (146383-146506)   100% ->
870-1092  (148495-148717)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGTCCCTGGTGCTCCACACGTACTCCATGCGCTACCTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTGTCCCTGGTGCTCCACACGTACTCCATGCGCTACCTGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGTCGTGCTCCTGGGCACGGCGCCCACCTACGTGTTGGCCTGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCGTCGTGCTCCTGGGCACGGCGCCCACCTACGTGTTGGCCTGGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGGCGGCTGCTCTCCGCCTTCCTGCCCGCCCGCTTCTACCAAGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGGCGGCTGCTCTCCGCCTTCCTGCCCGCCCGCTTCTACCAAGCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGACCGGCTCTACTGCGTCTACCAGAGCATGGTGCTCTTCTTCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGACCGGCTCTACTGCGTCTACCAGAGCATGGTGCTCTTCTTCTTCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAATTACACCGGGGTCCAG         ATATTGCTATATGGAGATTTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 GAATTACACCGGGGTCCAGGTG...TAGATATTGCTATATGGAGATTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAAAAATAAAGAAAATATAATATATTTAGCAAATCATCAAAGCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116224 CAAAAAATAAAGAAAATATAATATATTTAGCAAATCATCAAAGCACAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290        TTGACTGGATTGTTGCTGACATCTTGGCCATCAGGCAGAATGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116274 T...CAGTTGACTGGATTGTTGCTGACATCTTGGCCATCAGGCAGAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTAGGACATGTGCGCTACGTGCTGAAAGAAGGGTTAAAATGGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122086 GCTAGGACATGTGCGCTACGTGCTGAAAGAAGGGTTAAAATGGCTGCCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTATGGGTGTTACTTTGCTCAG         CATGGAGGAATCTATGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122136 TGTATGGGTGTTACTTTGCTCAGGTA...CAGCATGGAGGAATCTATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCGCAGTGCCAAATTTAACGAGAAAGAGATGCGAAACAAGTTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123911 AAGCGCAGTGCCAAATTTAACGAGAAAGAGATGCGAAACAAGTTGCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACGTGGACGCAGGAACTCCA         ATGTATCTTGTGATTTTTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 123961 CTACGTGGACGCAGGAACTCCAGTA...CAGATGTATCTTGTGATTTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGAAGGTACAAGGTATAATCCAGAGCAAACAAAAGTCCTTTCAGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133012 CAGAAGGTACAAGGTATAATCCAGAGCAAACAAAAGTCCTTTCAGCTAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGCATTTGCTGCCCAACGTG         GCCTTGCAGTATTAAAACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 133062 CAGGCATTTGCTGCCCAACGTGGTA...TAGGCCTTGCAGTATTAAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTGCTAACACCACGAATAAAGGCAACTCACGTTGCTTTTGATTGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139021 TGTGCTAACACCACGAATAAAGGCAACTCACGTTGCTTTTGATTGCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAATTATTTAGATGCAATTTATGATGTTACGGTGGTTTATGAAGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139071 AGAATTATTTAGATGCAATTTATGATGTTACGGTGGTTTATGAAGGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACGATGGAGGGCAGCGAAGAGAGTCACCGACCATGACGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 139121 GACGATGGAGGGCAGCGAAGAGAGTCACCGACCATGACGGGTA...TAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTTCTCTGCAAAGAATGTCCAAAAATTCATATTCACATTGATCGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146384 ATTTCTCTGCAAAGAATGTCCAAAAATTCATATTCACATTGATCGTATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAAAAAAGATGTCCCAGAAGAACAAGAACATATGAGAAGATGGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146434 ACAAAAAAGATGTCCCAGAAGAACAAGAACATATGAGAAGATGGCTGCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAACGTTTCGAAATCAAAGATAA         GATGCTTATAGAATTTTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 146484 GAACGTTTCGAAATCAAAGATAAGTG...TAGGATGCTTATAGAATTTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAGTCACCAGATCCAGAAAGAAGAAAAAGATTTCCTGGGAAAAGTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148513 TGAGTCACCAGATCCAGAAAGAAGAAAAAGATTTCCTGGGAAAAGTGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATTCCAAATTAAGTATCAAGAAGACTTTACCATCAATGTTGATCTTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148563 ATTCCAAATTAAGTATCAAGAAGACTTTACCATCAATGTTGATCTTAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGTTTGACTGCAGGCATGCTTATGACCGATGCTGGAAGGAAGCTGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148613 GGTTTGACTGCAGGCATGCTTATGACCGATGCTGGAAGGAAGCTGTATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAACACCTGGATATATGGAACCCTACTTGGCTGCCTGTGGGTTACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148663 GAACACCTGGATATATGGAACCCTACTTGGCTGCCTGTGGGTTACTATTA

   1150     .
   1088 AAGCA
        |||||
 148713 AAGCA