seq1 = pF1KE0433.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KE0433/gi568815596r_208137082.tfa (gi568815596r:208137082_208351538), 214457 bp

>pF1KE0433 1242
>gi568815596r:208137082_208351538 (Chr2)

(complement)

1-122  (99988-100109)   99% ->
123-414  (102879-103170)   99% ->
415-520  (106115-106220)   100% ->
521-698  (107935-108112)   100% ->
699-850  (109394-109545)   100% ->
851-991  (111536-111676)   100% ->
992-1154  (112306-112468)   100% ->
1155-1242  (114370-114457)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAAAAAAATCAGTGGCGGTTCTGTGGTAGAGATGCAAGGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99988 ATGTCCAAAAAAATCAGTGGCGGTTCTGTGGTAGAGATGCAAGGAGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGACACGAATCATTTGGGAATTGATTAAAGAGAAACTCATTATTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100038 AATGACACGAATCATTTGGGAATTGATTAAAGAGAAACTCATTTTTCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGTGGAATTGGATCTACATAG         CTATGATTTAGGCATAGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100088 ACGTGGAATTGGATCTACATAGGTA...AAGCTATGATTTAGGCATAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCGTGATGCCACCAACGACCAAGTCACCAAGGATGCTGCAGAAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102898 AATCGTGATGCCACCAACGACCAAGTCACCAAGGATGCTGCAGAAGCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGAAGCATAATGTTGGCGTCAAATGTGCCACTATCACTCCTGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102948 AAAGAAGCATAATGTTGGCGTCAAATGTGCCACTATCACTCCTGATGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGGGTTGAGGAGTTCAAGTTGAAACAAATGTGGAAATCACCAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102998 AGAGGGTTGAGGAGTTCAAGTTGAAACAAATGTGGAAATCACCAAATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCATACGAAATATTCTGGGTGGCACGGTCTTCAGAGAAGCCATTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103048 ACCATACGAAATATTCTGGGTGGCACGGTCTTCAGAGAAGCCATTATCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAAAATATCCCCCGGCTTGTGAGTGGATGGGTAGAACCTATCATCATAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 103098 CAAAAATATCCCCCGGCTTGTGAGTGGATGGGTAAAACCTATCATCATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTCGTCATGCTTATGGGGATCAA         TACAGAGCAACTGATTTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103148 GTCGTCATGCTTATGGGGATCAAGTA...CAGTACAGAGCAACTGATTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTGTTCCTGGGCCTGGAAAAGTAGAGATAACCTACACACCAAGTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106133 GTTGTTCCTGGGCCTGGAAAAGTAGAGATAACCTACACACCAAGTGACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AACCCAAAAGGTGACATACCTGGTACATAACTTTGAAG         AAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106183 AACCCAAAAGGTGACATACCTGGTACATAACTTTGAAGGTA...CAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGGTGGTGTTGCCATGGGGATGTATAATCAAGATAAGTCAATTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107938 GTGGTGGTGTTGCCATGGGGATGTATAATCAAGATAAGTCAATTGAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTGCACACAGTTCCTTCCAAATGGCTCTGTCTAAGGGTTGGCCTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107988 TTTGCACACAGTTCCTTCCAAATGGCTCTGTCTAAGGGTTGGCCTTTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCTGAGCACCAAAAACACTATTCTGAAGAAATATGATGGGCGTTTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108038 TCTGAGCACCAAAAACACTATTCTGAAGAAATATGATGGGCGTTTTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACATCTTTCAGGAGATATATGACAA         GCAGTACAAGTCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108088 ACATCTTTCAGGAGATATATGACAAGTA...CAGGCAGTACAAGTCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTGAAGCTCAAAAGATCTGGTATGAGCATAGGCTCATCGACGACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109410 TTTGAAGCTCAAAAGATCTGGTATGAGCATAGGCTCATCGACGACATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGCCCAAGCTATGAAATCAGAGGGAGGCTTCATCTGGGCCTGTAAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109460 GGCCCAAGCTATGAAATCAGAGGGAGGCTTCATCTGGGCCTGTAAAAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATGATGGTGACGTGCAGTCGGACTCTGTGGCCCAAG         GGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109510 ATGATGGTGACGTGCAGTCGGACTCTGTGGCCCAAGGTA...CAGGGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCTCTCTCGGCATGATGACCAGCGTGCTGGTTTGTCCAGATGGCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111541 GGCTCTCTCGGCATGATGACCAGCGTGCTGGTTTGTCCAGATGGCAAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGTAGAAGCAGAGGCTGCCCACGGGACTGTAACCCGTCACTACCGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111591 AGTAGAAGCAGAGGCTGCCCACGGGACTGTAACCCGTCACTACCGCATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACCAGAAAGGACAGGAGACGTCCACCAATCCCATTG         CTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111641 ACCAGAAAGGACAGGAGACGTCCACCAATCCCATTGGTA...TAGCTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATTTTTGCCTGGACCAGAGGGTTAGCCCACAGAGCAAAGCTTGATAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112311 ATTTTTGCCTGGACCAGAGGGTTAGCCCACAGAGCAAAGCTTGATAACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TAAAGAGCTTGCCTTCTTTGCAAATGCTTTGGAAGAAGTCTCTATTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112361 TAAAGAGCTTGCCTTCTTTGCAAATGCTTTGGAAGAAGTCTCTATTGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAATTGAGGCTGGCTTCATGACCAAGGACTTGGCTGCTTGCATTAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112411 CAATTGAGGCTGGCTTCATGACCAAGGACTTGGCTGCTTGCATTAAAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTACCCAA         TGTGCAACGTTCTGACTACTTGAATACATTTGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112461 TTACCCAAGTA...TAGTGTGCAACGTTCTGACTACTTGAATACATTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTTCATGGATAAACTTGGAGAAAACTTGAAGATCAAACTAGCTCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114403 GTTCATGGATAAACTTGGAGAAAACTTGAAGATCAAACTAGCTCAGGCCA

   1300     .
   1238 AACTT
        |||||
 114453 AACTT