seq1 = pF1KE0424.tfa, 1410 bp
seq2 = pF1KE0424/gi568815575f_154328693.tfa (gi568815575f:154328693_154535888), 207196 bp

>pF1KE0424 1410
>gi568815575f:154328693_154535888 (ChrX)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-288  (100356-100482)   100% ->
289-363  (103138-103212)   100% ->
364-557  (103574-103767)   100% ->
558-598  (104239-104279)   100% ->
599-684  (104943-105028)   100% ->
685-923  (105516-105754)   100% ->
924-971  (106447-106494)   100% ->
972-1203  (106582-106813)   100% ->
1204-1410  (106990-107196)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCGGCCATGGCGACGGCTCGAGTGCGGATGGGGCCGCGGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGCGGCCATGGCGACGGCTCGAGTGCGGATGGGGCCGCGGTGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGCGCTCTGGCGCATGCCGTGGCTGCCGGTGTTTTTGTCGTTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGCGCTCTGGCGCATGCCGTGGCTGCCGGTGTTTTTGTCGTTGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCGGAGCAGCAGGTCCCGCTGGTGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCGGAGCAGCAGGTCCCGCTGGTGCTGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGAGTGACCG         GGACTTGTGGGCTCCTGCGGCCGACACTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGAGTGACCGGTG...CAGGGACTTGTGGGCTCCTGCGGCCGACACTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAGGCCACATCACCAGCGACTTGCAGCTCTCTACCTACTTAGATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100386 TGAAGGCCACATCACCAGCGACTTGCAGCTCTCTACCTACTTAGATCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCTGGAGCTGGGTCCCAGGAATGTGCTGCTGTTCCTGCAGGACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100436 CCCTGGAGCTGGGTCCCAGGAATGTGCTGCTGTTCCTGCAGGACAAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       CTGAGCATTGAGGATTTCACAGCATATGGCGGTGTGTTTGGAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100486 ...TAGCTGAGCATTGAGGATTTCACAGCATATGGCGGTGTGTTTGGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGCAGGACAGCGCCTTTTCTAACCTAGAG         AATGCCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103182 CAAGCAGGACAGCGCCTTTTCTAACCTAGAGGTG...CAGAATGCCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCTGGCCCCCTCCTCACTGGTGCTTCCTGCCGTCGACTGGTATGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103584 ACCTGGCCCCCTCCTCACTGGTGCTTCCTGCCGTCGACTGGTATGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCACTCTGACCACTTACCTGCAGGAGAAGCTCGGGGCCAGCCCCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103634 AGCACTCTGACCACTTACCTGCAGGAGAAGCTCGGGGCCAGCCCCTTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTGGACCTGGCCACCCTGCGGGAGCTGAAGCTCAATGCCAGCCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103684 TGTGGACCTGGCCACCCTGCGGGAGCTGAAGCTCAATGCCAGCCTCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCTGCTGCTCATTCGCCTGCCCTACACAGCCAG         CTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103734 CTCTGCTGCTCATTCGCCTGCCCTACACAGCCAGGTA...TAGCTCTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGATGGCACCCAGGGAAGTCCTCACAGGCAACG         ATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104246 CTGATGGCACCCAGGGAAGTCCTCACAGGCAACGGTG...CAGATGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCGGGCAGGTCCTGAGCACACTCAAGTCCGAAGATGTCCCATACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104950 CATCGGGCAGGTCCTGAGCACACTCAAGTCCGAAGATGTCCCATACACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGGCCCTCACAGCGGTCCGCCCTTCCAGG         GTGGCCCGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105000 CGGCCCTCACAGCGGTCCGCCCTTCCAGGGTA...CAGGTGGCCCGTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTAGCCGTGGTGGCCGGAGGGCTAGGTCGCCAGCTGCTACAAAAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105528 GTAGCCGTGGTGGCCGGAGGGCTAGGTCGCCAGCTGCTACAAAAACAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTATCACCTGTGATCCATCCTCCTGTGAGTTACAATGACACCGCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105578 AGTATCACCTGTGATCCATCCTCCTGTGAGTTACAATGACACCGCTCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGATCCTGTTCTGGGCCCAAAACTTCTCTGTGGCGTACAAGGACCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105628 GGATCCTGTTCTGGGCCCAAAACTTCTCTGTGGCGTACAAGGACCAGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGGACCTGACTCCCCTCACCTTTGGGGTGCAGGAACTCAACCTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105678 GAGGACCTGACTCCCCTCACCTTTGGGGTGCAGGAACTCAACCTGACTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCCTTCTGGAATGACTCCTTTGCCAG         GCTCTCACTGACCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105728 CTCCTTCTGGAATGACTCCTTTGCCAGGCA...CAGGCTCTCACTGACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGAACGACTCTTTGGTACCACAGTGACATTCAA         GTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106461 ATGAACGACTCTTTGGTACCACAGTGACATTCAAGTG...CAGGTTCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGCCAACCGCCTCTACCCAGTGTCTGCCCGGCACTGGTTTACCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106589 CTGGCCAACCGCCTCTACCCAGTGTCTGCCCGGCACTGGTTTACCATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCGCCTCGAAGTCCACAGCAATGGCTCCGTCGCCTACTTCAATGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106639 GCGCCTCGAAGTCCACAGCAATGGCTCCGTCGCCTACTTCAATGCTTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGTCACAGGGCCCAGCATCTACTCCTTCCACTGCGAGTATGTCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106689 AGGTCACAGGGCCCAGCATCTACTCCTTCCACTGCGAGTATGTCAGCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGAGCAAGAAGGGTAGTCTCCTCGTGGCCCGCACGCAGCCCTCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106739 CTGAGCAAGAAGGGTAGTCTCCTCGTGGCCCGCACGCAGCCCTCTCCCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCAGATGATGCTTCAGGACTTCCAG         ATCCAGGCTTTCAACG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106789 GCAGATGATGCTTCAGGACTTCCAGGTA...CAGATCCAGGCTTTCAACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAATGGGGGAGCAGTTCTCCTACGCCAGCGACTGTGCCAGCTTCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107006 TAATGGGGGAGCAGTTCTCCTACGCCAGCGACTGTGCCAGCTTCTTCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCCGGCATCTGGATGGGGCTGCTCACCTCCCTGTTCATGCTCTTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107056 CCCGGCATCTGGATGGGGCTGCTCACCTCCCTGTTCATGCTCTTCATCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CACCTATGGCCTGCACATGATCCTCAGCCTCAAGACCATGGATCGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107106 CACCTATGGCCTGCACATGATCCTCAGCCTCAAGACCATGGATCGCTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATGACCACAAGGGCCCCACTATTTCTTTGACCCAGATTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107156 ATGACCACAAGGGCCCCACTATTTCTTTGACCCAGATTGTG