seq1 = pF1KE0422.tfa, 1179 bp
seq2 = pF1KE0422/gi568815575r_153685875.tfa (gi568815575r:153685875_153894326), 208452 bp

>pF1KE0422 1179
>gi568815575r:153685875_153894326 (ChrX)

(complement)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-126  (103476-103521)   97% ->
127-233  (104035-104132)   91% ->
234-346  (104503-104615)   100% ->
347-407  (106192-106252)   100% ->
408-540  (106372-106504)   100% ->
541-674  (106730-106863)   100% ->
675-777  (107174-107276)   100% ->
778-924  (107380-107526)   100% ->
925-1019  (107878-107972)   100% ->
1020-1080  (108055-108115)   100% ->
1081-1179  (108354-108452)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGAAGGTAGCGACCGTCGCCGGCAGCGCCGCGAAGGCGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGAAGGTAGCGACCGTCGCCGGCAGCGCCGCGAAGGCGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCCAGCCCTTCTCTGCCGTCCCTGGGAG         GTTCTAGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CGGGCCAGCCCTTCTCTGCCGTCCCTGGGAGGTG...CAGGTTCTAGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCACGAGGTCCCCTCGAGGAACATCTTTTCAG AA         CAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||-||>>>...>>>-----
 103486 CCCACGAGGTCCCCTCGAGGAACATCTTTTCAGTAAGTA...CAG     

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    132 AATTCCTCCGTCCGCTAAGTATGGCGGGCGGCACACGGTGACCATGATCC
        ----||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104035     CCTCCGTCCGCTAAGTATGGCGGGCGGCACACGGTGACCATGATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 CAGGGGATGGCATCGGGCCAGAGCTCATGCTGCATGTCAAGTCCGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104081 CAGGGGATGGCATCGGGCCAGAGCTCATGCTGCATGTCAAGTCCGTCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 AG         GCACGCATGTGTACCAGTGGACTTTGAAGAGGTGCACGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104131 AGGTA...CAGGCACGCATGTGTACCAGTGGACTTTGAAGAGGTGCACGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 GAGTTCCAATGCTGATGAAGAGGACATTCGCAATGCCATCATGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104542 GAGTTCCAATGCTGATGAAGAGGACATTCGCAATGCCATCATGGCCATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 GCCGGAACCGCGTGGCCCTGAAGG         GCAACATCGAAACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104592 GCCGGAACCGCGTGGCCCTGAAGGGTG...TAGGCAACATCGAAACCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 CATAACCTGCCACCGTCGCACAAATCTCGAAACAACATCCTTCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106209 CATAACCTGCCACCGTCGCACAAATCTCGAAACAACATCCTTCGGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    408    CACCAGCCTGGACCTCTATGCCAACGTCATCCACTGTAAGAGCCTTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106369 CAGCACCAGCCTGGACCTCTATGCCAACGTCATCCACTGTAAGAGCCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 CAGGCGTGGTGACCCGGCACAAGGACATAGACATCCTCATTGTCCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106419 CAGGCGTGGTGACCCGGCACAAGGACATAGACATCCTCATTGTCCGGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 AACACAGAGGGCGAGTACAGCAGCCTGGAGCATGAG         AGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106469 AACACAGAGGGCGAGTACAGCAGCCTGGAGCATGAGGTG...CAGAGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 GGCGGGAGTGGTGGAGAGCCTGAAGATCATCACCAAGGCCAAGTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106735 GGCGGGAGTGGTGGAGAGCCTGAAGATCATCACCAAGGCCAAGTCCCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596 GCATTGCCGAGTATGCCTTCAAGCTGGCGCAGGAGAGCGGGCGCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106785 GCATTGCCGAGTATGCCTTCAAGCTGGCGCAGGAGAGCGGGCGCAAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 GTGACGGCCGTGCACAAGGCCAACATCAT         GAAACTGGGCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106835 GTGACGGCCGTGCACAAGGCCAACATCATGTA...CAGGAAACTGGGCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 TGGGCTTTTCCTCCAGTGCTGCAGGGAGGTGGCAGCCCGCTACCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107186 TGGGCTTTTCCTCCAGTGCTGCAGGGAGGTGGCAGCCCGCTACCCTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 TCACCTTCGAGAACATGATTGTGGATAACACCACCATGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107236 TCACCTTCGAGAACATGATTGTGGATAACACCACCATGCAGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 CTGGTGTCCCGGCCCCAGCAGTTTGATGTCATGGTGATGCCCAATCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107380 CTGGTGTCCCGGCCCCAGCAGTTTGATGTCATGGTGATGCCCAATCTCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 TGGCAACATCGTCAACAATGTCTGCGCGGGACTGGTCGGGGGCCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107430 TGGCAACATCGTCAACAATGTCTGCGCGGGACTGGTCGGGGGCCCAGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 TTGTGGCTGGGGCCAACTATGGCCATGTGTACGCGGTGTTTGAAACA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107480 TTGTGGCTGGGGCCAACTATGGCCATGTGTACGCGGTGTTTGAAACAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925       GCTACGAGGAACACCGGCAAGAGTATCGCCAATAAGAACATCGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107530 ...CAGGCTACGAGGAACACCGGCAAGAGTATCGCCAATAAGAACATCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 CAACCCCACGGCCACCCTGCTGGCCAGCTGCATGATGCTGGACCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107922 CAACCCCACGGCCACCCTGCTGGCCAGCTGCATGATGCTGGACCACCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 A         GCTGCACTCCTATGCCACCTCCATCCGTAAGGCTGTCCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107972 AGTG...TAGGCTGCACTCCTATGCCACCTCCATCCGTAAGGCTGTCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 GCATCCATGGACAATGAGAAT         ATGCACACTCCGGACATCGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108095 GCATCCATGGACAATGAGAATGTG...CAGATGCACACTCCGGACATCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGGCCAGGGCACAACATCTGAAGCCATCCAGGACGTCATCCGCCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108374 GGGCCAGGGCACAACATCTGAAGCCATCCAGGACGTCATCCGCCACATCC

   1250     .    :    .    :    .
   1151 GCGTCATCAACGGCCGGGCCGTGGAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 108424 GCGTCATCAACGGCCGGGCCGTGGAGGCC