seq1 = pF1KE0413.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE0413/gi568815593f_163405687.tfa (gi568815593f:163405687_163618360), 212674 bp

>pF1KE0413 1002
>gi568815593f:163405687_163618360 (Chr5)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-258  (106316-106510)   100% ->
259-373  (107869-107983)   100% ->
374-526  (108156-108308)   100% ->
527-720  (110832-111025)   99% ->
721-834  (111875-111988)   100% ->
835-1002  (112507-112674)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGGGCGGGAGAAAGAGCTCTCTATACACTTTGTTCCCGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGGGCGGGAGAAAGAGCTCTCTATACACTTTGTTCCCGGGAGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGCTGGTGGAG         GAGGAAGTTAACATCCCTAATAGGAGGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGCTGGTGGAGGTG...TAGGAGGAAGTTAACATCCCTAATAGGAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCTGGTTACTGGTGCCACTGGGCTTCTTGGCAGAGCTGTACACAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106344 TTCTGGTTACTGGTGCCACTGGGCTTCTTGGCAGAGCTGTACACAAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCAGCAGAATAATTGGCATGCAGTTGGCTGTGGTTTCAGAAGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106394 TTTCAGCAGAATAATTGGCATGCAGTTGGCTGTGGTTTCAGAAGAGCAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCAAAATTTGAACAGGTTAATCTGTTGGATTCTAATGCAGTTCATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106444 ACCAAAATTTGAACAGGTTAATCTGTTGGATTCTAATGCAGTTCATCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATTCATGATTTTCAG         CCCCATGTTATAGTACATTGTGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106494 TCATTCATGATTTTCAGGTA...TAGCCCCATGTTATAGTACATTGTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGAGAGAAGACCAGATGTTGTAGAAAATCAGCCAGATGCTGCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107893 GCAGAGAGAAGACCAGATGTTGTAGAAAATCAGCCAGATGCTGCCTCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTTAATGTGGATGCTTCTGGGAATTTAGCAAAGGAAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107943 ACTTAATGTGGATGCTTCTGGGAATTTAGCAAAGGAAGCAGGTA...TAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCTGTTGGAGCATTTCTCATCTACATTAGCTCAGATTATGTATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108156 CTGCTGTTGGAGCATTTCTCATCTACATTAGCTCAGATTATGTATTTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAACAAATCCACCTTACAGAGAGGAAGACATACCAGCTCCCCTAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108206 GGAACAAATCCACCTTACAGAGAGGAAGACATACCAGCTCCCCTAAATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTATGGCAAAACAAAATTAGATGGAGAAAAGGCTGTCCTGGAGAACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108256 GTATGGCAAAACAAAATTAGATGGAGAAAAGGCTGTCCTGGAGAACAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAG         GAGCTGCTGTTTTGAGGATTCCTATTCTGTATGGGGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108306 TAGGTA...TAGGAGCTGCTGTTTTGAGGATTCCTATTCTGTATGGGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTGAAAAGCTCGAAGAAAGTGCAGTGACTGTTATGTTTGATAAAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 110870 GTTGAAAAGCTCGAAGAAAGTGCTGTGACTGTTATGTTTGATAAAGTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTTCAGCAACAAGTCAGCAAACATGGATCACTGGCAGCAGAGGTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110920 GTTCAGCAACAAGTCAGCAAACATGGATCACTGGCAGCAGAGGTTCCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACATGTCAAAGATGTGGCCACTGTGTGCCGGCAGCTAGCAGAGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110970 CACATGTCAAAGATGTGGCCACTGTGTGCCGGCAGCTAGCAGAGAAGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGCTG         GATCCATCAATTAAGGGAACCTTTCACTGGTCTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111020 ATGCTGGTA...TAGGATCCATCAATTAAGGGAACCTTTCACTGGTCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAATGAACAGATGACTAAGTATGAAATGGCATGTGCAATTGCAGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111910 CAATGAACAGATGACTAAGTATGAAATGGCATGTGCAATTGCAGATGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCAACCTCCCCAGCAGTCACTTAAGACCT         ATTACTGACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111960 TCAACCTCCCCAGCAGTCACTTAAGACCTGTA...AAGATTACTGACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTGTCCTAGGAGCACAATGTCCGAGAAATGCTCAGCTTGACTGCTCCAA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 112519 CCTGTCCTAGGAGCACAACGTCCGAGAAATGCTCAGCTTGACTGCTCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATTGGAGACCTTGGGCATTGGCCAACGAACACCATTTCGAATTGGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112569 ATTGGAGACCTTGGGCATTGGCCAACGAACACCATTTCGAATTGGAATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGAATCACTTTGGCCTTTCCTCATTGACAAGAGATGGAGACAAACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112619 AAGAATCACTTTGGCCTTTCCTCATTGACAAGAGATGGAGACAAACGGTC

   1050     .
    997 TTTCAT
        ||||||
 112669 TTTCAT