seq1 = pF1KE0386.tfa, 2082 bp
seq2 = pF1KE0386/gi568815597f_17272246.tfa (gi568815597f:17272246_17501435), 229190 bp

>pF1KE0386 2082
>gi568815597f:17272246_17501435 (Chr1)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-294  (100811-100988)   100% ->
295-367  (103182-103254)   100% ->
368-435  (107675-107742)   100% ->
436-553  (108802-108919)   100% ->
554-679  (109722-109847)   100% ->
680-858  (116136-116314)   100% ->
859-962  (116532-116635)   100% ->
963-1074  (119869-119980)   100% ->
1075-1182  (121730-121837)   100% ->
1183-1337  (122055-122209)   100% ->
1338-1494  (122706-122862)   100% ->
1495-1618  (123295-123418)   100% ->
1619-1689  (124826-124896)   100% ->
1690-1851  (126441-126602)   100% ->
1852-2082  (128960-129190)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCAGCGTGGAGGGCCGAGCCATGTCCTTCCAGAGTATCATCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCAGCGTGGAGGGCCGAGCCATGTCCTTCCAGAGTATCATCCACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCTGGACAGCCCTGTCCATGCCGTTTGTGTGTTGGGCACAGAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCCTGGACAGCCCTGTCCATGCCGTTTGTGTGTTGGGCACAGAAATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTGGATCTCAGCGG         GTGTGCCCCCCAGAAGTGCCAGTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTGGATCTCAGCGGGTG...CAGGTGTGCCCCCCAGAAGTGCCAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACCATCCATGGCTCTGGGAGGGTCTTGATCGATGTGGCCAACACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100836 TTCACCATCCATGGCTCTGGGAGGGTCTTGATCGATGTGGCCAACACGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTTCTGAGAAGGAGGACGCCACCATCTGGTGGCCCCTGTCTGATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100886 GATTTCTGAGAAGGAGGACGCCACCATCTGGTGGCCCCTGTCTGATCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGTACGCCACAGTGAAGATGACATCGCCCAGCCCTTCCGTGGATGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 CGTACGCCACAGTGAAGATGACATCGCCCAGCCCTTCCGTGGATGCGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAG         GTCTCGGTCACATACTATGGGCCCAACGAGGATGCCCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100986 AAGGTA...CAGGTCTCGGTCACATACTATGGGCCCAACGAGGATGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTGGGCACAGCTGTGCTGTACCTCACTGGCATTG         AGGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103220 CGTGGGCACAGCTGTGCTGTACCTCACTGGCATTGGTG...CAGAGGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCTAGAGGTAGACATCTACCGCAATGGGCAAGTTGAGATGTCAAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107681 CTCTAGAGGTAGACATCTACCGCAATGGGCAAGTTGAGATGTCAAGTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAACAGGCTAAG         AAAAAATGGATCTGGGGTCCCAGCGGTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107731 AAACAGGCTAAGGTG...CAGAAAAAATGGATCTGGGGTCCCAGCGGTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGTGCCATCCTGCTTGTGAATTGCAACCCTGCTGATGTGGGCCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108831 GGGTGCCATCCTGCTTGTGAATTGCAACCCTGCTGATGTGGGCCAGCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAGGACAAGAAAACCAAGAAAGTGATCTTTTCAGAGG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108881 TTGAGGACAAGAAAACCAAGAAAGTGATCTTTTCAGAGGGTA...CAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATAACGAATCTGTCCCAGATGACTCTGAATGTCCAAGGCCCCAGCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109724 ATAACGAATCTGTCCCAGATGACTCTGAATGTCCAAGGCCCCAGCTGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTAAAGAAATATCGGCTAGTCCTCCATACCTCCAAGGAAGAGTCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109774 CTTAAAGAAATATCGGCTAGTCCTCCATACCTCCAAGGAAGAGTCGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGCGAGAGTCTACTGGCCCCAAA         AAGACAACTCCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109824 AGGCGAGAGTCTACTGGCCCCAAAGTG...TAGAAGACAACTCCAGTACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTGAGTTGGTGCTGGGGCCCGACCAGCACGCCTATACCTTGGCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116153 TTTGAGTTGGTGCTGGGGCCCGACCAGCACGCCTATACCTTGGCCCTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGGGAACCACTTGAAGGAGACTTTCTACGTTGAAGCTATAGCATTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116203 CGGGAACCACTTGAAGGAGACTTTCTACGTTGAAGCTATAGCATTCCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGCCGAATTCTCAGGCCTCATCTCCTACTCTGTGTCCCTGGTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116253 CTGCCGAATTCTCAGGCCTCATCTCCTACTCTGTGTCCCTGGTGGAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTCAAGACCCG         TCAATTCCAGAGACTGTGCTGTACAAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116303 TCTCAAGACCCGGTA...CAGTCAATTCCAGAGACTGTGCTGTACAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CACGGTGGTGTTCCGGGTGGCTCCCTGTGTCTTCATTCCCTGTACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116561 CACGGTGGTGTTCCGGGTGGCTCCCTGTGTCTTCATTCCCTGTACCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCCTCTGGAGGTTTACCTGTGCAG         GGAGCTGCAGCTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 116611 TGCCTCTGGAGGTTTACCTGTGCAGGTG...CAGGGAGCTGCAGCTGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGTTTTGTGGACACAGTGACGAAGCTGAGTGAGAAGAGCAACAGCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119885 GGTTTTGTGGACACAGTGACGAAGCTGAGTGAGAAGAGCAACAGCCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCATCTGTCTATGAGGACCCCAACCGCCTGGGCAGGTGGCTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 119935 GGCATCTGTCTATGAGGACCCCAACCGCCTGGGCAGGTGGCTCCAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075      GATGAGATGGCCTTCTGCTACACCCAGGCTCCCCACAAGACAACG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119985 ..CAGGATGAGATGGCCTTCTGCTACACCCAGGCTCCCCACAAGACAACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCCTTGATCCTCGACACACCTCAGGCCGCCGATCTCGATGAGTTCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121775 TCCTTGATCCTCGACACACCTCAGGCCGCCGATCTCGATGAGTTCCCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAAGTACTCACTG         AGCCCTGGTATTGGCTACATGATCCAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 121825 GAAGTACTCACTGGTG...CAGAGCCCTGGTATTGGCTACATGATCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACACTGAGGACCATAAAGTGGCCAGCATGGATTCCATTGGGAACCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122083 ACACTGAGGACCATAAAGTGGCCAGCATGGATTCCATTGGGAACCTGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGTCCCCACCTGTCAAGGTCCAAGGGAAAGAGTACCCGCTGGGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122133 GTGTCCCCACCTGTCAAGGTCCAAGGGAAAGAGTACCCGCTGGGCAGAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTCATTGGCAGCAGCTTTTACCCCAG         CGCAGAGGGCCGGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 122183 CCTCATTGGCAGCAGCTTTTACCCCAGGTG...TAGCGCAGAGGGCCGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCATGAGTAAGACCCTCCGAGACTTCCTCTATGCCCAGCAGGTCCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122720 CCATGAGTAAGACCCTCCGAGACTTCCTCTATGCCCAGCAGGTCCAAGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCGGTGGAGCTCTACTCAGATTGGCTAATGACTGGCCACGTGGATGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122770 CCGGTGGAGCTCTACTCAGATTGGCTAATGACTGGCCACGTGGATGAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CATGTGCTTCATCCCCACAGATGACAAGAATGAGGGCAAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122820 CATGTGCTTCATCCCCACAGATGACAAGAATGAGGGCAAAAAGGTC...C

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1495   GGCTTCCTGCTGCTCCTGGCCAGCCCCAGTGCCTGCTATAAACTGTTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123293 AGGGCTTCCTGCTGCTCCTGGCCAGCCCCAGTGCCTGCTATAAACTGTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CGAGAGAAACAGAAGGAAGGCTATGGCGACGCTCTTCTGTTTGATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123343 CGAGAGAAACAGAAGGAAGGCTATGGCGACGCTCTTCTGTTTGATGAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TAGAGCAGATCAGCTCCTGTCTAATG         GAAGGGAAGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 123393 TAGAGCAGATCAGCTCCTGTCTAATGGTA...CAGGAAGGGAAGCCAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCATCGACCAACTTCTGGCTGATGAAAGCCTGAAGAAGCAGAATGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124841 CCATCGACCAACTTCTGGCTGATGAAAGCCTGAAGAAGCAGAATGAATAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GTGGAG         AAGTGCATTCACCTGAACCGTGACATCCTGAAGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124891 GTGGAGGTA...CAGAAGTGCATTCACCTGAACCGTGACATCCTGAAGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGAGCTGGGCCTGGTGGAACAGGACATCATCGAGATTCCCCAGCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126476 GGAGCTGGGCCTGGTGGAACAGGACATCATCGAGATTCCCCAGCTGTTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GCTTGGAGAAGCTGACTAACATCCCCTCTGACCAGCAGCCCAAGAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126526 GCTTGGAGAAGCTGACTAACATCCCCTCTGACCAGCAGCCCAAGAGGTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TTTGCGAGGCCATACTTCCCTGACCTG         TTGCGGATGATTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126576 TTTGCGAGGCCATACTTCCCTGACCTGGTG...CAGTTGCGGATGATTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GATGGGCAAGAACCTGGGGATCCCCAAGCCTTTTGGGCCCCAAATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128974 GATGGGCAAGAACCTGGGGATCCCCAAGCCTTTTGGGCCCCAAATCAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GGACCTGCTGCCTGGAAGAAAAGATTTGCTGCTTGCTGGAGCCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129024 GGACCTGCTGCCTGGAAGAAAAGATTTGCTGCTTGCTGGAGCCCCTGGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TTCAAGTGCACCTTCATCAATGACTTTGACTGTTACCTGACAGAGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129074 TTCAAGTGCACCTTCATCAATGACTTTGACTGTTACCTGACAGAGGTCGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AGACATCTGTGCCTGTGCCAACATCCGCCGGGTGCCCTTTGCCTTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129124 AGACATCTGTGCCTGTGCCAACATCCGCCGGGTGCCCTTTGCCTTCAAAT

   2200     .    :    .
   2066 GGTGGAAGATGGTACCT
        |||||||||||||||||
 129174 GGTGGAAGATGGTACCT