seq1 = pF1KE0381.tfa, 1539 bp
seq2 = pF1KE0381/gi568815586r_52294978.tfa (gi568815586r:52294978_52506277), 211300 bp

>pF1KE0381 1539
>gi568815586r:52294978_52506277 (Chr12)

(complement)

1-411  (100001-100411)   100% ->
412-620  (102369-102577)   100% ->
621-681  (104929-104989)   100% ->
682-777  (105656-105751)   100% ->
778-942  (106129-106293)   100% ->
943-1068  (109270-109395)   100% ->
1069-1289  (110046-110266)   100% ->
1290-1321  (110488-110519)   100% ->
1322-1539  (111083-111300)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTACCACTCTTTCCAGCCAGGCTCCAGGTGTGGCAGTCAGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTACCACTCTTTCCAGCCAGGCTCCAGGTGTGGCAGTCAGAGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTCATACTCGGCTGTCATGCCCCGGATGGTCACCCACTATGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTCATACTCGGCTGTCATGCCCCGGATGGTCACCCACTATGCAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGGGGCCATGCCGGCCCGGGGGTGGTAGGGGCCTCCGAGCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAGGGGCCATGCCGGCCCGGGGGTGGTAGGGGCCTCCGAGCTCTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCTTGGCTCACGGAGCCTGTGCAACGTGGGCTTTGGGAGGCCCCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCTTGGCTCACGGAGCCTGTGCAACGTGGGCTTTGGGAGGCCCCGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCTCCAGGTGTGGAGGTACCCTGCCTGGCTTCGGGTACCGACTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCTCCAGGTGTGGAGGTACCCTGCCTGGCTTCGGGTACCGACTGGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACCTGTGGGCCTTCTGCCTGCATCACCCCTGTCACCATCAATGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACCTGTGGGCCTTCTGCCTGCATCACCCCTGTCACCATCAATGAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCTGGTCCCACTGGCACTGGAGATAGACCCGACTGTGCAGAGGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCTGGTCCCACTGGCACTGGAGATAGACCCGACTGTGCAGAGGGTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGGGATGAGAAGGAGCAGATCAAGTGCCTCAACAACCGTTTCGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGGGATGAGAAGGAGCAGATCAAGTGCCTCAACAACCGTTTCGCATCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATCAACAAG         GTCCGTTTCCTGGAGCAGAAGAACAAGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATCAACAAGGTA...CAGGTCCGTTTCCTGGAGCAGAAGAACAAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGAGACCAAGTGGAACTTCATGCAGCAGCAGAGGTGCTGCCAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102399 CTGGAGACCAAGTGGAACTTCATGCAGCAGCAGAGGTGCTGCCAGACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCGAGCCCATCTTCGAGGGCTATATCAGCGCCCTTCGGCGGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102449 CATCGAGCCCATCTTCGAGGGCTATATCAGCGCCCTTCGGCGGCAGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTGTGTGTCCGGGGACCGCGTGAGGCTAGAGTCAGAGCTCTGCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102499 ACTGTGTGTCCGGGGACCGCGTGAGGCTAGAGTCAGAGCTCTGCAGCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGGCTGCACTGGAGGGCTACAAGAAAAA         ATACGAAGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102549 CAGGCTGCACTGGAGGGCTACAAGAAAAAGTG...CAGATACGAAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTCTCCCTGCGTCCCTGTGTTGAGAATGAGTTTGTTGCCTTGAAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104941 GCTCTCCCTGCGTCCCTGTGTTGAGAATGAGTTTGTTGCCTTGAAGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682         GACGTGGACACAGCCTTCCTGATGAAGGCTGACCTGGAGACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104991 TA...CAGGACGTGGACACAGCCTTCCTGATGAAGGCTGACCTGGAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACGCAGAGGCACTCGTGCAGGAGATCGACTTCCTGAAAAGCCTGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105698 AACGCAGAGGCACTCGTGCAGGAGATCGACTTCCTGAAAAGCCTGTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAG         GAGATCTGCCTGCTCCAGTCTCAGATCTCTGAGACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105748 GGAGGTA...CAGGAGATCTGCCTGCTCCAGTCTCAGATCTCTGAGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGGTCATTGTGAAGATGGACAACAGCCGGGAGCTGGACGTGGACGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106166 CGGTCATTGTGAAGATGGACAACAGCCGGGAGCTGGACGTGGACGGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCGCTGAGATCAAGGCGCAGTATGACGACATCGCCAGCCGCAGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106216 ATCGCTGAGATCAAGGCGCAGTATGACGACATCGCCAGCCGCAGCAAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGAAGCAGAGGCCTGGTACCAGTGCCGG         TATGAGGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106266 CGAAGCAGAGGCCTGGTACCAGTGCCGGGTG...CAGTATGAGGAGCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GAGTCACAGCTGGGAACCACTGTGACAACCTCCGCAACCGTAAGAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109283 GAGTCACAGCTGGGAACCACTGTGACAACCTCCGCAACCGTAAGAACGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ATCCTGGAAATGAATAAACTGATCCAGCGGCTGCAGCAAGAAACCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109333 ATCCTGGAAATGAATAAACTGATCCAGCGGCTGCAGCAAGAAACCGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGTCAAAGCCCAG         CGCTGCAAACTTGAGGGTGCCATAGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109383 TGTCAAAGCCCAGGTG...CAGCGCTGCAAACTTGAGGGTGCCATAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGCAGAGCAGCAGGGCGAGGCGGCTCTCAATGATGCCAAGTGCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110074 AGGCAGAGCAGCAGGGCGAGGCGGCTCTCAATGATGCCAAGTGCAAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCAGGGCTGGAGGAGGCTCTGCAGAAGGCCAAGCAGGACATGGCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110124 GCAGGGCTGGAGGAGGCTCTGCAGAAGGCCAAGCAGGACATGGCCTGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCTCAAGGAATATCAGGAGGTGATGAACTCCAAGCTGGGCCTGGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110174 GCTCAAGGAATATCAGGAGGTGATGAACTCCAAGCTGGGCCTGGACATCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGATCGCCACCTACAGGCGCCTGCTGGAGGGTGAAGAGCACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110224 AGATCGCCACCTACAGGCGCCTGCTGGAGGGTGAAGAGCACAGGTG...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290   GCTGTGCGAAGGCATCGGGCCCGTGAATATCT         CAGTGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110486 AGGCTGTGCGAAGGCATCGGGCCCGTGAATATCTGTA...CAGCAGTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CAGCTCCAAAGGCGCCTTCCTGTACGAGCCATGTGGGGTCAGCACGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111090 CAGCTCCAAAGGCGCCTTCCTGTACGAGCCATGTGGGGTCAGCACGCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCCTCAGCACTGGCGTCCTCAGGAGCAATGGGGGCTGCAGCATCGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111140 TCCTCAGCACTGGCGTCCTCAGGAGCAATGGGGGCTGCAGCATCGTGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACTGGTGAACTCTATGTCCCCTGCGAGCCCCAGGGGCTACTGAGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111190 ACTGGTGAACTCTATGTCCCCTGCGAGCCCCAGGGGCTACTGAGCTGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GAGCGGGCGGAAATCCAGCATGACGCTAGGAGCTGGGGGCAGCTCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111240 GAGCGGGCGGAAATCCAGCATGACGCTAGGAGCTGGGGGCAGCTCCCCCA

   1600     .    :
   1529 GCCACAAGCAT
        |||||||||||
 111290 GCCACAAGCAT