seq1 = pF1KE0380.tfa, 1743 bp
seq2 = pF1KE0380/gi568815589f_98707760.tfa (gi568815589f:98707760_98949089), 241330 bp

>pF1KE0380 1743
>gi568815589f:98707760_98949089 (Chr9)

1-371  (99940-100310)   100% ->
372-541  (115497-115666)   100% ->
542-731  (118993-119182)   100% ->
732-917  (124013-124198)   100% ->
918-1035  (127490-127607)   100% ->
1036-1212  (129213-129389)   100% ->
1213-1344  (132243-132374)   100% ->
1345-1458  (136337-136450)   100% ->
1459-1605  (138218-138364)   100% ->
1606-1743  (141193-141330)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGGGCGCACGGCGCGGCGGCGCTGCCCGCGGGAACTGCGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99940 ATGTGGGGGCGCACGGCGCGGCGGCGCTGCCCGCGGGAACTGCGGCGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGAGGCGCTGTTGGTGCTCCTGGCGCTACTGGCGTTGGCCGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 CCGGGAGGCGCTGTTGGTGCTCCTGGCGCTACTGGCGTTGGCCGGGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCGGTGCTGCGGGCGCAGCGTGGGGCCGGGGCCGGGGCTGCCGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100040 GCTCGGTGCTGCGGGCGCAGCGTGGGGCCGGGGCCGGGGCTGCCGAGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGACCCCCGCGCACCCCGCGCCCCGGGCGGCGCGAGCCGGTCATGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100090 GGACCCCCGCGCACCCCGCGCCCCGGGCGGCGCGAGCCGGTCATGCCGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGCCGGTGCCGGCGAACGCGCTGGGCGCGCGGGGCGAGGCGGTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100140 GCCGCCGGTGCCGGCGAACGCGCTGGGCGCGCGGGGCGAGGCGGTGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAGCTGCAGGGCGAGGAGCTGCGGCTGCAGGAGGAGAGCGTGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100190 TGCAGCTGCAGGGCGAGGAGCTGCGGCTGCAGGAGGAGAGCGTGCGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACCAGATTAACATCTACCTCAGCGACCGCATCTCACTGCACCGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100240 CACCAGATTAACATCTACCTCAGCGACCGCATCTCACTGCACCGCCGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCGAGCGCTGGAACCCGCT         GTGCAAAGAGAAGAAATATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100290 GCCCGAGCGCTGGAACCCGCTGTG...CAGGTGCAAAGAGAAGAAATATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATTATGATAATTTGCCCAGGACATCTGTTATCATAGCATTTTATAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115517 ATTATGATAATTTGCCCAGGACATCTGTTATCATAGCATTTTATAATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCTGGTCAACTCTCCTTCGGACAGTTTACAGTGTCCTTGAGACATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115567 GCCTGGTCAACTCTCCTTCGGACAGTTTACAGTGTCCTTGAGACATCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGATATCCTGCTAGAAGAAGTGATCCTTGTAGATGACTACAGTGATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115617 GGATATCCTGCTAGAAGAAGTGATCCTTGTAGATGACTACAGTGATAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542          AGCACCTGAAGGAGCGCTTGGCCAATGAGCTTTCGGGACTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115667 GTG...TAGAGCACCTGAAGGAGCGCTTGGCCAATGAGCTTTCGGGACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCCAAGGTGCGCCTGATCCGCGCCAACAAGAGAGAGGGCCTGGTGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119034 CCCAAGGTGCGCCTGATCCGCGCCAACAAGAGAGAGGGCCTGGTGCGAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCGGCTGCTGGGGGCGTCTGCGGCGAGGGGCGATGTTCTGACCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119084 CCGGCTGCTGGGGGCGTCTGCGGCGAGGGGCGATGTTCTGACCTTCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACTGTCACTGTGAGTGCCACGAAGGGTGGCTGGAGCCGCTGCTGCAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119134 ACTGTCACTGTGAGTGCCACGAAGGGTGGCTGGAGCCGCTGCTGCAGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    732         GATCCATGAAGAGGAGTCGGCAGTGGTGTGCCCGGTGATTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119184 TA...CAGGATCCATGAAGAGGAGTCGGCAGTGGTGTGCCCGGTGATTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTGATCGACTGGAACACCTTCGAATACCTGGGGAACTCCGGGGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124055 TGTGATCGACTGGAACACCTTCGAATACCTGGGGAACTCCGGGGAGCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGATCGGCGGTTTCGACTGGAGGCTGGTGTTCACGTGGCACACAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124105 AGATCGGCGGTTTCGACTGGAGGCTGGTGTTCACGTGGCACACAGTTCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGAGGGAGAGGATACGGATGCAATCCCCCGTCGATGTCATCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 124155 GAGAGGGAGAGGATACGGATGCAATCCCCCGTCGATGTCATCAGGTC...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    918    GTCTCCAACAATGGCTGGTGGGCTGTTTGCTGTGAGTAAGAAATATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127487 TAGGTCTCCAACAATGGCTGGTGGGCTGTTTGCTGTGAGTAAGAAATATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTGAATATCTGGGGTCTTATGATACAGGAATGGAAGTTTGGGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127537 TTGAATATCTGGGGTCTTATGATACAGGAATGGAAGTTTGGGGAGGAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AACCTCGAATTTTCCTTTAGG         ATCTGGCAGTGTGGTGGGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127587 AACCTCGAATTTTCCTTTAGGGTA...CAGATCTGGCAGTGTGGTGGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCTGGAAACACACCCATGTTCCCATGTTGGCCATGTTTTCCCCAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129233 TCTGGAAACACACCCATGTTCCCATGTTGGCCATGTTTTCCCCAAGCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTCCCTACTCCCGCAACAAGGCTCTGGCCAACAGTGTTCGTGCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129283 CTCCCTACTCCCGCAACAAGGCTCTGGCCAACAGTGTTCGTGCAGCTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GTATGGATGGATGAATTTAAAGAGCTCTACTACCATCGCAACCCCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129333 GTATGGATGGATGAATTTAAAGAGCTCTACTACCATCGCAACCCCCGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCGCTTG         GAACCTTTTGGGGATGTGACAGAGAGGAAGCAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129383 CCGCTTGGTG...CAGGAACCTTTTGGGGATGTGACAGAGAGGAAGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCCGGGACAAGCTCCAGTGTAAAGACTTCAAGTGGTTCTTGGAGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132277 TCCGGGACAAGCTCCAGTGTAAAGACTTCAAGTGGTTCTTGGAGACTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TATCCAGAACTGCATGTGCCTGAGGACAGGCCTGGCTTCTTCGGGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132327 TATCCAGAACTGCATGTGCCTGAGGACAGGCCTGGCTTCTTCGGGATGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1345        CTCCAGAACAAAGGACTAACAGACTACTGCTTTGACTATAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132377 G...TAGCTCCAGAACAAAGGACTAACAGACTACTGCTTTGACTATAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CTCCCGATGAAAACCAGATTGTGGGACACCAGGTCATTCTGTACCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136380 CTCCCGATGAAAACCAGATTGTGGGACACCAGGTCATTCTGTACCTCTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CATGGGATGGGCCAGAATCAG         TTTTTCGAGTACACGTCCCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136430 CATGGGATGGGCCAGAATCAGGTA...TAGTTTTTCGAGTACACGTCCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GAAAGAAATACGCTATAACACCCACCAGCCTGAGGGCTGCATTGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138238 GAAAGAAATACGCTATAACACCCACCAGCCTGAGGGCTGCATTGCTGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AAGCAGGAATGGATACCCTTATCATGCATCTCTGCGAAGAAACTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138288 AAGCAGGAATGGATACCCTTATCATGCATCTCTGCGAAGAAACTGCCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAGAATCAGAAGTTCATCTTGCAGGAG         GATGGATCTTTATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138338 GAGAATCAGAAGTTCATCTTGCAGGAGGTA...TAGGATGGATCTTTATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TCACGAACAGTCCAAGAAATGTGTCCAGGCTGCGAGGAAGGAGTCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141207 TCACGAACAGTCCAAGAAATGTGTCCAGGCTGCGAGGAAGGAGTCGAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACAGTTTCGTTCCACTCTTACGAGACTGCACCAACTCGGATCATCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141257 ACAGTTTCGTTCCACTCTTACGAGACTGCACCAACTCGGATCATCAGAAA

   1800     .    :    .    :
   1720 TGGTTCTTCAAAGAGCGCATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||
 141307 TGGTTCTTCAAAGAGCGCATGTTA